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- PDB-7qun: CryoEM structure of mammalian AAP in complex with Meropenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qun
タイトルCryoEM structure of mammalian AAP in complex with Meropenem
要素Acylamino-acid-releasing enzymeアシルアミノアシルペプチダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / acylaminoacyl-peptidase (アシルアミノアシルペプチダーゼ) / meropenem (メロペネム) / carbapenem (カルバペネム系抗生物質) / acylpeptide hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


アシルアミノアシルペプチダーゼ / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DWZ / アシルアミノアシルペプチダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kiss-Szeman, A.J. / Harmat, V. / Straner, P. / Jakli, I. / Menyhard, K.D. / Masiulis, S. / Perczel, A.
資金援助 ハンガリー, 5件
組織認可番号国
European Regional Development FundVEKOP-2.3.2-16-2017-00014 ハンガリー
European Regional Development FundVEKOP-2.3.3-15-2017-00018 ハンガリー
Ministry of Human Capacities2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)Thematic Excellence Program 2019, Synth+ ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)K116305 ハンガリー
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: A carbapenem antibiotic inhibiting a mammalian serine protease: structure of the acylaminoacyl peptidase-meropenem complex.
著者: Anna J Kiss-Szemán / Luca Takács / Zoltán Orgován / Pál Stráner / Imre Jákli / Gitta Schlosser / Simonas Masiulis / Veronika Harmat / Dóra K Menyhárd / András Perczel /
要旨: The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem ...The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem antibiotic. AAP is a modulator of the ubiquitin-proteasome degradation system and the site of a drug-drug interaction between the widely used antipsychotic, valproate and carbapenems. The active form of pAAP - a toroidal tetramer - binds four meropenem molecules covalently linked to the catalytic Ser587 of the serine-protease triad, in an acyl-enzyme state. AAP is hindered from fully processing the antibiotic by the displacement and protonation of His707 of the catalytic triad. We show that AAP is made susceptible to the association by its unusually sheltered active pockets and flexible catalytic triads, while the carbapenems possess sufficiently small substituents on their β-lactam rings to fit into the shallow substrate-specificity pocket of the enzyme.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylamino-acid-releasing enzyme
B: Acylamino-acid-releasing enzyme
C: Acylamino-acid-releasing enzyme
D: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,8398
ポリマ－325,2984
非ポリマー1,5424
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18200 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area99570 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Acylamino-acid-releasing enzyme / アシルアミノアシルペプチダーゼ


分子量: 81324.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P19205
#2: 化合物
ChemComp-DWZ / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / Meropenem, bound form / メロペネム


分子量: 385.478 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 10 mM
名称: TRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン
式: C4H11NO3
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Covalent complex with carbapenem type antibiotic Meropenem
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 5.93 sec. / 電子線照射量: 41 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 11625

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
10cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 654863 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00221669
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48129561
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3882988
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433312
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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