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- PDB-7qyz: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qyz
タイトルCrystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseudomonas putida
要素Dyp-type peroxidase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / DyP / heme / Pseudomonas putida / directed evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dyp-type peroxidase, C-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dyp-type peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.452 Å
データ登録者Borges, P.T. / Silva, D. / Martins, L.O. / Frazao, C.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionB-LigZymes H2020-MSCA-RISE 2018European Union
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BII-BBF/29564/2017 英国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase.
著者: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O.
履歴
登録2022年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9962
ポリマ－31,3791
非ポリマー6161
水181
1
A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9838
ポリマ－125,5174
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area13370 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area42090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.721, 108.721, 108.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Dyp-type peroxidase family protein


分子量: 31379.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440
遺伝子: PP_3248 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88HV5
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.075 M sodium bromide, 0.05 M sodium fluoride, 0.1 M HEPES pH 7.8, 22.5 % v/v PEG Smear Broad and 0.075 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.622 Å / Num. obs: 14987 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 65.78 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 2546 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.319

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PpDyP WT

解像度: 2.452→48.622 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
詳細: THE REFINEMENT CONVERGED TO RWORK AND R-FREE OF 0.222 AND 0.255, RESPECTIVELY. THE FINAL MODEL WAS THEN REFINED VERSUS THE FULL DATA SET.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 14985 100 %
Rwork0.222 14985 -
obs-14985 93.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.8 Å2 / Biso mean: 80.786 Å2 / Biso min: 42.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.452→48.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 43 1 2217
Biso mean--71.59 74.92 -
残基数----282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.452-2.47990.3815460.381546100
2.4799-2.5090.37215170.3721517100
2.509-2.53960.36275270.3627527100
2.5396-2.57180.37055100.3705510100
2.5718-2.60560.35435400.3543540100
2.6056-2.64130.35235100.3523510100
2.6413-2.6790.42033850.420338597
2.679-2.7190.3452280.34522896
2.719-2.76150.33654990.336549999
2.7615-2.80680.3085490.308549100
2.8068-2.85520.31035320.3103532100
2.8552-2.90710.29445170.2944517100
2.9071-2.9630.29775390.2977539100
2.963-3.02350.31015210.3101521100
3.0235-3.08920.30345220.3034522100
3.0892-3.1610.30195300.3019530100
3.161-3.24010.28155300.2815530100
3.2401-3.32770.25735340.2573534100
3.3277-3.42560.24715380.2471538100
3.4256-3.53610.23443240.234432462
3.5361-3.66240.22965080.229650898
3.6624-3.8090.20553740.205537499
3.809-3.98230.21274050.212740575
3.9823-4.19220.1875490.187549100
4.1922-4.45460.17875150.1787515100
4.4546-4.79830.16445420.164454299
4.7983-5.28070.18475350.184753597
5.2807-6.04360.22255390.222553999
6.0436-7.60950.19635460.196354699
7.6095-48.6220.15955740.159557497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1539-0.1208-0.10080.08720.13240.1825-0.57290.2274-0.441-0.12540.31070.08810.17980.38580.03391.017-0.28090.40840.41910.11040.739237.60226.9684-5.131
20.4737-0.3988-0.29280.38140.06190.392-0.61330.0555-0.1015-0.55140.7527-0.2605-0.00520.35080.10510.7855-0.35720.04340.65210.07820.358240.269345.1835-15.3521
30.11570.12610.03390.05840.02840.0088-0.45180.1521-0.3854-0.69380.53570.3250.2031-0.17730.06850.9156-0.31350.00470.65440.10210.712136.028338.453-15.3137
40.01470.0082-0.0179-0.0002-0.01340.0097-0.00550.0989-0.13020.1313-0.03370.12480.0485-0.6113-0.00650.9513-0.3199-0.08720.75480.26130.765622.159344.504-16.1502
50.23660.02190.13480.53840.13840.5222-0.4377-0.0245-0.20410.06070.58790.45950.00010.04320.25060.6521-0.09470.05990.55380.23050.63932.813146.1859-1.773
60.1293-0.0862-0.0595-0.0174-0.0341-0.0017-0.31020.04320.071-0.63160.5059-0.1050.16990.37930.00010.7547-0.26490.23150.7157-0.11570.460551.552937.7028-10.9745
70.1663-0.0155-0.1920.07970.03120.0775-0.59040.1784-0.2341-0.14360.0534-0.0977-0.08720.5531-0.09210.7789-0.1950.09640.60620.11570.542745.792442.2604-6.8726
80.0035-0.0091-0.00880.0251-0.00910.004-0.3915-0.4899-0.0755-0.06220.10170.26760.12280.24140.00010.65490.18480.24360.58030.2210.64843.959133.340813.3049
90.0271-0.0256-0.01880.0145-0.00680.0282-0.13790.0582-0.1068-0.0956-0.1332-0.24060.23290.0982-0.00011.2707-0.25230.24580.90630.28641.689531.650324.85335.9647
100.14920.0886-0.05430.1938-0.15860.1451-0.02280.16830.01910.0456-0.010.06210.0926-0.1637-0.05560.9177-0.59740.13060.73030.55341.455224.507228.0256-6.157
110.5760.54710.4751.07490.39191.3879-0.6759-0.2257-0.17150.11330.39170.3738-0.09270.4197-0.40370.69820.23120.30980.74350.31420.565240.283539.697315.3888
120.56530.3234-0.1160.3892-0.0918-0.0283-0.38880.98270.0170.83710.56330.1706-0.0337-0.7884-0.02160.45070.18130.43690.770.53960.79428.359134.281718.771
130.0017-0.00260.01210.0552-0.03360.03210.0148-0.0388-0.0225-0.0296-0.0029-0.1761-0.1404-0.1589-0.10080.9006-0.15090.56130.73870.64431.346522.177333.09886.6465
140.217-0.0919-0.11060.2504-0.09610.0292-0.4887-0.8885-0.24460.14440.366-0.03940.03430.00020.05750.63790.0470.30360.53270.41170.628441.168339.56743.1311
150.3373-0.13070.45720.16870.00120.8062-1.0161-0.130.03460.2458-0.36820.56780.329-0.29-0.25250.53650.03060.27610.74280.47550.973724.026440.64854.7832
160.1816-0.04810.01491.78420.81581.8588-0.27-0.59640.1548-0.02631.00590.4052-0.4932-0.22861.01560.76680.44970.30180.68480.57540.684731.393646.581315.0229
170.4755-0.5758-0.01180.66150.35590.3096-0.3717-0.067-0.1710.13020.49030.36760.5504-0.46940.14220.7239-0.4262-0.00430.52230.30330.67330.338337.4425-13.5836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:13)A4 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:34)A14 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 35:56)A35 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 57:63)A57 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 64:89)A64 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 90:103)A90 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 104:123)A104 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 124:131)A124 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 132:142)A132 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 143:151)A143 - 151
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 152:185)A152 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 186:207)A186 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 208:212)A208 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 213:233)A213 - 233
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 234:245)A234 - 245
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 246:263)A246 - 263
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 264:285)A264 - 285

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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