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- PDB-7quo: FimH lectin domain in complex with oligomannose-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7quo
タイトルFimH lectin domain in complex with oligomannose-6
要素FimH
キーワードCELL ADHESION / Type-1 fimbriae / Escherichia coli / FimH / Adhesin / Lectin / Oligomannose / High-mannose
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / FimH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bouckaert, J. / Bourenkov, G.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission750280European Union
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a cooperative switch between one and two FimH bacterial adhesins binding pauci- and high-mannose type N-glycan receptors
著者: Krammer, E.M. / Bridot, C. / Serna, S. / Echeverria, B. / Semwal, S. / Roubinet, B. / van Noort, K. / Wilbers, R.H. / Bourenkov, G. / de Ruyck, J. / Landemarre, L. / Reichardt, N. / Bouckaert, J.
#1: ジャーナル: PLoS One / 年: 2008
タイトル: Intervening with urinary tract infections using anti-adhesives based on the crystal structure of the FimH-oligomannose-3 complex.
著者: Wellens, A. / Garofalo, C. / Nguyen, H. / Van Gerven, N. / Slattegard, R. / Hernalsteens, J.P. / Wyns, L. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Hultgren, S. / Bouckaert, J.
#2: ジャーナル: Molecules / 年: 2017
タイトル: Sites for Dynamic Protein-Carbohydrate Interactions of O- and C-Linked Mannosides on the E. coli FimH Adhesin.
著者: Touaibia, M. / Krammer, E.M. / Shiao, T.C. / Yamakawa, N. / Wang, Q. / Glinschert, A. / Papadopoulos, A. / Mousavifar, L. / Maes, E. / Oscarson, S. / Vergoten, G. / Lensink, M.F. / Roy, R. / Bouckaert, J.
#3: ジャーナル: Molecules / 年: 2018
タイトル: A Novel Integrated Way for Deciphering the Glycan Code for the FimH Lectin.
著者: Dumych, T. / Bridot, C. / Gouin, S.G. / Lensink, M.F. / Paryzhak, S. / Szunerits, S. / Blossey, R. / Bilyy, R. / Bouckaert, J. / Krammer, E.M.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年2月14日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FimH
B: FimH
C: FimH
D: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,88912
ポリマ－67,6674
非ポリマー3,2218
水2,972165
1
A: FimH
C: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3485
ポリマ－33,8342
非ポリマー1,5153
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FimH
D: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5407
ポリマ－33,8342
非ポリマー1,7075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.110, 153.110, 230.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質
FimH


分子量: 16916.828 Da / 分子数: 4 / 断片: FIMH LECTIN DOMAIN, RESIDUES 22-179 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: fimH / Variant: C43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S497
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / Density meas: 0.3 Mg/m3 / 溶媒含有率: 77.79 %
解説: small lentil-like crystals grown on a large salt beam
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1 M Lithium Sulfate 100 mM Tris-HCl, pH 8.5 10 mM Nickel Chloride 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日 / 詳細: MD3 diffractometer
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→230.41 Å / Num. obs: 59950 / % possible obs: 99.82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.93 % / Biso Wilson estimate: 64.52 Å2 / CC1/2: 0.902 / Rmerge(I) obs: 0.68 / Rrim(I) all: 0.67 / Net I/σ(I): 3.13
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 5.82 % / Rmerge(I) obs: 4.97 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 25825 / CC1/2: 0.06 / Rrim(I) all: 5.25 / % possible all: 99.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FX3

5fx3


解像度: 3→114.925 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.817 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.344 / 位相誤差: 25.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2756 1993 6.122 %Random selection
Rwork0.2358 30563 --
all0.241 ---
obs-32556 99.825 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0.165 Å2-0 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---1.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→114.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 204 165 5153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.0780.3581440.3472200X-RAY DIFFRACTION99.9147
3.078-3.1620.3681410.3342160X-RAY DIFFRACTION99.9566
3.162-3.2540.3381380.2932114X-RAY DIFFRACTION99.9556
3.254-3.3540.2951330.2892027X-RAY DIFFRACTION100
3.354-3.4640.291290.2741982X-RAY DIFFRACTION100
3.464-3.5850.3011280.2641942X-RAY DIFFRACTION99.8071
3.585-3.720.2791200.2511842X-RAY DIFFRACTION99.9491
3.72-3.8720.2471170.2361783X-RAY DIFFRACTION99.8424
3.872-4.0440.2421120.2191735X-RAY DIFFRACTION99.8918
4.044-4.2410.2781070.2061648X-RAY DIFFRACTION99.7726
4.241-4.470.2191030.1871575X-RAY DIFFRACTION99.7622
4.47-4.7410.225970.1791502X-RAY DIFFRACTION99.8127
4.741-5.0680.212930.1811410X-RAY DIFFRACTION99.8008
5.068-5.4730.233870.2081333X-RAY DIFFRACTION99.7892
5.473-5.9940.298800.2361210X-RAY DIFFRACTION99.768
5.994-6.6990.242730.2321120X-RAY DIFFRACTION99.8326
6.699-7.7310.288650.2131004X-RAY DIFFRACTION99.9065
7.731-9.4580.264550.189855X-RAY DIFFRACTION99.1285
9.458-13.3310.186440.193697X-RAY DIFFRACTION99.4631
13.331-114.9250.308270.271424X-RAY DIFFRACTION98.2571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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