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- PDB-7r08: Abortive infection DNA polymerase Abi-P2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r08
タイトルAbortive infection DNA polymerase Abi-P2
要素Reverse transcriptase
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / DNA polymerase / protein-primed DNA synthesis / template-independent DNA synthesis / abortive infection
機能・相同性Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / RNA-directed DNA polymerase activity / Reverse transcriptase
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage P2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gapinska, M.A. / Figiel, M. / Czarnocki Cieciura, M. / Nowotny, M. / Zajko, W.
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
組織認可番号国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-20E7/16-00 ポーランド
European Regional Development FundPOIG.02.02.00-14-024/08-00European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Mechanism of protein-primed template-independent DNA synthesis by Abi polymerases.
著者: Małgorzata Figiel / Marta Gapińska / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Weronika Zajko / Małgorzata Sroka / Krzysztof Skowronek / Marcin Nowotny
要旨: Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are ...Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are unique in the way they combine the ability to synthesize DNA in a template-independent manner with protein priming. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of two Abi polymerases: AbiK and Abi-P2. Both proteins adopt a bilobal structure with an RT-like domain that comprises palm and fingers subdomains and a unique helical domain. AbiK and Abi-P2 adopt a hexameric and trimeric configuration, respectively, which is unprecedented for reverse transcriptases. Biochemical experiments showed that the formation of these oligomers is required for the DNA polymerization activity. The structure of the AbiK-DNA covalent adduct visualized interactions between the 3' end of DNA and the active site and covalent attachment of the 5' end of DNA to a tyrosine residue used for protein priming. Our data reveal a structural basis of the mechanism of highly unusual template-independent protein-priming polymerases.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase
B: Reverse transcriptase
C: Reverse transcriptase
D: Reverse transcriptase
E: Reverse transcriptase
F: Reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,3076
ポリマ－379,3076
非ポリマー00
水00
1
A: Reverse transcriptase
C: Reverse transcriptase
D: Reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,6533
ポリマ－189,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area60700 Å2
手法PISA
2
B: Reverse transcriptase
E: Reverse transcriptase
F: Reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,6533
ポリマ－189,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area60830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.334, 88.359, 161.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Reverse transcriptase


分子量: 63217.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P2 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2P9X6

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Well condition: 6% (v/v) 2-propanol, 26% PEG MME 550, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.5) Protein concentration: 6 mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.91 Å / Num. obs: 67114 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.76 % / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 12.22
反射 シェル解像度: 3.1→3.28 Å / Num. unique obs: 10560 / Rrim(I) all: 1.24 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CryoEM model

解像度: 3.1→47.91 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 2095 3.13 %
Rwork0.2196 64811 -
obs0.2213 66906 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 258.37 Å2 / Biso mean: 106.2898 Å2 / Biso min: 47.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22211 0 0 0 22211
残基数----2899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.170.45151380.381142874425100
3.17-3.250.36331390.326342794418100
3.25-3.340.36911380.314442824420100
3.34-3.440.3311390.29054282442199
3.44-3.550.35161390.271143254464100
3.55-3.680.37451390.276442954434100
3.68-3.820.28511390.229243024441100
3.82-40.29561390.233142914430100
4-4.210.2591390.213543254464100
4.21-4.470.28291400.189243074447100
4.47-4.810.22071390.18743004439100
4.82-5.30.26071400.195143584498100
5.3-6.060.28131400.228643374477100
6.06-7.640.30171420.241343874529100
7.64-47.910.20071450.16894454459999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72160.2343-3.33321.5547-0.70644.69960.0979-1.07860.44970.28090.1180.1054-0.38040.0684-0.230.83120.1179-0.03740.9835-0.17640.669114.642335.479488.9854
25.17080.604-2.37122.9668-1.13618.4828-0.1271-1.0488-0.12440.17920.13830.0331-0.01980.59010.010.60850.0597-0.03360.6597-0.11650.628327.842226.146978.5557
37.4951-1.0106-3.30233.7743-0.21746.93520.1216-0.26850.6301-0.2051-0.01170.088-1.1661-0.7013-0.12530.72560.0968-0.05010.622-0.12260.5684-4.85537.037962.1639
43.9384-1.96072.92642.8510.43284.60960.007-0.90110.02330.2117-0.0650.1109-0.5341-0.9235-0.01750.75020.04190.18661.3393-0.07710.7917-6.477535.316988.9726
51.67750.2194-0.84761.5062-0.17090.3968-0.39690.4137-0.3443-0.10610.1151-0.16630.2004-0.20810.18240.9962-0.09640.12581.2563-0.53560.991560.02951.812121.3571
62.3912-0.3042-1.90711.0331.1213.3701-0.05390.01120.0445-0.08680.3057-0.3096-0.53740.915-0.22160.6754-0.27390.11490.918-0.28450.846355.32315.811934.6922
74.32051.52632.44571.48943.02654.32640.2603-0.20310.14630.2802-0.1242-0.2556-0.30920.1221-0.20070.5064-0.04950.0340.50650.0180.650631.01956.571138.0429
88.0891-2.72461.0764.4475-1.65812.3875-0.0943-0.0247-0.83160.05070.35660.03160.33250.3218-0.26270.7786-0.03940.09870.5248-0.14110.782127.3673-5.703721.6496
97.33862.5018-0.4262.1581.06071.9854-0.81751.4687-0.6131-0.85440.9881-0.46950.35680.8802-0.02990.9732-0.10130.16731.2855-0.27480.856344.16090.85848.1284
100.91420.04230.64040.9465-0.58964.2020.0505-0.3637-0.12980.02350.22890.3272-0.272-0.7413-0.27750.8471-0.0152-0.11330.76770.25930.8419-28.346427.668631.5436
111.0707-0.4859-0.44021.0384-1.25442.60090.1044-0.0986-0.1271-0.35020.39790.32660.0707-0.7018-0.50220.7555-0.0641-0.13480.6310.18730.7932-15.340322.208441.3322
126.2361-1.2526-0.77893.1132-1.95218.26130.03810.0130.6933-0.4660.1392-0.15-0.4231-0.3446-0.14940.93110.0825-0.07830.3274-0.02230.76271.763744.465326.0901
138.86931.52822.33650.8025-0.66481.4673-0.36820.95580.7207-0.27080.40280.2911-0.281-0.4168-0.0480.97160.0879-0.03510.8040.1540.7332-16.548439.846512.5464
142.26851.8182-0.60823.44851.39193.0086-0.22380.26230.5237-0.37430.11180.0474-0.63740.77220.17931.068-0.37790.14980.8232-0.04961.03744.546549.271222.1114
154.0018-1.26010.37541.4030.96641.0633-0.16190.3208-0.2084-0.33610.0422-0.13840.01050.26320.14141.03-0.15830.10190.6060.04550.73931.732433.345816.5575
163.7962-1.19610.76122.3095-1.2862.70.0953-0.15850.5155-0.0687-0.0466-0.0268-0.72620.1613-0.07230.795-0.1933-0.01410.4314-0.07450.779728.633846.36152.1939
175.70890.5308-4.09334.56031.92336.0270.712-0.77991.36880.23760.0676-0.463-1.3711.5732-0.72391.2192-0.42750.04770.9696-0.01221.174351.229154.529840.1979
183.6642.1918-0.2712.19560.01873.1017-0.14820.2189-0.3475-0.30030.0843-0.00560.5818-0.83510.09850.8602-0.2157-0.06240.7536-0.05520.7373-15.4831-10.502818.2358
199.26163.2602-0.72192.1886-0.82481.7024-0.16370.14360.31920.02330.1702-0.0595-0.2445-0.3851-0.01130.8148-0.012-0.04240.4059-0.03730.5705-3.54476.317215.1381
206.9151-0.5968-0.43912.78170.38645.15570.0618-0.3092-0.6306-0.28650.18870.04880.6875-0.1342-0.19270.5601-0.11950.01190.4246-0.00430.69451.7481-12.054547.7512
218.8115-1.60534.38785.9126-1.64844.99330.149-0.6134-0.62930.38530.30630.52050.5266-1.214-0.41620.9021-0.31440.1031.1083-0.0960.675-21.215-18.498635.9738
225.95410.13252.23040.5517-0.55933.48260.0994-1.569-0.51150.2406-0.1166-0.17810.1420.4159-0.0180.8020.0161-0.07321.44710.31960.780811.2039-3.560382.8607
237.7011-0.5448-2.54960.2050.98942.6077-0.0458-0.4959-0.13570.19880.0163-0.07070.1954-0.19130.01030.5598-0.0816-0.09190.54690.10950.734612.3973.55160.9451
246.74632.08455.01164.1834-1.55738.8020.32590.498-0.9682-0.7549-0.1119-0.80010.743-0.0118-0.12850.52220.06110.00130.3640.01380.886336.855-5.818358.7685
253.08881.292-1.4936-0.9389-1.03457.29190.011-2.0617-1.120.1976-0.0845-0.30340.72061.21820.17120.8830.0434-0.06751.57050.48821.150439.542-5.550780.7217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 183 )A32 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 184 through 331 )A184 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 332 through 443 )A332 - 443
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 444 through 540 )A444 - 540
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 76 )B32 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 309 )B77 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 310 through 363 )B310 - 363
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 364 through 423 )B364 - 423
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 424 through 540 )B424 - 540
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 32 through 223 )C32 - 223
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 224 through 363 )C224 - 363
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 364 through 423 )C364 - 423
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 424 through 540 )C424 - 540
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 32 through 172 )D32 - 172
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 173 through 331 )D173 - 331
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 332 through 443 )D332 - 443
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 444 through 539 )D444 - 539
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 32 through 172 )E32 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 173 through 331 )E173 - 331
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 332 through 443 )E332 - 443
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 444 through 539 )E444 - 539
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 32 through 292 )F32 - 292
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 293 through 363 )F293 - 363
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 364 through 422 )F364 - 422
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 423 through 539 )F423 - 539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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