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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qun | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of mammalian AAP in complex with Meropenem | ||||||||||||||||||
要素 | Acylamino-acid-releasing enzyme | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / inhibitor / complex / acylaminoacyl-peptidase / meropenem / carbapenem / acylpeptide hydrolase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kiss-Szeman, A.J. / Harmat, V. / Straner, P. / Jakli, I. / Menyhard, K.D. / Masiulis, S. / Perczel, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ハンガリー, 5件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: A carbapenem antibiotic inhibiting a mammalian serine protease: structure of the acylaminoacyl peptidase-meropenem complex. 著者: Anna J Kiss-Szemán / Luca Takács / Zoltán Orgován / Pál Stráner / Imre Jákli / Gitta Schlosser / Simonas Masiulis / Veronika Harmat / Dóra K Menyhárd / András Perczel / 要旨: The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem ...The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem antibiotic. AAP is a modulator of the ubiquitin-proteasome degradation system and the site of a drug-drug interaction between the widely used antipsychotic, valproate and carbapenems. The active form of pAAP - a toroidal tetramer - binds four meropenem molecules covalently linked to the catalytic Ser587 of the serine-protease triad, in an acyl-enzyme state. AAP is hindered from fully processing the antibiotic by the displacement and protonation of His707 of the catalytic triad. We show that AAP is made susceptible to the association by its unusually sheltered active pockets and flexible catalytic triads, while the carbapenems possess sufficiently small substituents on their β-lactam rings to fit into the shallow substrate-specificity pocket of the enzyme. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qun.cif.gz | 455.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qun.ent.gz | 379.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qun_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qun_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qun_validation.xml.gz | 69.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qun_validation.cif.gz | 108.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14149MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81324.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P19205 #2: 化合物 | ChemComp-DWZ / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 10 mM / 名称: TRIS / 式: C4H11NO3 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Covalent complex with carbapenem type antibiotic Meropenem |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 5.93 sec. / 電子線照射量: 41 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 11625 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 654863 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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