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- PDB-7r2g: USP15 D1D2 in catalytically-competent state bound to mitoxantrone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2g
タイトルUSP15 D1D2 in catalytically-competent state bound to mitoxantrone stack (isoform 2)
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
キーワードHYDROLASE / Cysteine protease
機能・相同性Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Chem-MIX
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Priyanka, A. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NWO-LIFT 731.017.415 オランダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Mitoxantrone stacking does not define the active or inactive state of USP15 catalytic domain.
著者: Priyanka, A. / Tisi, D. / Sixma, T.K.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,62517
ポリマ－83,0682
非ポリマー5,55715
水2,378132
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5992
ポリマ－41,5341
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,02515
ポリマ－41,5341
非ポリマー5,49114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.882, 97.399, 62.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15


分子量: 41534.000 Da / 分子数: 2 / 変異: No / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aa 255 to 919 Internal deletion of residues 440 to 756 Construct has C terminal 6X his tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP15 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1 resistant / 参照: ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MIX / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)-9,10-ANTHRACENEDIONE / MITOXANTRONE / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)ANTHRA-9,10-QUINONE


分子量: 444.481 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium Hepes 0.1M, pH 7.0, PEG8000 5%. / PH範囲: 6.8-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日 / 詳細: X-ray
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→97.4 Å / Num. obs: 51964 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.0340.2351352934090.9630.1340.2725.190.7
9.07-44.863.80.0321955760.9970.0170.03440.898.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190606データ削減
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190606データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6gha

6gha


解像度: 1.98→44.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 12.238 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 2444 4.7 %RANDOM
Rwork0.2041 ---
obs0.2057 49498 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.49 Å2 / Biso mean: 51.027 Å2 / Biso min: 18.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9 Å20 Å20.51 Å2
2--9.84 Å2-0 Å2
3----4.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5604 0 392 132 6128
Biso mean--112.56 40.59 -
残基数----697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0155598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.6448345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.341.5912959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4235690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21723.627306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99415975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5671523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021405
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 150 -
Rwork0.278 3448 -
all-3598 -
obs--90.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4877-0.3608-0.05570.51430.20091.60080.03130.1890.0143-0.0294-0.1057-0.0104-0.0941-0.02750.07450.42440.0085-0.02010.03250.00830.461131.179-17.0847.687
21.63710.185-0.07750.39870.03971.5984-0.0362-0.2184-0.0436-0.0089-0.0927-0.01280.10410.08770.12890.43370.0027-0.02360.04620.01710.4747-0.509-30.72-20.639
30.60190.22780.8270.1430.30821.327-0.0381-0.01780.085-0.0257-0.02230.0152-0.0417-0.05410.06050.46580.0185-0.00240.0107-0.00220.519.039-23.61-14.179
41.18880.19130.81480.5298-0.080.7204-0.23190.42180.21450.0064-0.00770.15350.02790.27180.23971.0252-0.02010.22560.5173-0.28430.529812.297-56.089-53.423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A255 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2B255 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION3A1101 - 1152
4X-RAY DIFFRACTION4B1003 - 1014
5X-RAY DIFFRACTION3B1101 - 1180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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