[日本語] English
万見
- PDB-7r1z: C-terminal domain of hArc in complex with nanobodies H11 and C11,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r1z
タイトルC-terminal domain of hArc in complex with nanobodies H11 and C11, collapsed crystal form
要素
  • Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
  • NbArc-C11
  • NbArc-H11
キーワードSIGNALING PROTEIN / Arc / Nanobody / Signaling / Plasticity
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / regulation of dendritic spine morphogenesis / endoderm development / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of long-term synaptic potentiation ...virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / regulation of dendritic spine morphogenesis / endoderm development / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of long-term synaptic potentiation / anterior/posterior pattern specification / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / long-term memory / regulation of long-term synaptic depression / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / long-term synaptic potentiation / endocytosis / cell migration / extracellular vesicle / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynaptic density / membrane raft / neuronal cell body / mRNA binding / glutamatergic synapse / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Markusson, S. / Kursula, P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway249951 ノルウェー
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: High-affinity anti-Arc nanobodies provide tools for structural and functional studies.
著者: Markusson, S. / Hallin, E.I. / Bustad, H.J. / Raasakka, A. / Xu, J. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Martinez, A. / Bramham, C.R. / Kursula, P.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: NbArc-H11
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
C: NbArc-C11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9503
ポリマ－48,9503
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.260, 139.290, 43.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: 抗体 NbArc-H11


分子量: 14078.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / hArc / Activity-regulated gene 3.1 protein homolog / ARC/ARG3.1 / Arg3.1


分子量: 21743.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: ARC, KIAA0278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q7LC44
#3: 抗体 NbArc-C11


分子量: 13127.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 17% PEG3350. Produced from seed crystals grown in 12% PEG3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→48 Å / Num. obs: 26403 / % possible obs: 0.865 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 34.95 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 13.13
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 6.72 % / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 1025 / CC1/2: 0.351 / Rrim(I) all: 2.356 / % possible all: 46.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3958精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TNP

6tnp


解像度: 1.94→48 Å / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6569
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1999 7.57 %
Rwork0.197 24398 -
obs0.2005 26397 86.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 0 0 163 3071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60774061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0419419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.91191099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.990.4107740.3408917X-RAY DIFFRACTION46.29
1.99-2.040.3484860.26961055X-RAY DIFFRACTION53.69
2.04-2.10.34831000.23571215X-RAY DIFFRACTION61.59
2.1-2.170.32611150.22181400X-RAY DIFFRACTION69.88
2.17-2.250.28821340.21561637X-RAY DIFFRACTION83.22
2.25-2.340.28061570.22261907X-RAY DIFFRACTION95.91
2.34-2.440.31061630.22391998X-RAY DIFFRACTION99.86
2.44-2.570.29361650.21722004X-RAY DIFFRACTION99.86
2.57-2.730.25781640.20682003X-RAY DIFFRACTION99.95
2.73-2.950.24351620.21851979X-RAY DIFFRACTION99.07
2.95-3.240.25611660.21962022X-RAY DIFFRACTION99.86
3.24-3.710.24741660.18412039X-RAY DIFFRACTION99.86
3.71-4.670.19641690.16042053X-RAY DIFFRACTION99.15
4.68-480.20361780.18562169X-RAY DIFFRACTION99.45

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る