PDB-7r1n: Crystal structure of the Tetrameric C-terminal Big_2-CBM56 domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1n

タイトル

Crystal structure of the Tetrameric C-terminal Big_2-CBM56 domains from Paenibacillus illinoisensis (Bacillus circulans IAM1165) beta-1,3-glucanase H

要素

Beta-1,3-glucanase bglH

キーワード

HYDROLASE / laminarinase / GH16 sub-family 8 / Big_2 / CBM56

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus illinoisensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.072 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Venditto, I. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and biochemical characterization of C-terminal Big_2-CBM56 domains of Paenibacillus illinoisensis IAM1165 beta-1,3-glucanase H and Paenibacillus sp CBM56
著者: Najmudin, S. / Venditto, I. / Pires, V.R. / Caseiro, C. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1n.cif.gz	474.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1n_validation.pdf.gz	494.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1n_full_validation.pdf.gz	508.9 KB	表示
XML形式データ	7r1n_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	7r1n_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r3tC 7quzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Beta-1,3-glucanase bglH

BBB: Beta-1,3-glucanase bglH

CCC: Beta-1,3-glucanase bglH

DDD: Beta-1,3-glucanase bglH

ヘテロ分子

87.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: Also seen in pdb 7quz

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.650, 101.140, 107.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Beta-1,3-glucanase bglH 分子量: 21407.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Big_2-CBM56 domains 由来: (組換発現) Paenibacillus illinoisensis (バクテリア) 遺伝子: bglH, beta-1,3-glucanase / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45095

-
非ポリマー , 6種, 342分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20/30/50 mg/ml Protein concentration in 0.2 Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5. 30% v/v PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→53.5 Å / Num. obs: 50525 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-53.5	3.6	0.03	707	0.999	0.025	0.039
2.07-2.13	2.9	0.762	3701	0.527	0.633	0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7quz

7quz

解像度: 2.072→53.108 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 13.266 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2706	2472	4.897 %
R_work	0.2099	48005	-
all	0.213	-	-
obs	-	50477	98.482 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.185 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.611 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.426 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.072→53.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5348	0	98	326	5772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.971	1.648	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	1.57	11820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.166	5	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.96	26.731	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.872	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.216	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.309	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.729	2.254	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.729	2.253	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.884	3.365	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.884	3.367	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.981	2.492	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.98	2.493	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.195	3.656	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.194	3.657	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.394	27.774	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.324	27.571	5648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.072-2.126	0.333	171	0.333	3344	X-RAY DIFFRACTION	93.7333
2.126-2.184	0.362	176	0.318	3386	X-RAY DIFFRACTION	97.8303
2.184-2.247	0.328	164	0.293	3273	X-RAY DIFFRACTION	98.0879
2.247-2.316	0.309	170	0.28	3251	X-RAY DIFFRACTION	98.7302
2.316-2.392	0.295	180	0.257	3150	X-RAY DIFFRACTION	98.9305
2.392-2.476	0.31	147	0.249	3049	X-RAY DIFFRACTION	98.9474
2.476-2.57	0.261	146	0.228	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.3252
2.57-2.675	0.316	159	0.221	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.3391
2.675-2.793	0.272	160	0.198	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.4466
2.793-2.93	0.252	114	0.183	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.604
2.93-3.088	0.26	110	0.169	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.697
3.088-3.275	0.224	122	0.17	2388	X-RAY DIFFRACTION	99.6823
3.275-3.501	0.235	127	0.178	2223	X-RAY DIFFRACTION	99.7453
3.501-3.781	0.215	124	0.167	2073	X-RAY DIFFRACTION	99.5469
3.781-4.142	0.248	83	0.173	1934	X-RAY DIFFRACTION	98.7757
4.142-4.63	0.221	77	0.164	1755	X-RAY DIFFRACTION	98.6006
4.63-5.344	0.222	100	0.161	1523	X-RAY DIFFRACTION	98.0072
5.344-6.541	0.345	76	0.198	1264	X-RAY DIFFRACTION	95.1705
6.541-9.233	0.331	44	0.207	1080	X-RAY DIFFRACTION	99.8224
9.233-53.1	0.3	22	0.231	630	X-RAY DIFFRACTION	98.1928

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2767	-0.0157	0.0998	0.0648	-0.2547	1.2069	-0.0327	-0.019	0.0281	0.0105	-0.0111	0.0036	-0.0427	-0.0497	0.0438	0.0952	0.0114	-0.0114	0.045	-0.0273	0.0194	-9.4764	-18.284	30.0794
2	0.2002	-0.0415	0.3916	0.2149	-0.1458	0.9008	0.0382	0.0501	0.0208	0.1108	-0.069	0.079	0.0414	0.0296	0.0308	0.088	-0.0249	0.0505	0.0942	-0.031	0.0386	-9.038	-39.6428	25.7206
3	0.2154	0.1273	0.2176	0.119	0.3366	1.2728	0.019	-0.0274	-0.0527	-0.0031	-0.0151	-0.0236	0.0134	-0.0329	-0.004	0.0945	0.0172	-0.0072	0.043	-0.0004	0.0201	9.8669	-38.7058	27.6193
4	0.1437	0.0278	-0.0818	0.2673	0.4646	1.6751	-0.0093	0.0608	-0.008	0.0442	-0.0243	-0.061	-0.0641	0.0406	0.0336	0.0698	-0.0149	-0.0416	0.0737	0.028	0.0402	8.5405	-17.3935	23.4952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	24 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	303
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	24 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	301
7	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	24 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	24 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	301
10	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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