+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r1i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor | ||||||
要素 | Steroid C26-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CYP / 125 / tuberculosis / inhibitor / cholesterol / oxidase / CYP125 / P450 / Cytochrome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / biological process involved in interaction with host / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Snee, M. / Katariya, M. / Levy, C. / Leys, D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2023 タイトル: Structure Based Discovery of Inhibitors of CYP125 and CYP142 from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Katariya, M.M. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Kavanagh, M.E. / Boshoff, H.I.M. / Amadi, C.N. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Abell, C. / Leys, D. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r1i.cif.gz | 615.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7r1i.ent.gz | 426.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r1i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r1i_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7r1i_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7r1i_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r1i_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qjlC 7qkeC 7qnnC 7qwnC 7r3uC 7yxfC 7zlzC 7zqrC 7zsuC 7zt0C 7zxdC 2xn8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / プラスミド: Pet21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
---|
-非ポリマー , 5種, 345分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HIH / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MES pH 5.5-6.7, 1.7M Ammonium / PH範囲: 5.5-6.7 / Temp details: 4C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→144.52 Å / Num. obs: 66030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4386 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.709 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XN8 解像度: 2.24→144.52 Å / SU ML: 0.2697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9758 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→144.52 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.9813726626 Å / Origin y: -5.5973934925 Å / Origin z: 38.2481497756 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |