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- PDB-7r0h: STRUCTURAL BASIS OF ION UPTAKE IN COPPER-TRANSPORTING P1B-TYPE ATPASES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0h
タイトルSTRUCTURAL BASIS OF ION UPTAKE IN COPPER-TRANSPORTING P1B-TYPE ATPASES
要素Putative copper-exporting P-type ATPase A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type divalent copper transporter activity / copper ion homeostasis / endomembrane system / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Putative copper-exporting P-type ATPase A
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Salustros, N. / Groenberg, C. / Wang, K. / Gourdon, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of ion uptake in copper-transporting P 1B -type ATPases.
著者: Salustros, N. / Gronberg, C. / Abeyrathna, N.S. / Lyu, P. / Oradd, F. / Wang, K. / Andersson, M. / Meloni, G. / Gourdon, P.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative copper-exporting P-type ATPase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4752
ポリマ－70,4111
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area30950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.122, 151.115, 219.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 Putative copper-exporting P-type ATPase A


分子量: 70411.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_1059, XD48_1194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A117KM49
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.5 M ammonium citrate, 0.1 M MES pH=5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.37 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0→50 Å / Num. obs: 16266 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 38 % / Biso Wilson estimate: 113.09 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1612 / Rpim(I) all: 0.02641 / Rrim(I) all: 0.1612 / Net I/σ(I): 21.49
反射 シェル解像度: 3.31→3.429 Å / Rmerge(I) obs: 1.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 1599 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.3003 / Rrim(I) all: 1.817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RFU

3rfu


解像度: 3.31→45.93 Å / SU ML: 0.4907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5665
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 3093 9.96 %
Rwork0.2142 27975 -
obs0.2179 16255 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4927 0 1 0 4928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01145001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39086782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0843827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.854698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.360.441310.37981208X-RAY DIFFRACTION93.9
3.36-3.420.38451460.3471294X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.470.33421400.27611243X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.540.26411430.26511313X-RAY DIFFRACTION99.86
3.54-3.610.30031370.25191262X-RAY DIFFRACTION99.71
3.61-3.680.28831390.24251266X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.760.2881370.23771244X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.850.3071460.23811298X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-3.940.29671440.24581279X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.050.30071390.24681277X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.170.27241430.19661267X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.30.24341420.19971293X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.460.24031380.1751258X-RAY DIFFRACTION99.86
4.46-4.640.22341410.20161272X-RAY DIFFRACTION100
4.64-4.850.23221380.20781269X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.10.22021410.18761288X-RAY DIFFRACTION100
5.1-5.420.27541400.22791260X-RAY DIFFRACTION100
5.42-5.840.29521430.22911300X-RAY DIFFRACTION99.79
5.84-6.420.25661450.24921258X-RAY DIFFRACTION100
6.43-7.350.26141390.20911268X-RAY DIFFRACTION99.79
7.35-9.240.1931420.1771287X-RAY DIFFRACTION100
9.25-45.930.2071390.18491271X-RAY DIFFRACTION98.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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