PDB-7r2d: Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r2d

タイトル

Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellopentaose

要素

EGI

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) /

cellulase (セルラーゼ) / GH5_5 family / GH-A clan / Thermoascus aurantiacus / (b/a)8 barrel

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) /

セルラーゼ /

cellulase activity / cellulose catabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / beta-cellopentaose /

セルラーゼ

機能・相同性情報

生物種

Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Dutoit, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TaCel5A E133A variant in complex with cellopentaose
著者: Dutoit, R.

履歴

登録	2022年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r2d.cif.gz	273.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r2d.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gzjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EGI

B: EGI

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: EGI

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Ta_Cel5A E133A elutes as a monomer on a Superdex 75 column (V=120 ml)
34.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: EGI

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.200, 84.940, 89.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

EGI / Endoglucanase

分子量: 33671.293 Da / 分子数: 2 / 変異: E133A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
遺伝子: eg1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TG26,

セルラーゼ

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Reservoir solution: 0.1M Tris pH8.0, 1.9M ammonium sulfate Drop: 2 ul of 430 uM enzyme, 2 ul of reservoir solution, 0.2 ul of microseeds, 0.2 ul of 10 mM cellopentaose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.61→42.47 Å / Num. obs: 73962 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.365 % / B_iso Wilson estimate: 20.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 13.39 / Num. measured all: 988515 / Scaling rejects: 127

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.61-1.65	11.442	1.449	1.79	58767	5407	5136	0.741	1.516	95
1.65-1.7	13.517	1.221	2.46	71856	5316	5316	0.864	1.269	100
1.7-1.75	13.119	0.975	2.99	67548	5150	5149	0.903	1.014	100
1.75-1.8	14.125	0.755	4.01	70627	5000	5000	0.949	0.784	100
1.8-1.86	14.057	0.618	4.84	68162	4849	4849	0.96	0.642	100
1.86-1.93	13.96	0.535	5.84	65641	4703	4702	0.971	0.555	100
1.93-2	13.846	0.362	7.79	62655	4525	4525	0.986	0.376	100
2-2.08	13.684	0.275	9.87	60045	4388	4388	0.99	0.286	100
2.08-2.17	13.355	0.228	11.65	56023	4195	4195	0.992	0.237	100
2.17-2.28	12.535	0.217	12.62	50480	4033	4027	0.991	0.226	99.9
2.28-2.4	13.494	0.159	15.85	51600	3824	3824	0.995	0.166	100
2.4-2.55	13.321	0.138	17.94	48317	3627	3627	0.996	0.144	100
2.55-2.72	14.232	0.115	21.9	48646	3418	3418	0.997	0.119	100
2.72-2.94	13.987	0.099	25.09	44772	3201	3201	0.998	0.102	100
2.94-3.22	13.66	0.084	28.71	40365	2955	2955	0.998	0.088	100
3.22-3.6	13.131	0.073	31.86	35243	2684	2684	0.998	0.076	100
3.6-4.16	11.975	0.063	34.2	28524	2384	2382	0.998	0.066	99.9
4.16-5.1	12.544	0.056	36.99	25539	2036	2036	0.999	0.058	100
5.1-7.21	13.771	0.052	37.16	22213	1613	1613	0.999	0.054	100
7.21-42.47	12.291	0.043	38.11	11492	939	935	0.999	0.044	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.58 Å	44.52 Å
Translation	3.58 Å	44.52 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GZJ

1gzj

解像度: 1.61→42.47 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	3698	5 %
R_work	0.1509	70230	-
obs	0.1526	73928	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.09 Å² / B_iso mean: 24.5907 Å² / B_iso min: 12.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.61→42.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4748	0	147	838	5733
B_iso mean	-	-	30.49	35.01	-
残基数	-	-	-	-	610

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.3282	127	0.2843	2401	2528	90
1.63-1.66	0.2725	141	0.2383	2675	2816	100
1.66-1.68	0.2405	141	0.216	2689	2830	100
1.68-1.7	0.2508	141	0.2379	2678	2819	100
1.7-1.73	0.2645	141	0.2351	2679	2820	100
1.73-1.76	0.2818	142	0.2099	2690	2832	100
1.76-1.79	0.221	141	0.2019	2672	2813	100
1.79-1.82	0.2338	141	0.1859	2692	2833	100
1.82-1.86	0.2212	142	0.1706	2677	2819	100
1.86-1.89	0.2025	142	0.1715	2707	2849	100
1.89-1.94	0.2278	141	0.1824	2673	2814	100
1.94-1.98	0.2411	142	0.1616	2705	2847	100
1.98-2.03	0.1918	142	0.1515	2700	2842	100
2.03-2.09	0.1862	142	0.1519	2681	2823	100
2.09-2.15	0.1948	141	0.1533	2687	2828	100
2.15-2.22	0.1815	143	0.1462	2710	2853	100
2.22-2.29	0.2008	142	0.1542	2701	2843	100
2.3-2.39	0.2089	142	0.1434	2686	2828	100
2.39-2.5	0.1803	143	0.1495	2726	2869	100
2.5-2.63	0.1678	143	0.1482	2711	2854	100
2.63-2.79	0.1899	143	0.144	2735	2878	100
2.79-3.01	0.1878	144	0.1489	2731	2875	100
3.01-3.31	0.1796	144	0.1473	2737	2881	100
3.31-3.79	0.1685	146	0.1336	2779	2925	100
3.79-4.77	0.1308	147	0.1141	2786	2933	100
4.77-42.47	0.1653	154	0.14	2922	3076	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3498	0.8125	-0.2057	1.538	-0.028	1.7675	0.023	-0.1615	-0.1543	-0.0745	0.0267	-0.035	0.268	0.0586	-0.0394	0.187	0.0125	-0.0469	0.1488	-0.0004	0.2288	-4.7255	16.34	-9.8134
2	2.1547	-0.0432	-0.6275	1.3401	0.2568	1.938	-0.0104	-0.1898	-0.2848	0.1594	-0.0159	-0.0746	0.4369	-0.0153	0.0388	0.2749	-0.0238	-0.0493	0.173	0.0462	0.2674	-5.9911	10.1924	-0.7904
3	0.8591	0.3031	0.1554	0.5857	0.1131	0.8844	0.0309	-0.0892	0.0093	0.0082	0.0045	0.0625	0.0145	-0.0907	-0.0359	0.1317	0.0072	0.0002	0.1593	0.0036	0.1843	-9.055	27.9208	-6.2108
4	0.5358	0.0161	0.1324	0.8657	0.3043	0.836	-0.0295	0.1014	-0.0485	-0.0064	0.1022	-0.0421	0.0184	0.0839	-0.0484	0.1493	-0.0039	-0.002	0.1565	-0.0017	0.1818	-6.0633	22.6927	-20.4548
5	0.9851	0.5375	0.347	2.1389	0.6977	1.0469	-0.0097	0.2279	-0.0175	-0.1985	0.0362	-0.0496	-0.0088	0.192	-0.0408	0.2261	-0.0087	0.0091	0.2183	-0.0203	0.1902	-1.6881	26.6757	-28.9556
6	0.5064	-0.0238	0.0648	1.7764	-0.063	0.6487	0.0427	0.2035	-0.0772	-0.0317	-0.0214	0.0443	-0.0579	0.0273	-0.0631	0.1721	0.0001	0.0052	0.1762	-0.0159	0.1956	-1.6408	21.8827	-20.1211
7	1.4199	0.701	0.2035	2.14	0.2156	1.1113	0.0474	0.0241	-0.1768	-0.1549	-0.0403	-0.0004	0.1579	0.2504	-0.006	0.2102	0.0421	-0.005	0.2508	-0.0427	0.2248	2.6203	14.7884	-27.3356
8	0.453	0.2098	-0.0379	0.8713	0.0991	1.1079	0.0219	-0.0308	-0.2271	0.0678	-0.0021	-0.0684	0.2843	0.0921	-0.0079	0.2146	0.0344	-0.0234	0.1698	-0.023	0.2708	-1.324	9.6887	-15.0194
9	0.6503	-0.0181	-0.0229	1.4322	-0.0234	2.0908	-0.0287	-0.0148	-0.16	-0.0556	0.027	0.1248	0.3548	-0.3428	-0.0494	0.2194	-0.0089	0.0058	0.2504	0.0211	0.1983	-38.0834	19.0837	-34.0843
10	2.3271	-0.1784	-0.5224	1.4352	-0.2821	2.3225	0.0547	0.223	-0.1786	-0.2264	-0.0329	0.0738	0.6144	-0.4878	0.0107	0.3257	-0.0636	-0.0133	0.245	-0.0019	0.1729	-37.688	14.4557	-41.2377
11	0.4796	-0.1333	0.0452	0.6527	-0.1366	1.5459	-0.047	0.0045	-0.0386	-0.0625	0.0438	-0	0.2069	-0.0319	-0.0013	0.1754	0.0015	-0.0002	0.1958	-0.0048	0.1819	-29.5981	24.2947	-44.2858
12	0.3282	-0.0104	-0.1853	0.6297	-0.2178	1.2306	-0.0336	-0.0211	0.046	0.0984	0.0652	0.027	-0.1546	-0.122	-0.0295	0.1749	0.0202	0.0013	0.1735	0.0069	0.1881	-31.3978	33.7164	-34.0244
13	0.3586	0.4124	-0.2709	1.076	-0.1317	1.0249	0.004	-0.0385	-0.0245	0.2552	0.0522	-0.0684	0.0568	-0.106	-0.0456	0.2428	0.0257	0.0355	0.2148	0.0241	0.192	-33.7215	22.4907	-16.0067
14	0.7796	0.0905	-0.0756	2.325	-0.1038	0.9927	0.0228	0.021	-0.0375	0.2336	-0.0687	0.1088	0.0165	-0.3458	0.0554	0.2679	0.0216	0.0281	0.2406	0.0321	0.1979	-37.8025	24.1901	-23.8741
15	2.1601	-0.7478	0.1546	2.2313	-0.6753	2.0409	0.014	-0.0616	-0.0479	0.1482	0.0766	0.1179	0.2622	-0.5245	-0.0693	0.2321	-0.0299	0.0348	0.2921	0.0366	0.2159	-43.0436	19.1125	-16.1258
16	0.8197	-0.1052	-0.2605	1.2128	-0.126	2.2222	0.0124	0.1196	-0.2095	-0.1656	-0.0064	0.1205	0.6886	-0.5905	-0.032	0.3721	-0.1042	0.0083	0.2762	0.0098	0.2318	-40.9386	12.5662	-28.6849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 43 )	A	21 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 185 )	A	44 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 216 )	A	186 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 217 through 231 )	A	217 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 232 through 246 )	A	232 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 247 through 263 )	A	247 - 263
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 264 through 305 )	A	264 - 305
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B	1 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 21 through 52 )	B	21 - 52
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 53 through 105 )	B	53 - 105
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 106 through 200 )	B	106 - 200
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 201 through 231 )	B	201 - 231
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 232 through 246 )	B	232 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 247 through 263 )	B	247 - 263
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 264 through 305 )	B	264 - 305

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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