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- PDB-7qte: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qte | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1 in complex with cobalt and succinate | ||||||
![]() | PlaO1 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone | ||||||
Function / homology | ![]() taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071 Authors: Lukat, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 352.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 292.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qtdC ![]() 7qtfC ![]() 7qtgC ![]() 1gqwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 33847.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PlaO1 after TEV cleavage of the C-terminal Strep-tag II Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 750 molecules ![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MPO / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: Morpheus B7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Apr 28, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.81→109.07 Å / Num. obs: 82190 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 1117345 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1GQW Resolution: 1.81→51.24 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.78 Å2 / Biso mean: 29.3477 Å2 / Biso min: 9.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.81→51.24 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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