PDB-7quw: CVB3-3Cpro in complex with inhibitor MG-78

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7quw

タイトル

CVB3-3Cpro in complex with inhibitor MG-78

要素

Protease 3C

キーワード

VIRAL PROTEIN / Inhibitor complex / SARS-COV2

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Zhang, L. / Hilgenfeld, R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: From Repurposing to Redesign: Optimization of Boceprevir to Highly Potent Inhibitors of the SARS-CoV-2 Main Protease.
著者: Gohl, M. / Zhang, L. / El Kilani, H. / Sun, X. / Zhang, K. / Bronstrup, M. / Hilgenfeld, R.

履歴

登録	2022年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7quw.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7quw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7quw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7quw_validation.pdf.gz	821.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7quw_full_validation.pdf.gz	822.6 KB	表示
XML形式データ	7quw_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7quw_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7quw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ql8C 7qubC 7z0pC 2vb0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dp6-2 2vb0-d 5dp6-1 5nfs-d 5dp4-2 2zu1-1 6ku8-d 5dp8-d 6ku7-d 1cqq-d 3zz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Protease 3C

ヘテロ分子

20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.271, 64.290, 39.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.553, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-349- HOH

#1: タンパク質	Protease 3C / Picornain 3C / P3C 分子量: 19925.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03313, picornain 3C
#2: 化合物	ChemComp-I70 / (1R,2S,5S)-N-{(2S,3R)-4-amino-3-hydroxy-4-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}-3-[N-(tert-butylcarbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide 分子量: 550.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 0.2 M MgCl2 0.1M Tris-HCl pH 8.6 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→35.95 Å / Num. obs: 43026 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / Num. unique obs: 6281 / CC_1/2: 0.874

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VB0

2vb0

解像度: 1.65→33.803 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.218 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2791	1082	5.215 %
R_work	0.2192	19664	-
all	0.222	-	-
obs	-	20746	96.56 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.265 Å²	0 Å²	2.498 Å²
2-	-	-3.518 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.643 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1392	0	39	52	1483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.657	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.584	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.601	5	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.913	21.733	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.605	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.4	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.541	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.32	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.181	5.054	719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.179	5.051	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.63	7.576	897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.627	7.579	898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.425	5.597	741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.422	5.598	742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.474	8.228	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.471	8.229	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.252	58.967	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.251	59.014	1493

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.397	81	0.365	1446	X-RAY DIFFRACTION	98.0732
1.693-1.739	0.357	62	0.351	1452	X-RAY DIFFRACTION	97.426
1.739-1.79	0.41	67	0.355	1354	X-RAY DIFFRACTION	95.3691
1.79-1.845	0.347	80	0.315	1331	X-RAY DIFFRACTION	97.9181
1.845-1.905	0.374	85	0.347	1231	X-RAY DIFFRACTION	92.8723
1.905-1.972	0.399	79	0.396	1154	X-RAY DIFFRACTION	89.4775
1.972-2.046	0.342	74	0.295	1226	X-RAY DIFFRACTION	98.6343
2.046-2.129	0.314	64	0.262	1181	X-RAY DIFFRACTION	98.419
2.129-2.224	0.272	58	0.268	1156	X-RAY DIFFRACTION	98.539
2.224-2.332	0.345	55	0.28	969	X-RAY DIFFRACTION	89.5888
2.332-2.458	0.32	43	0.231	1048	X-RAY DIFFRACTION	97.585
2.458-2.607	0.352	48	0.239	965	X-RAY DIFFRACTION	96.4762
2.607-2.786	0.354	40	0.23	950	X-RAY DIFFRACTION	99.2979
2.786-3.008	0.261	60	0.227	860	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
3.008-3.294	0.303	52	0.214	789	X-RAY DIFFRACTION	99.1745
3.294-3.681	0.229	42	0.182	714	X-RAY DIFFRACTION	98.8235
3.681-4.246	0.2	34	0.167	635	X-RAY DIFFRACTION	98.2379
4.246-5.19	0.222	31	0.151	516	X-RAY DIFFRACTION	93.825
5.19-7.296	0.181	20	0.195	435	X-RAY DIFFRACTION	100
7.296-33.803	0.463	7	0.175	251	X-RAY DIFFRACTION	96.2687

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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