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- PDB-7r07: Abortive infection DNA polymerase AbiK from Lactococcus lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r07
タイトルAbortive infection DNA polymerase AbiK from Lactococcus lactis
要素
  • AbiK
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / DNA polymerase / protein-primed DNA synthesis / template-independent DNA synthesis / abortive infection
機能・相同性Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / AbiK
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Figiel, M. / Gapinska, M. / Czarnocki-Cieciura, M. / Zajko, W. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
組織認可番号
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-20E7/16-00 ポーランド
European Regional Development FundPOIG.02.02.00-14-024/08-00European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2022
タイトル: Mechanism of protein-primed template-independent DNA synthesis by Abi polymerases.
著者: Małgorzata Figiel / Marta Gapińska / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Weronika Zajko / Małgorzata Sroka / Krzysztof Skowronek / Marcin Nowotny
要旨: Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are ...Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are unique in the way they combine the ability to synthesize DNA in a template-independent manner with protein priming. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of two Abi polymerases: AbiK and Abi-P2. Both proteins adopt a bilobal structure with an RT-like domain that comprises palm and fingers subdomains and a unique helical domain. AbiK and Abi-P2 adopt a hexameric and trimeric configuration, respectively, which is unprecedented for reverse transcriptases. Biochemical experiments showed that the formation of these oligomers is required for the DNA polymerization activity. The structure of the AbiK-DNA covalent adduct visualized interactions between the 3' end of DNA and the active site and covalent attachment of the 5' end of DNA to a tyrosine residue used for protein priming. Our data reveal a structural basis of the mechanism of highly unusual template-independent protein-priming polymerases.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AbiK
B: AbiK
C: AbiK
D: AbiK
E: AbiK
F: AbiK
G: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,31421
ポリマ-449,09512
非ポリマー2199
28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.990, 200.990, 570.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)

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要素

#1: タンパク質
AbiK


分子量: 71713.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: abiK / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q48614
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3136.042 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant: Star
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% Jeffamine M-600, 0.1 M MES (pH 6.5), and 0.05 M cesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0064 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.627 Å / Num. obs: 123156 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 40.82 % / Biso Wilson estimate: 115.74 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Num. unique obs: 19473 / CC1/2: 0.508

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292120632

解像度: 3.1→49.627 Å / SU ML: 0.4982 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9168 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 2094 1.71 %
Rwork0.1893 120558 -
obs0.19 122652 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 116.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29699 920 9 16 30644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002331427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50942646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03834595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.578518414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.170.461320.46047474X-RAY DIFFRACTION94.08
3.17-3.250.37431380.35237934X-RAY DIFFRACTION99.3
3.25-3.340.30041370.2897922X-RAY DIFFRACTION99.29
3.34-3.440.27731380.25547922X-RAY DIFFRACTION99.37
3.44-3.550.27171380.2387961X-RAY DIFFRACTION99.48
3.55-3.680.2521370.23127926X-RAY DIFFRACTION99.04
3.68-3.820.25221390.21527990X-RAY DIFFRACTION99.51
3.82-40.24571390.19458022X-RAY DIFFRACTION99.55
4-4.210.24191390.18098016X-RAY DIFFRACTION99.65
4.21-4.470.20331400.16268076X-RAY DIFFRACTION99.66
4.47-4.820.19321400.15218064X-RAY DIFFRACTION99.68
4.82-5.30.20131410.15578144X-RAY DIFFRACTION99.83
5.3-6.070.21621420.1888153X-RAY DIFFRACTION99.46
6.07-7.640.25711440.20368296X-RAY DIFFRACTION99.89
7.64-49.6270.20831500.15948658X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.186184681191.77780696848-1.973085466373.313974254820.9260247328641.57462198808-0.309322386651-0.82433392892-0.2494382539810.6064480854470.0868635029607-0.4357825383250.5341469237660.4224436878490.2619726070061.262377891780.124092507244-0.1384304236810.8041266530260.1821189822180.75049931666460.23173964266.8169268149272.2774540279
21.918657082060.920947814001-0.03029462738277.16062536805-2.307416272432.72370647875-0.1283728356220.139575913749-0.3862206241-0.3968599256490.273158386409-0.09401179490610.249228567665-0.0330516328341-0.2076547619840.9735079663910.04914493556780.05450526620270.801158464301-0.009530712031350.7306280736460.913633638311.167445454850.5225143496
31.4862584867-0.743950323759-1.340774021561.22530070114-0.6311356970064.036143114630.00642249889635-0.2175169394520.1665444272650.05966188653280.0275419002004-0.157493526454-0.4462953675540.548270294923-0.05788209049631.05004790817-0.217735913437-0.06107552005311.063800310770.01276653448070.72828992011650.58283482735.189439503676.4116296514
42.19983047077-0.138929007559-0.5398334486563.62368659445-0.1501399028312.58491918278-0.0647355938421-0.446667319806-0.6088537678720.209921100941-0.03138708786320.2163971156240.8124188127520.007774761700780.1317690079071.22282082543-0.1197642176190.001441985430940.8864838809630.1917895707620.77042511807440.41060043982.1732330169983.1088839765
53.26216812-0.582479765016-1.005763527965.76376270625-0.2767658771232.064536774940.113022048910.5746613561020.012761275887-0.737594601811-0.08498376923520.275910214752-0.283131612442-0.176711275443-0.1985170956491.98524693609-0.209748683655-0.1680971820380.9066669049870.126181655870.79588590501440.315201794549.4444181568-4.28023411167
61.63125522635-0.246799755427-0.1065728344160.9715738758750.2084140164731.03340090425-0.1213631566160.2723326713850.184508053902-0.838977295580.07176681864150.136717557541-0.313932538831-0.1488554349550.04761659961611.73592205348-0.118343460459-0.2001956719840.7664010540520.001448216328080.75296342384237.16669907952.24837673516.09867989904
75.19341092009-0.9172024424680.8980759861057.2043203717-0.8869273694787.766322732360.111756900489-0.8477557163670.8809167990441.22383540397-0.00198754993045-0.0106344068047-0.8714570751060.926118889388-0.05304886829610.943713719946-0.1166872895710.09995457998030.828106703495-0.1186926212970.73304282995331.259964886364.723056457781.3569161164
82.887681171111.155383391960.2372007595644.87543562791-0.857473348564.89811928234-0.00455170088573-0.2630816444270.3382334828040.43705623962-0.1279649888360.615723328686-0.3063010356110.0262644653257-0.1851833329690.855816618495-0.001170750834550.2138351598470.589620256582-0.1214201786290.92541059059520.391214878367.617832414673.4706339378
94.28896461416-1.91152771721-0.225407165324.907367915020.6836462311061.947037358170.156682810851-0.234832732056-0.0776028595029-0.185044867617-0.05776133795730.5774274586050.0674256128121-0.26011861076-0.0621498014590.990536564206-0.1761842270810.04991197102670.8101266349990.002813477681890.80840285595821.08408986646.415521193169.1944542265
101.565174303530.587979965652-0.3769175424893.106446738690.1542204811361.139556731690.0610912954518-0.297160178535-0.002786621379280.1820859815930.00675729190353-0.398481055577-0.1629724411880.3319877573450.06771549185041.13286742732-0.142321589729-0.01148966853740.790646817810.012402809410.84568509879551.667313826965.131766940961.442552326
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 115 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 286 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 287 through 418 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 419 through 599 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 103 through 599 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 49 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 50 through 126 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 127 through 286 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 287 through 418 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 419 through 599 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 0 through 115 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 116 through 273 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 274 through 331 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 332 through 599 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 0 through 126 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 127 through 295 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 296 through 599 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 0 through 273 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 274 through 599 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 1 through 10 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 1 through 10 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 1 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid 1 through 10 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'K' and (resid 1 through 11 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る