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- PDB-7qza: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 29E4 variant from Pseu... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qza

タイトル

Crystal structure of a DyP-type peroxidase 29E4 variant from Pseudomonas putida

要素

Dyp-type peroxidase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DyP / heme / directed evolution / Pseudomonas putida

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.698 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Silva, D. / Frazao, C. / Martins, L.O.

資金援助

European Union,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase.
著者: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O.

履歴

登録	2022年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qza.cif.gz	890.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qza.ent.gz	755.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qza_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qza_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	7qza_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	7qza_validation.cif.gz	104.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qyqC 7qyzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Dyp-type peroxidase family protein

B: Dyp-type peroxidase family protein

C: Dyp-type peroxidase family protein

D: Dyp-type peroxidase family protein

E: Dyp-type peroxidase family protein

F: Dyp-type peroxidase family protein

G: Dyp-type peroxidase family protein

H: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

256 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Dyp-type peroxidase family protein

B: Dyp-type peroxidase family protein

C: Dyp-type peroxidase family protein

G: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

D: Dyp-type peroxidase family protein

F: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

E: Dyp-type peroxidase family protein

H: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.957, 78.813, 98.931
Angle α, β, γ (deg.)	91.020, 92.930, 94.000
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

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要素

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase family protein 分子量: 31351.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 遺伝子: PP_3248 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88HV5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 0.02 M calcium chloride dehydrate, 0.1 M Tris-BICINE pH 8.5, 37.5 % v/v of a precipitant mixture composed of 12.5 % v/v MPD, 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.698→98.78 Å / Num. obs: 54918 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 71.22 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.55
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 7338 / CC_1/2: 0.497

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PpDyP WT

解像度: 2.698→78.602 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	54892	100 %
R_work	0.1892	54892	-
obs	0.1892	54892	90.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 220.74 Å² / B_iso mean: 81.0125 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.698→78.602 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17455	0	344	11	17810
B_iso mean	-	-	73.95	45.69	-
残基数	-	-	-	-	2264

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.698-2.7285	0.4278	1209	0.4278	1209	59
2.7285-2.7606	0.3925	1317	0.3925	1317	67
2.7606-2.7942	0.3716	1513	0.3716	1513	73
2.7942-2.8296	0.3657	1718	0.3657	1718	86
2.8296-2.8668	0.3692	1843	0.3692	1843	93
2.8668-2.9061	0.3547	1938	0.3547	1938	94
2.9061-2.9476	0.3342	1888	0.3342	1888	95
2.9476-2.9916	0.3081	1923	0.3081	1923	95
2.9916-3.0384	0.2854	1973	0.2854	1973	96
3.0384-3.0882	0.292	1878	0.292	1878	95
3.0882-3.1414	0.2846	1940	0.2846	1940	95
3.1414-3.1986	0.2751	1886	0.2751	1886	95
3.1986-3.2601	0.2678	1905	0.2678	1905	94
3.2601-3.3266	0.2608	1844	0.2608	1844	91
3.3266-3.399	0.2399	1931	0.2399	1931	95
3.399-3.478	0.2281	1885	0.2281	1885	93
3.478-3.565	0.2107	1930	0.2107	1930	96
3.565-3.6614	0.202	1893	0.202	1893	94
3.6614-3.7691	0.1923	1889	0.1923	1889	93
3.7691-3.8908	0.1716	1845	0.1716	1845	94
3.8908-4.0298	0.1631	1854	0.1631	1854	91
4.0298-4.1912	0.1617	1851	0.1617	1851	92
4.1912-4.3819	0.1501	1913	0.1501	1913	95
4.3819-4.6129	0.1355	1928	0.1355	1928	95
4.6129-4.9019	0.1362	1880	0.1362	1880	94
4.9019-5.2803	0.1496	1844	0.1496	1844	92
5.2803-5.8115	0.1522	1880	0.1522	1880	93
5.8115-6.6521	0.1686	1919	0.1686	1919	94
6.6521-8.3794	0.1404	1782	0.1404	1782	89
8.3794-78.602	0.1295	1893	0.1295	1893	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0037	-0.0096	0.0035	0.0104	0.0283	0.0595	0.0983	0.2816	-0.0951	-0.5017	0.3093	0.7142	0.4542	-0.0303	-0.0002	0.6273	0.114	-0.0213	0.572	0.0401	0.7186	-9.6378	6.7594	10.3769
2	0.0473	-0.2243	0.0375	1.1688	-0.24	0.0512	0.0174	0.0906	0.086	-0.5506	0.5417	0.061	-0.1388	0.4762	0.2198	0.5509	-0.1235	0.0596	0.8018	-0.0744	0.4433	11.3297	6.1328	3.8554
3	0.3344	-0.2152	-0.0087	0.3988	-0.0979	0.1016	-0.0235	0.7886	0.4775	-0.7953	-0.1463	0.0224	0.4895	0.0048	0.0366	0.6705	-0.058	-0.0851	0.7239	0.0846	0.5524	4.9725	12.7155	4.5594
4	0.0996	-0.0606	0.0209	0.551	0.4638	0.6314	0.2075	0.2131	0.1915	0.462	0.0618	0.3293	0.4092	0.336	-0.002	0.5009	0.0271	-0.0397	0.5277	-0.0102	0.514	4.5995	7.8528	16.7874
5	0.0027	0.0218	-0.0066	0.0484	-0.0045	0.0154	-0.1004	0.2308	-0.067	0.2888	-0.0904	0.2846	0.2756	0.6408	0.0001	0.7654	0.1346	-0.0097	0.7419	-0.0204	0.7041	8.2152	-2.6717	3.3717
6	0.0311	-0.0042	-0.0078	0.009	-0.0122	0.041	0.1047	0.1221	-0.2243	0.1315	0.7212	-0.2281	-0.0771	0.2782	-0.0009	0.5764	-0.026	0.0193	0.6875	-0.0517	0.6007	13.0081	2.325	9.1884
7	0.026	0.0086	0.026	0.0174	0.0218	0.0389	0.1898	-0.0538	-0.0994	-0.0755	0.1493	0.2967	0.6061	0.2886	-0	0.5669	0.0287	-0.08	0.6736	-0.0594	0.6382	-7.264	-2.5278	22.9314
8	0.0127	-0.0257	0.0023	0.0208	0.0226	0.0254	-0.0972	-0.1639	0.0263	-0.0918	-0.206	0.0028	-0.1861	-0.4093	-0.0001	0.7193	0.0248	0.0885	0.7695	-0.0622	0.7397	-11.813	3.8273	29.4326
9	0.0023	-0.0178	-0.0054	0.0385	0.0168	0.0188	-0.0007	-0.0836	0.3271	-0.4722	0.4921	0.0451	-0.0647	-0.2648	0.0001	0.7868	0.0737	0.0401	0.7863	0.172	0.76	-13.1606	18.1071	15.2114
10	0.1398	0.1356	-0.0712	0.1189	0.019	0.0822	-0.0903	0.0807	0.1189	0.3792	0.0391	0.1213	-0.1899	-0.0212	-0.0001	0.4764	0.0369	0.0469	0.4211	0.04	0.4999	-1.7561	3.9301	31.2898
11	0.2009	-0.0743	0.1291	0.0746	-0.0135	0.072	-0.0181	-0.2672	0.2216	0.1596	-0.0109	0.4043	-0.4898	-0.2616	-0.0001	0.8347	0.0603	0.2129	0.6419	-0.0213	0.7529	-11.8582	10.9368	37.1018
12	0.0187	-0.0045	-0.0145	0.0081	0.0057	0.0024	0.2664	-0.2604	0.1446	-0.0506	-0.2612	0.1171	-0.1482	-0.1049	-0.0002	1.2243	0.2225	0.272	0.7506	0.0479	0.8063	-8.83	25.0313	28.1667
13	0.0417	0.0433	-0.0614	0.0476	-0.0402	0.2284	-0.0384	0.0603	0.0399	0.0845	0.0396	0.1929	0.4025	-0.0271	-0.0005	0.4696	0.0327	0.0179	0.5197	-0.0395	0.5686	-2.0934	5.1807	21.9815
14	0.2354	0.2055	-0.2217	0.2169	-0.2399	0.2642	-0.3226	-0.09	-0.174	0.138	-0.6139	-0.0894	-0.5359	-0.0883	-0.0281	0.5349	0.1313	-0.0035	0.4697	0.0126	0.6847	-0.3415	20.6576	24.2823
15	0.07	0.0693	0.0867	0.031	0.0692	0.0737	0.1379	-0.1628	-0.0043	0.4776	0.3624	-0.1664	-0.1547	0.5199	-0.0003	0.7735	0.0614	0.0965	0.4538	-0.0439	0.5922	1.7961	12.9249	36.0583
16	0.134	0.1943	0.0357	0.1258	0.0678	0.041	-0.2632	-0.067	0.3079	-0.1708	-0.251	-0.1537	0.1783	-0.0361	-0.0064	0.4928	-0.0002	-0.038	0.533	0.1062	0.4815	2.1734	14.5701	6.5331
17	0.42	-0.2797	-0.1339	0.4808	-0.3325	0.1774	0.0877	-0.0897	-0.2575	0.4899	-0.0706	0.0128	-0.0021	0.0614	-0.0347	0.6689	-0.1047	-0.0958	0.7008	0.0373	0.4393	26.8485	4.0082	37.1662
18	0.0956	0.2007	0.0324	0.4416	0.0481	0.0124	-0.2653	-0.1146	0.308	0.2177	-0.0627	0.3103	-0.0569	-0.0144	0.0024	1.2564	-0.0537	-0.0409	0.8659	-0.0124	0.5666	17.2904	4.9807	49.5442
19	0.3789	0.2679	0.0384	0.1763	0.0962	0.1524	0.262	-0.5342	0.1672	0.4899	-0.3112	-0.1499	-0.0937	0.1574	0.0139	0.6476	0.0102	-0.1324	0.6389	-0.0074	0.5386	23.1108	10.4261	42.5276
20	0.2875	0.0682	-0.3624	0.0861	-0.0236	0.3265	0.1603	0.0722	0.2819	0.0951	-0.0606	-0.1531	0.4381	-0.3212	0.0001	0.5841	0.0092	-0.104	0.6011	-0.0133	0.4861	22.4992	10.0676	28.6758
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精密化 TLSグループ

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20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 62:91)	B	62 - 91
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 133:164)	B	133 - 164
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 176:202)	B	176 - 202
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 203:214)	B	203 - 214
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 215:236)	B	215 - 236
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 237:245)	B	237 - 245
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 246:258)	B	246 - 258
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 259:271)	B	259 - 271
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 272:285)	B	272 - 285
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 82:95)	C	82 - 95
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 96:114)	C	96 - 114
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 115:129)	C	115 - 129
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 143:160)	C	143 - 160
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 161:174)	C	161 - 174
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49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 3:11)	D	3 - 11
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80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain E and resid 266:285)	E	266 - 285
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93	X-RAY DIFFRACTION	93	(chain F and resid 215:233)	F	215 - 233
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103	X-RAY DIFFRACTION	103	(chain G and resid 129:136)	G	129 - 136
104	X-RAY DIFFRACTION	104	(chain G and resid 137:143)	G	137 - 143
105	X-RAY DIFFRACTION	105	(chain G and resid 144:173)	G	144 - 173
106	X-RAY DIFFRACTION	106	(chain G and resid 174:193)	G	174 - 193
107	X-RAY DIFFRACTION	107	(chain G and resid 194:213)	G	194 - 213
108	X-RAY DIFFRACTION	108	(chain G and resid 214:236)	G	214 - 236
109	X-RAY DIFFRACTION	109	(chain G and resid 237:252)	G	237 - 252
110	X-RAY DIFFRACTION	110	(chain G and resid 253:264)	G	253 - 264
111	X-RAY DIFFRACTION	111	(chain G and resid 265:271)	G	265 - 271
112	X-RAY DIFFRACTION	112	(chain G and resid 272:285)	G	272 - 285
113	X-RAY DIFFRACTION	113	(chain H and resid 3:8)	H	3 - 8
114	X-RAY DIFFRACTION	114	(chain H and resid 9:31)	H	9 - 31
115	X-RAY DIFFRACTION	115	(chain H and resid 32:61)	H	32 - 61
116	X-RAY DIFFRACTION	116	(chain H and resid 62:89)	H	62 - 89
117	X-RAY DIFFRACTION	117	(chain H and resid 90:103)	H	90 - 103
118	X-RAY DIFFRACTION	118	(chain H and resid 104:118)	H	104 - 118
119	X-RAY DIFFRACTION	119	(chain H and resid 119:132)	H	119 - 132
120	X-RAY DIFFRACTION	120	(chain H and resid 133:157)	H	133 - 157
121	X-RAY DIFFRACTION	121	(chain H and resid 158:178)	H	158 - 178
122	X-RAY DIFFRACTION	122	(chain H and resid 179:193)	H	179 - 193
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125	X-RAY DIFFRACTION	125	(chain H and resid 237:248)	H	237 - 248
126	X-RAY DIFFRACTION	126	(chain H and resid 249:263)	H	249 - 263
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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