PDB-7qtg: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qtg

タイトル

Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1

要素

PlaO1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone

機能・相同性

機能・相同性情報

taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.695 Å

データ登録者

Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Thesis / 年: 2011
タイトル: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071
著者: Lukat, P.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qtg.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qtg.ent.gz	177.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qtg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qtdC 7qteC 7qtfC 1gqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PlaO1

B: PlaO1

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PlaO1

ヘテロ分子

B: PlaO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.923, 108.229, 65.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PlaO1 分子量: 33847.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: recombinant PlaO1 expressed with C-terminal TEV-protease cleavage site and Strep-tag II after digestion with TEV protease. 由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア) 遺伝子: plaO1, STTU_1451 / プラスミド: pETTSC / 詳細 (発現宿主): modified pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q2I752
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Anaerobically: 60 % Tacsimate pH 7.0, 10 mM Imidazole, 30 mM NaCl, 1.5 mM Fe(II)SO4, 1.5 mM alpha-ketoglutarate, 1.5 mM ascorbate, 2.5 mM PL-CD6 (substrate) Cryo-protechtion: 10 % (2R,3R)-butane-2,3-diol Temp details: Temperature varied between 298 and 313 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0063 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0063 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.695→79.74 Å / Num. obs: 23401 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 1.022 / Num. unique obs: 3412 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GQW

1gqw

解像度: 2.695→79.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.509 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.5 / SU R_free Blow DPI: 0.322 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.328

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	1166	-	RANDOM
R_work	0.2397	-	-	-
obs	0.242	23225	97.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.7423 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.8724 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8699 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.695→79.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4050	0	12	35	4097
B_iso mean	-	-	110.65	55.68	-
残基数	-	-	-	-	508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	4202	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.94	5732	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1400	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		724	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4202	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		529	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3133	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.34

LS精密化シェル

解像度: 2.695→2.71 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3036	23	-
R_work	0.3429	-	-
obs	-	-	97.83 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.834	0.4038	4.7526	4.8033	4.0407	7.524	0.3175	0.2583	-0.164	0.2583	0.0175	1.2567	-0.164	1.2567	-0.335	0.7776	-0.0864	-0.0006	0.2495	0.0987	0.8653	38.1653	14.034	7.8929
2	2.6937	-1.6194	-0.7889	2.4369	1.7454	7.4251	-0.0818	0.9546	0.3442	0.9546	0.1362	0.9597	0.3442	0.9597	-0.0544	1.0727	-0.0879	-0.1217	0.4445	0.0373	0.7228	34.7115	9.7023	21.374
3	3.1819	-0.7695	0.8404	2.1087	-0.661	2.5419	0.1087	0.3478	0.2245	0.3478	-0.0975	-0.067	0.2245	-0.067	-0.0112	0.8399	-0.1017	-0.0104	0.1547	0.0121	0.5196	16.5997	11.1456	13.6774
4	9.9062	5.4053	0.1551	0	-4.336	2.718	0.0539	-0.2168	0.569	-0.2168	-0.1739	-0.4145	0.569	-0.4145	0.12	0.6214	-0.0003	-0.0348	0.1782	-0.0245	0.6128	4.573	8.2895	5.036
5	5.1268	4.1981	2.5127	2.8468	5.9923	2.5976	-0.2185	0.6881	0.1796	0.6881	0.1202	0.6703	0.1796	0.6703	0.0983	0.7262	-0.0064	-0.0962	0.119	0.0436	0.5929	28.5925	3.9832	7.1284
6	3.6377	1.1017	1.5428	1.015	0.2582	2.1303	-0.0584	0.7733	0.1475	0.7733	0.0253	0.0327	0.1475	0.0327	0.0332	0.9938	-0.1143	0.0791	0.2597	0.037	0.5736	15.7569	11.5242	14.6892
7	4.8221	-2.8234	-2.4393	5.3916	3.9164	5.8833	0.2445	-0.072	-0.0172	-0.072	0.0407	0.6617	-0.0172	0.6617	-0.2852	0.8024	0.078	-0.0597	0.2301	0.0711	0.813	37.2859	-15.7269	-6.5518
8	8.9247	-0.1169	-2.4509	0.0952	2.6235	11.4803	0.1333	-1.0884	-0.0704	-1.0884	-0.1529	0.6388	-0.0704	0.6388	0.0196	0.9011	0.1149	0.0832	0.1873	0.1538	0.707	34.0133	-11.6794	-20.041
9	3.5453	-0.7616	-1.7464	0.0563	-0.6468	3.3956	0.2332	-0.2868	-0.1062	-0.2868	-0.1523	0.0712	-0.1062	0.0712	-0.0809	0.9092	0.0954	0.0132	0.1602	0.0326	0.5802	21.1431	-9.3545	-12.067
10	5.9097	2.3163	-2.413	2.7085	1.1632	2.7163	0.0758	-0.3927	-0.2993	-0.3927	0.0848	-0.283	-0.2993	-0.283	-0.1606	0.8588	0.0795	-0.0184	0.2519	-0.0755	0.4448	9.3941	-15.3102	-13.2745
11	14.9079	1.8918	4.8801	3.4177	-2.6687	6.1319	0.289	0.2643	-0.2659	0.2643	-0.3694	-0.3083	-0.2659	-0.3083	0.0804	0.6061	0.0433	0.0242	0.1641	-0.0601	0.5966	3.7565	-8.6631	-4.2938
12	6.0197	-4.6043	-5.4143	2.3988	6.8422	8.0003	0.1416	-0.2904	-0.1466	-0.2904	0.0873	0.6325	-0.1466	0.6325	-0.2289	0.537	0.0597	0.0415	0.0301	0.0768	0.593	28.3602	-5.3946	-5.7744
13	0	-1.3979	-1.0241	0	5.172	9.3001	0.6193	-0.2752	-1.4657	-0.2752	-0.4448	-0.1128	-1.4657	-0.1128	-0.1746	0.9019	0.1726	0.1634	0.2073	0.1104	0.6549	24.9349	-2.899	-14.0567
14	0	2.1333	1.3812	1.5286	-1.1416	0	-0.6564	-0.6165	0.1096	-0.6165	0.1525	-0.2295	0.1096	-0.2295	0.5039	1.0615	0.0646	-0.052	0.4157	-0.1167	0.9201	4.7937	-23.3924	-12.6305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|10 - A\|47 }	A	10 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|48 - A\|82 }	A	48 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|83 - A\|198 }	A	83 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|199 - A\|214 }	A	199 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|215 - A\|233 }	A	215 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|234 - A\|273 }	A	234 - 273
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|11 - B\|47 }	B	11 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|48 - B\|81 }	B	48 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|82 - B\|152 }	B	82 - 152
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|153 - B\|198 }	B	153 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|199 - B\|214 }	B	199 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|215 - B\|233 }	B	215 - 233
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|234 - B\|256 }	B	234 - 256
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ B\|257 - B\|272 }	B	257 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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