PDB-7qte: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qte

タイトル

Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1 in complex with cobalt and succinate

要素

PlaO1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Thesis / 年: 2011
タイトル: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071
著者: Lukat, P.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qte.cif.gz	352.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qte.ent.gz	292.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qte_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qte_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7qte_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	7qte_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qtdC 7qtfC 7qtgC 1gqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PlaO1

B: PlaO1

ヘテロ分子

68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: PlaO1

ヘテロ分子

B: PlaO1

ヘテロ分子

A: PlaO1

ヘテロ分子

A: PlaO1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+1,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	6_555	-x+1/2,-y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	8_556	x+1/2,-y+1/2,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.077, 142.910, 109.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PlaO1 分子量: 33847.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: PlaO1 after TEV cleavage of the C-terminal Strep-tag II 由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア) 遺伝子: plaO1, STTU_1451 / プラスミド: pETTSC / 詳細 (発現宿主): modified pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2I752

#1: タンパク質

PlaO1

分子量: 33847.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PlaO1 after TEV cleavage of the C-terminal Strep-tag II
由来: (組換発現)

Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア)
遺伝子: plaO1, STTU_1451 / プラスミド: pETTSC / 詳細 (発現宿主): modified pET21a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2I752

-
非ポリマー , 5種, 750分子

#2: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID 分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Morpheus B7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→109.07 Å / Num. obs: 82190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.24 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 1117345 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.81-1.91	12.6	1.265	149153	11869	0.795	0.371	1.319	2.3	100
5.73-109.07	13.7	0.045	38040	2782	0.999	0.013	0.047	43.3	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20-44590	精密化
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless	0.5.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GQW

1gqw

解像度: 1.81→51.24 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1758	4092	4.98 %
R_work	0.1527	78011	-
obs	0.1538	82103	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.78 Å² / B_iso mean: 29.3477 Å² / B_iso min: 9.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.81→51.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4521	0	57	741	5319
B_iso mean	-	-	38.16	37.42	-
残基数	-	-	-	-	564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.2608	126	0.2661	2668	2794	100
1.83-1.86	0.2734	165	0.2424	2630	2795	100
1.86-1.88	0.2515	144	0.2354	2692	2836	100
1.88-1.9	0.2597	141	0.2186	2627	2768	100
1.9-1.93	0.2257	148	0.202	2671	2819	100
1.93-1.96	0.2133	154	0.1828	2661	2815	100
1.96-1.99	0.2045	146	0.1696	2648	2794	100
1.99-2.02	0.1779	138	0.1641	2675	2813	100
2.02-2.05	0.1961	117	0.1651	2680	2797	100
2.05-2.09	0.2033	132	0.158	2669	2801	100
2.09-2.13	0.1825	146	0.1583	2653	2799	100
2.13-2.17	0.1742	142	0.1572	2696	2838	100
2.17-2.21	0.1692	135	0.1528	2678	2813	100
2.21-2.26	0.1816	131	0.14	2666	2797	100
2.26-2.31	0.1922	123	0.1493	2727	2850	100
2.31-2.37	0.1705	148	0.1419	2665	2813	100
2.37-2.43	0.1529	140	0.1394	2681	2821	100
2.43-2.5	0.1908	149	0.1292	2686	2835	100
2.5-2.59	0.1656	128	0.1368	2679	2807	100
2.59-2.68	0.1669	145	0.1379	2683	2828	100
2.68-2.78	0.1527	145	0.1368	2718	2863	100
2.78-2.91	0.1739	154	0.1372	2672	2826	100
2.91-3.06	0.1734	160	0.1401	2690	2850	100
3.07-3.26	0.1591	140	0.1353	2701	2841	100
3.26-3.51	0.1396	129	0.1434	2715	2844	100
3.51-3.86	0.1502	142	0.1366	2737	2879	100
3.86-4.42	0.1359	143	0.1214	2734	2877	100
4.42-5.57	0.1632	139	0.1392	2763	2902	100
5.57-51.24	0.2279	142	0.21	2846	2988	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0652	-0.0844	-0.1323	0.1762	0.2037	0.2905	0.1515	-0.384	0.1007	0.1677	-0.1971	-0.3504	-0.2136	0.0908	0.0256	0.1509	-0.0223	-0.0364	0.2007	0.0277	0.2935	35.8384	35.3683	38.1294
2	0.9248	-0.3911	0.0467	0.8823	-0.1105	0.8442	0.0364	-0.1075	-0.0107	0.0351	0.0356	-0.2287	0.1219	0.2058	0.0951	0.164	0.0414	-0.0341	0.1858	-0.0111	0.2024	35.7889	19.7515	41.3112
3	0.4596	-0.1679	0.0211	0.9715	0.1734	0.0198	0.0107	0.0795	-0.1344	-0.2167	0.0898	-0.0338	0.1308	-0.0427	0.1357	0.2456	0.021	-0.0114	0.1261	-0.0081	0.1675	25.4624	16.9692	31.3321
4	1.01	-0.0248	-0.0637	0.4366	-0.1744	0.5604	-0.01	-0.1002	-0.0902	0.0201	0.0029	0.0165	0.0711	0.0121	0	0.138	0.0137	-0.0107	0.1372	0.0171	0.1216	9.4566	28.0058	41.5458
5	0.3944	0.0502	0.1238	0.811	-0.8991	0.8284	0.0001	0.079	-0.0017	-0.3022	-0.0002	-0.0997	0.3068	-0.0116	0.0032	0.2038	0.031	0.0027	0.1276	-0.0121	0.1241	26.7678	25.2758	30.3861
6	0.3187	-0.3987	-0.0435	0.4351	0.2642	0.6246	-0.0021	-0.0653	-0.2056	-0.0273	-0.0512	0.081	0.1617	-0.1546	0	0.2431	-0.0504	-0.0036	0.2264	0.0437	0.2242	-0.2654	22.7331	39.3814
7	0.4124	-0.2367	0.0213	0.4532	0.0583	0.483	-0.0261	0.1875	0.266	-0.2889	-0.1391	0.5613	-0.2275	-0.4542	-0.0194	0.139	0.0209	-0.0491	0.3032	-0.0421	0.282	20.0974	28.5548	66.5522
8	0.3913	0.0094	0.0139	0.505	0.1104	0.5319	-0.0295	-0.0334	-0.2102	0.2451	-0.0491	0.4333	0.2294	-0.1215	-0.0173	0.1684	-0.0372	0.0277	0.173	-0.0194	0.2842	23.8723	14.6166	71.1362
9	0.3031	-0.1189	-0.1492	0.6323	0.0757	0.1851	-0.098	-0.082	-0.1872	0.3108	0.0635	0.1411	0.2419	0.0719	-0.004	0.2348	-0.0116	0.0417	0.1195	0.0076	0.1922	32.4696	15.4283	78.2408
10	0.9661	-0.0233	0.0033	0.5305	0.3269	0.4695	0.0102	0.0402	-0.0836	-0.0072	-0.006	0.0003	0.0147	0.0057	0	0.1263	0.007	-0.0124	0.1368	-0.0059	0.1143	48.168	26.6869	67.7154
11	0.4615	-0.1161	-0.014	0.9923	1.1567	0.9692	-0.0501	-0.0884	-0.0222	0.3132	-0.03	0.1563	0.2969	0.0304	-0.0048	0.186	-0.007	0.0283	0.1396	0.0066	0.1459	30.9503	24.1217	78.9805
12	0.2448	0.0782	-0.2086	0.2509	0.1439	0.3142	-0.1461	0.1944	-0.2167	-0.0412	0.1362	-0.1213	0.1847	0.1103	0.0017	0.1947	0.0403	0.0085	0.2324	-0.0461	0.2018	55.7361	20.8927	60.1559
13	0.008	-0.0011	0.0367	0.0164	0.0357	0.1494	0.0441	0.0513	-0.1113	-0.0332	-0.1783	-0.0099	-0.1596	0.0667	-0	0.2243	-0.0009	-0.0168	0.2333	0.0044	0.246	61.1606	22.328	82.6424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 23 )	A	8 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 78 )	A	24 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 127 )	A	79 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 212 )	A	128 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 213 through 254 )	A	213 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 255 through 288 )	A	255 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 45 )	B	4 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 77 )	B	46 - 77
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 127 )	B	78 - 127
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 128 through 212 )	B	128 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 254 )	B	213 - 254
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 255 through 274 )	B	255 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 275 through 288 )	B	275 - 288

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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