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- PDB-7qtd: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qtd | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1 in complex with iron and alpha-ketoglutarate | ||||||
![]() | PlaO1 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone | ||||||
Function / homology | ![]() taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071 Authors: Lukat, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 693.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 585.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qteC ![]() 7qtfC ![]() 7qtgC ![]() 1gqwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33847.844 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PlaO1 expressed with C-terminal TEV cleavage site Strep-tag II after digestion with TEV protease. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 1078 molecules ![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FE2 / #4: Chemical | ChemComp-AKG / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 310 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 34% Tacsimate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→108.21 Å / Num. obs: 160147 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 606869 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1GQW Resolution: 1.75→63.9 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.27 Å2 / Biso mean: 29.4928 Å2 / Biso min: 9.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→63.9 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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