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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rat Arc CTD in complex with two anti-Arc nanobodies | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / capsid / nanobody / Gag homology | ||||||
機能・相同性 | ![]() postsynaptic endosome / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / response to morphine / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of long-term synaptic potentiation ...postsynaptic endosome / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / response to morphine / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of AMPA receptor activity / anterior/posterior pattern specification / regulation of long-term synaptic depression / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / long-term memory / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / learning / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / endocytosis / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / response to ethanol / dendritic spine / membrane raft / mRNA binding / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Markusson, S. / Kursula, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of rat Arc CTD in complex with two anti-Arc nanobodies 著者: Markusson, S. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45055.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13127.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 14078.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG10000, 10% PEG8000 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 22999 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 48.65 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 885 / CC1/2: 0.478 / Rrim(I) all: 2.552 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4X3H,4X3X,6H16,4FHB 解像度: 2.7→38.51 Å / SU ML: 0.4679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.331 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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