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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r2j | ||||||
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タイトル | Human Cyclophilin D in complex with N-(4-aminophenyl)-7-methyl-2-oxo-1H,2H-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-6-carboxamide | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Cyclophilin D PPIase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / necroptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein peptidyl-prolyl isomerization / cellular response to calcium ion / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / フォールディング / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Silva, D.O. / Graedler, U. / Bandeiras, T.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human Cyclophilin D in complex with N-(4-aminophenyl)-7-methyl-2-oxo-1H,2H-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-6-carboxamide 著者: Silva, D.O. / Graedler, U. / Bandeiras, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r2j.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r2j.ent.gz | 83.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7r2lC 7r2hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17783.322 Da / 分子数: 1 / 変異: K133I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-V0Z / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.14 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15 % PEG 3350, 0.1M K2HPO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→39.64 Å / Num. obs: 37702 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 10.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 28.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.305 Å / Num. unique obs: 3705 / CC1/2: 0.864 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7R2H 解像度: 1.26→39.64 Å / SU ML: 0.1831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.5478 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→39.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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