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Yorodumi- PDB-7qtf: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7qtf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1 in complex with sodium succinate | ||||||
Components | PlaO1 | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone | ||||||
| Function / homology | Function and homology information2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptomyces sp. Tu6071 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Thesis / Year: 2011Title: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071 Authors: Lukat, P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 7qtf.cif.gz | 682.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7qtf.ent.gz | 574.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7qtf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7qtf_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7qtf_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 7qtf_validation.xml.gz | 52.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7qtf_validation.cif.gz | 78 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7qtdC ![]() 7qteC ![]() 7qtgC ![]() 1gqwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 33847.844 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PlaO1 expressed with C-terminal TEV protease cleavage site and Strep-tag II after digestion with TEV protease Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. Tu6071 (bacteria) / Gene: plaO1, STTU_1451 / Plasmid: pETTSC / Details (production host): modified pET21a(+) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1078 molecules 








| #2: Chemical | | #3: Chemical | ChemComp-SIN / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.01 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 310 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 36 % Tacsimate pH 7.0 soak: 15 min 375 mM Na succinate, 250 mM NaHCO3 Cryo: 100 % Tacsimate pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 17, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.55→78.72 Å / Num. obs: 226503 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 857403 / Scaling rejects: 8 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.7 %
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1gqw Resolution: 1.55→48.46 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.14 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 116.29 Å2 / Biso mean: 27.7524 Å2 / Biso min: 10.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→48.46 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Streptomyces sp. Tu6071 (bacteria)
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