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万見
- PDB-7qw8: Adenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qw8
タイトルAdenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI
要素Modification methylase BseCI
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / DNA-modification / Adenine-N6 methylation / Base flipping
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II methyltransferase M.BseCI
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
Not funded ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of M.BseCI DNA methyltransferase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modification methylase BseCI
B: Modification methylase BseCI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5222
ポリマ－135,5222
非ポリマー00
水3,873215
1
A: Modification methylase BseCI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7611
ポリマ－67,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Modification methylase BseCI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7611
ポリマ－67,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.700, 85.700, 151.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 23 through 80 or (resid 81...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASPA1 - 178
d_12ens_1LYSSERA180 - 523
d_21ens_1ASPVALB4 - 91
d_22ens_1GLULYSB94 - 128
d_23ens_1ASPASPB132 - 186
d_24ens_1LYSPHEB188 - 190
d_25ens_1VALASNB192 - 203
d_26ens_1ASNASPB206 - 218
d_27ens_1SERSERB221 - 536

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999959567523, 0.00141881611991, -0.0088797679987), (0.00179619653349, -0.999089045779, 0.0426362789546), (-0.00881118589669, -0.0426505048728, -0.999051198607) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999959567523, 0.00141881611991, -0.0088797679987), (0.00179619653349, -0.999089045779, 0.0426362789546), (-0.00881118589669, -0.0426505048728, -0.999051198607)
ベクター: 21.0871097449, 28.5747428035, 226.819973748)

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要素

#1: タンパク質 Modification methylase BseCI / M.BseCI / Adenine-specific methyltransferase BseCI


分子量: 67761.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: bseCIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43423, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: microdialysis / pH: 6.6 / 詳細: PEG, MES, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.927 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.71 Å / Num. obs: 46250 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4485 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QW5

7qw5


解像度: 2.5→24.71 Å / SU ML: 0.2721 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.8276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 2343 5.07 %Random selection
Rwork0.1696 43901 --
obs0.1714 46244 97.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.8 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8449 0 0 215 8664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00328630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.697111670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05531299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.63823209
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.813933024697 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.31811390.22562494X-RAY DIFFRACTION93.44
2.55-2.610.26941240.22542527X-RAY DIFFRACTION95.46
2.61-2.670.24361460.21532488X-RAY DIFFRACTION94.11
2.67-2.730.29841350.21332523X-RAY DIFFRACTION96.27
2.73-2.810.25191600.19922547X-RAY DIFFRACTION96.58
2.81-2.890.23221670.19542500X-RAY DIFFRACTION96.91
2.89-2.980.21061300.18262575X-RAY DIFFRACTION95.68
2.98-3.090.24641350.20012586X-RAY DIFFRACTION98.52
3.09-3.210.25231110.19242563X-RAY DIFFRACTION96.57
3.21-3.360.24531560.18062612X-RAY DIFFRACTION97.16
3.36-3.540.21291220.16882596X-RAY DIFFRACTION98.76
3.54-3.760.17151230.16012639X-RAY DIFFRACTION98.64
3.76-4.050.18721420.15632641X-RAY DIFFRACTION98.72
4.05-4.450.15811410.13912638X-RAY DIFFRACTION98.86
4.45-5.090.16151200.13892651X-RAY DIFFRACTION98.79
5.09-6.390.20411350.17572668X-RAY DIFFRACTION99.4
6.39-24.710.20221570.15872653X-RAY DIFFRACTION97.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58155052283-0.117697118371-0.219327141890.73367671676-0.536862063761.12646148538-0.299714782004-0.4875407988590.1145069188420.3697873329660.02471722151-0.282105240072-0.522061022810.615702890451-0.6297540687720.734775086472-0.0750078654861-0.2399217579650.863788666475-0.03463477712880.4255427986984.5279143088238.4523757998111.235178229
22.69837454287-1.062458832070.2437074609560.5408678167370.33754998421.558663880420.0282767234622-0.1023371278470.3478389919880.0798969150706-0.0955728610201-0.0210645163824-0.2955293630820.0752631039184-9.07631600773E-80.496414311814-0.0499909102166-0.0445442142840.3802352588640.0221076750290.389925586357-7.6608509789240.9996859295.1395430507
30.675337041711-0.615919484816-0.139088686523.436925156220.63065276390.5460572314160.013132965861-0.0542563230477-0.01318450797290.1984350332780.00396411255724-0.1790214890430.0538282281427-0.0001259534708360.0002714642771070.3107645432350.00704861318992-0.04388385554730.366402909312-0.001241871996340.363110129143-19.93980198650.88726055166383.6738266462
41.26981013595-0.322990171135-0.02178259165351.12132081603-0.046807679561.440871158590.04082057759670.09215871499880.0955699628103-0.0353369451588-0.00556279607928-0.0421169358638-0.0825122899779-0.0325433569555-2.31977074374E-70.2981319576910.01176195248620.01186896811780.2919081327220.01262215608420.339252618622-29.915923614522.721803240681.3656666993
52.019173829760.218592289872-0.6233853582581.40026950308-0.3145527435073.64751498991-0.1350514440860.0560315803787-0.114648405015-0.00458332884972-0.09069263028220.02637392526390.3866203308820.366398535991-0.002753581773130.4802019904690.0872685651130.05136801576080.4092236111450.007453233810490.34290249081919.929428635-6.47495461145120.214644675
61.214039526190.54997050489-0.0481981813023.200904789080.7265994811910.618347763097-0.002160652567360.06118313747070.0361506149385-0.222711875060.0501770948787-0.0859104989318-0.03148923971120.02457177208090.0009132258166410.2695500102760.01681563088740.01516678449240.3491768342680.02145771521450.29828951579-3.0827550407623.8448299034143.867331756
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 191 )AA23 - 1911 - 154
22chain 'A' and (resid 192 through 309 )AA192 - 309155 - 256
33chain 'A' and (resid 310 through 484 )AA310 - 484257 - 431
44chain 'A' and (resid 485 through 578 )AA485 - 578432 - 525
55chain 'B' and (resid 20 through 309 )BB20 - 3091 - 269
66chain 'B' and (resid 310 through 576 )BB310 - 576270 - 536

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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