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- PDB-7qzr: Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qzr
タイトルStructure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with the Staphyloccal Peroxidase Inhibitor SPIN from Staphylococcus aureus
要素
  • (Myeloperoxidase heavy ...) x 2
  • Exported protein
  • Myeloperoxidase light chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Phagocytosis Innate Immune Response Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / chromatin binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Exported protein / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Pfanzagl, V. / Brito, J.A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33997 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The staphylococcal inhibitory protein SPIN binds to human myeloperoxidase with picomolar affinity but only dampens halide oxidation.
著者: Leitgeb, U. / Furtmuller, P.G. / Hofbauer, S. / Brito, J.A. / Obinger, C. / Pfanzagl, V.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site_anisotrop.id
改定 3.02022年12月21日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / Item: _atom_site_anisotrop.id
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site_anisotrop.id
改定 4.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
C: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
E: Exported protein
F: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,75024
ポリマ－155,1016
非ポリマー5,64918
水9,476526
1
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
E: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,60015
ポリマ－77,5513
非ポリマー3,04912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
2
C: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
F: Exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1509
ポリマ－77,5513
非ポリマー2,6006
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18410 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.085, 112.085, 249.949
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質 Myeloperoxidase light chain


分子量: 12894.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: myeloperoxidase light chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#4: タンパク質 Exported protein / Myeloperoxidase inhibitor SPIN / Peroxidase inhibitor


分子量: 11318.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spn, BN1321_100004, BSG37_02260, BTN44_10620, DD547_00397, DQU54_02285, E3A28_06620, E3K14_02150, E4U00_13265, E5491_02175, ELP52_13680, EP54_01735, EQ90_14250, FA040_13280, G6X35_08925, ...遺伝子: spn, BN1321_100004, BSG37_02260, BTN44_10620, DD547_00397, DQU54_02285, E3A28_06620, E3K14_02150, E4U00_13265, E5491_02175, ELP52_13680, EP54_01735, EQ90_14250, FA040_13280, G6X35_08925, G6X37_02280, G6Y24_06940, GO788_14115, GO793_01255, GO814_02200, GO942_04205, GQX37_09010, GZ145_13040, HMPREF3211_00419, NCTC10654_00513, NCTC10702_00804, QU38_03305, RK64_02670, SAHC1335_03340, SAMEA1029536_02387, SAMEA103891420_01955, SAMEA103891454_02159, SAMEA2076468_01149, SAMEA2076503_02336, SAMEA2077334_02539, SAMEA2078260_02478, SAMEA2078588_01351, SAMEA2079501_02481, SAMEA2080344_01411, SAMEA2081063_02581, SAMEA4008569_02671, SAMEA70146418_02739
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1H8K9

-
Myeloperoxidase heavy ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Myeloperoxidase heavy chain


分子量: 53337.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: myeloperoxidase heavy chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#3: タンパク質 Myeloperoxidase heavy chain


分子量: 53337.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: myeloperoxidase heavy chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 538分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#12: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 8% (w/V) PEG 20000, 0.1 M BICINE pH 9, 0.5% (V/V) Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 213.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→19.814 Å / Num. obs: 68945 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 7.63 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.988 / CC1/2 anomalous: -0.08 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.1049 / Rrim(I) all: 0.2998 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.728 / Baniso tensor eigenvalue 1: 23 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 23 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 38.4 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 2.179 Å / Aniso diffraction limit 2: 2.179 Å / Aniso diffraction limit 3: 2.486 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 6.19 / Num. measured all: 525797 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 92.6 / % possible ellipsoidal: 92.9 / % possible ellipsoidal anomalous: 92.6 / % possible spherical: 82.4 / % possible spherical anomalous: 82 / Redundancy anomalous: 4 / Signal type: local
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
6.422-19.8148.950.091614.783085030850344634460.997-0.3230.03180.09720.5711001001001001005.12100
5.085-6.4228.510.143812.012936529365344934490.99-0.0850.05210.15320.70599.999.999.999.999.94.6499.9
4.434-5.0858.780.130113.133024030240344634460.993-0.1430.04630.13840.6699.910099.910099.94.72100
4.02-4.4348.940.150312.533082730827344734470.991-0.0990.05330.15980.69399.999.999.999.999.94.7799.9
3.726-4.029.290.190611.313201232012344734470.987-0.1020.06620.20210.7221001001001001004.94100
3.501-3.7269.360.24639.753227632276344934490.982-0.1380.08550.26110.7411001001001001004.94100
3.323-3.5019.230.31218.323180931809344734470.976-0.0930.10850.3310.76499.999.999.999.999.94.8699.9
3.176-3.3239.120.40396.853141131411344634460.964-0.1130.14050.42830.7610099.810099.81004.7999.8
3.05-3.1768.80.49375.783036730367344934490.946-0.0640.17440.52450.76310099.910099.91004.6299.9
2.943-3.058.170.57784.862816128161344534450.924-0.1140.21260.61690.75599.899.899.899.899.84.2999.8
2.85-2.9437.550.66553.962602326023344834480.891-0.0420.25520.71450.74199.699.999.699.999.63.9599.9
2.767-2.857.20.7593.372480424804344734470.855-0.0560.29750.81750.72599.599.999.599.999.53.7799.9
2.693-2.7677.010.82933.082416424164344834480.831-0.0540.32870.89470.74999.599.899.599.899.53.6699.8
2.625-2.6936.790.92052.642342723427344834480.769-0.020.37010.99540.74299.599.399.599.399.53.5499.3
2.563-2.6256.560.99842.42262822628344734470.726-0.0440.41041.08310.7397.797.397.797.397.73.4197.3
2.505-2.5636.331.11162.142179421794344534450.649-0.0070.46891.21060.74295.79595.79595.73.2895
2.451-2.5055.911.15761.872040120401345034500.643-0.0110.50411.2670.72795.395.395.393.293.73.0895.3
2.397-2.4515.551.22851.691914119141344634460.59-0.0130.55421.35280.72993.394.193.385.4862.8994.1
2.327-2.3975.191.13351.691788817888344734470.537-0.0260.53991.26070.74773.173.673.159.960.52.6973.6
2.18-2.3275.281.21991.571820918209344834480.51200.5821.3550.75148.648.448.623.5242.7148.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20210716data processing
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.77データスケーリング
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UZU

5uzu


解像度: 2.18→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.336 / SU Rfree Blow DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 3513 -RANDOM
Rwork0.2038 ---
obs0.2059 68945 82.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0188 Å20 Å20 Å2
2--0.0188 Å20 Å2
3----0.0376 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10274 0 372 526 11172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00821382HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9838609HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6428SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3370HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10930HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1428SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16181SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.98
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 68 -
Rwork0.2776 --
obs0.2777 1379 17.17 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7776-0.64150.71720.20011.93254.1293-0.00240.26780.08760.26780.0760.25450.08760.2545-0.0736-0.0586-0.0388-0.0461-0.03130.0213-0.086626.63516.223243.0429
20.2227-0.0838-0.00810.59370.04790.326-0.00750.0132-0.02370.0132-0.00080.0044-0.02370.00440.0084-0.0654-0.0049-0.0278-0.03270.0191-0.03895.6501-4.866723.0563
30.2836-0.0757-0.01750.35920.01740.2680.04460.03870.01190.0387-0.02180.0570.01190.057-0.0229-0.0465-0.0132-0.025-0.03230.0199-0.02668.0376-16.134823.3097
40.251-0.1515-0.11320.49090.07550.5332-0.0238-0.00430.0669-0.00430.0121-0.01770.0669-0.01770.0117-0.064-0.0137-0.0079-0.0610.0278-0.00770.827-52.689543.6447
50.5579-0.0428-0.13840.72940.01030.47610.0169-0.0182-0.0125-0.0182-0.03420.044-0.01250.0440.0173-0.0624-0.0024-0.0166-0.06150.0376-0.0432.513-41.387244.4916
62.7038-1.0024-1.16521.88811.34042.3146-0.0393-0.2156-0.0283-0.21560.09110.4019-0.02830.4019-0.0518-0.25010.04790.018-0.07150.0250.132629.8472-63.649337.933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ E|* }E33 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B279 - 744
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1000 - 7000
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|* }A167 - 271
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|* }A5000
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D279 - 743
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1000 - 4000
8X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }C167 - 271
9X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }C5000
10X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F35 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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