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Yorodumi- PDB-7r2d: Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellop... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r2d | ||||||
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Title | Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellopentaose | ||||||
Components | EGI | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / cellulase / GH5_5 family / GH-A clan / Thermoascus aurantiacus / (b/a)8 barrel | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / beta-cellopentaose / cellulase Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Dutoit, R. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellopentaose Authors: Dutoit, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r2d.cif.gz | 273.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r2d.ent.gz | 221.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r2d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1gzjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33671.293 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E133A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (fungus) Gene: eg1 / Plasmid: pET30b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8TG26, cellulase #2: Polysaccharide | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Reservoir solution: 0.1M Tris pH8.0, 1.9M ammonium sulfate Drop: 2 ul of 430 uM enzyme, 2 ul of reservoir solution, 0.2 ul of microseeds, 0.2 ul of 10 mM cellopentaose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→42.47 Å / Num. obs: 73962 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.365 % / Biso Wilson estimate: 20.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 13.39 / Num. measured all: 988515 / Scaling rejects: 127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GZJ Resolution: 1.61→42.47 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.09 Å2 / Biso mean: 24.5907 Å2 / Biso min: 12.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.61→42.47 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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