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Yorodumi- PDB-7qza: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 29E4 variant from Pseu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qza | |||||||||
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Title | Crystal structure of a DyP-type peroxidase 29E4 variant from Pseudomonas putida | |||||||||
Components | Dyp-type peroxidase family protein | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / DyP / heme / directed evolution / Pseudomonas putida | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.698 Å | |||||||||
Authors | Borges, P.T. / Silva, D. / Frazao, C. / Martins, L.O. | |||||||||
Funding support | European Union, United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Comput Struct Biotechnol J / Year: 2022 Title: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase. Authors: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qza.cif.gz | 890.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qza.ent.gz | 755.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qza.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qza_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qza_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 7qza_validation.xml.gz | 81.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7qza_validation.cif.gz | 104.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qza | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qyqC 7qyzC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31351.293 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) Strain: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 Gene: PP_3248 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q88HV5 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 0.02 M calcium chloride dehydrate, 0.1 M Tris-BICINE pH 8.5, 37.5 % v/v of a precipitant mixture composed of 12.5 % v/v MPD, 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.698→98.78 Å / Num. obs: 54918 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 71.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.55 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 7338 / CC1/2: 0.497 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PpDyP WT Resolution: 2.698→78.602 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 23.49 / Stereochemistry target values: LS_WUNIT_K1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 220.74 Å2 / Biso mean: 81.0125 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.698→78.602 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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