PDB-7r22: Crystal structure of protein Mab3862 from Mycobacterium abscessus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r22

タイトル

Crystal structure of protein Mab3862 from Mycobacterium abscessus

要素

ArsR family transcriptional regulator

キーワード

ANTITOXIN / toxin / Mycobacterium abscessus.putative ArsR family transcriptional regulator

機能・相同性

ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ArsR family transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Kim, S.Y. / Eun, H.J. / Lee, J.Y. / Lee, B.J. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of putative ArsR family regulator antitoxin from Mycobacterium abscessus (MAB_3862)
著者: Kim, S.Y.

履歴

登録	2022年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r22.cif.gz	31.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r22.ent.gz	22.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vek-1 4hca-d 3c2i-d 6w2r-3 3w6v-d 7td7-d 4yzy-d 3vek-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArsR family transcriptional regulator

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.886, 106.886, 106.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32
Space group name Hall	P4bd2ab3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4 #3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4 #4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4 #5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4 #6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4 #7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4 #8: z,x,y #9: y,z,x #10: -y+1/2,-z,x+1/2 #11: z+1/2,-x+1/2,-y #12: -y,z+1/2,-x+1/2 #13: -z+1/2,-x,y+1/2 #14: -z,x+1/2,-y+1/2 #15: y+1/2,-z+1/2,-x #16: x+1/2,-y+1/2,-z #17: -x,y+1/2,-z+1/2 #18: -x+1/2,-y,z+1/2 #19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4 #20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4 #21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4 #22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4 #23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4 #24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4

#1: タンパク質	ArsR family transcriptional regulator 分子量: 16797.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: D2E76_02065 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A418LEB3
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: Sodium acetate pH 5.0 50mM Ammonium sulphate 2.0M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→75.88 Å / Num. obs: 5863 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 2.73→2.78 Å / Num. unique obs: 296 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.73→47.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3473	-	-
R_work	0.2992	-	-
obs	0.32	1083	75.52 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→47.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	780	0	0	0	780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.0446	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0666	120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.0561	296

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)