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万見
- PDB-7qs8: Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs8
タイトルStructural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1
要素
  • Protein Tax-1
  • Protein scribble homolog
キーワードVIRAL PROTEIN / Human T lymphotrophic virus-1 / HTLV-1 / cell polarity / isothermal titration calorimetry / Tax1 / PDZ / scribble
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / mammary gland duct morphogenesis / cell-cell contact zone / protein localization to adherens junction / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive chemotaxis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / receptor clustering / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of receptor recycling / RHOQ GTPase cycle / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / signaling adaptor activity / regulation of mRNA stability / Asymmetric localization of PCP proteins / adherens junction / neural tube closure / wound healing / cell-cell adhesion / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell junction / cell migration / presynapse / lamellipodium / cellular response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / host cell cytoplasm / cell population proliferation / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / negative regulation of gene expression / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / glutamatergic synapse / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Tax-1 / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Javorsky, A. / Soares da Costa, T.P. / Mackie, E.R. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1 PBM.
著者: Javorsky, A. / Maddumage, J.C. / Mackie, E.R.R. / Soares da Costa, T.P. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
C: Protein Tax-1
B: Protein scribble homolog
D: Protein Tax-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7274
ポリマ－21,7274
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Protein scribble homolog
C: Protein Tax-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8632
ポリマ－10,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5060 Å2
手法PISA
2
B: Protein scribble homolog
D: Protein Tax-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8632
ポリマ－10,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.389, 43.795, 60.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.399, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYARGARGchain 'A'AA10 - 191 - 10
121PROPROGLYGLYchain 'A'AA23 - 3114 - 22
131PROPROARGARGchain 'A'AA44 - 9035 - 81
141GLUGLUARGARGchain 'A'AA94 - 10185 - 92
251GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid 10 through 21 or resid 23 through 32 or resid 44 through 102))BC10 - 191 - 10
261PROPROGLYGLY(chain 'B' and (resid 10 through 21 or resid 23 through 32 or resid 44 through 102))BC23 - 3114 - 22
271PROPROARGARG(chain 'B' and (resid 10 through 21 or resid 23 through 32 or resid 44 through 102))BC44 - 9035 - 81
281GLUGLUARGARG(chain 'B' and (resid 10 through 21 or resid 23 through 32 or resid 44 through 102))BC94 - 10185 - 92
192HISHISVALVAL(chain 'C' and (resid 11 through 12 or (resid 13...CB11 - 172 - 8
2102HISHISVALVALchain 'D'DD11 - 172 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 9815.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Protein Tax-1 / Protein X-LOR / Protein PX / Trans-activating transcriptional regulatory protein of HTLV-1


分子量: 1048.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
参照: UniProt: P14079
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes ph 7, 30% v/v Jeffamine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.22 Å / Num. obs: 16499 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 33.29 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1313 / CC1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.15.2-3472-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWI

5vwi


解像度: 1.85→31.14 Å / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.8321
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 --
Rwork0.2258 15667 -
obs-16499 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→31.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1301 0 0 75 1376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01011310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1961761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0604210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3963800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.960.3251240.2762293X-RAY DIFFRACTION86.23
1.96-2.110.30371430.23432643X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.330.30431370.22022663X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.660.28481390.22152657X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.350.26461400.22352690X-RAY DIFFRACTION100
3.35-31.140.25931490.22362721X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.5027413285 Å / Origin y: 1.52310073643 Å / Origin z: -14.4418081372 Å
111213212223313233
T0.223807062696 Å2-0.0073280369172 Å2-0.0371275407 Å2-0.203270419173 Å20.00393348838983 Å2--0.24326842842 Å2
L2.72692390797 °20.0145611281463 °2-0.970897644013 °2-1.97515268433 °20.439686742858 °2--2.61029322039 °2
S0.0309334888991 Å °0.205462860441 Å °-0.0573640428918 Å °-0.0931045229283 Å °0.0709282896189 Å °-0.0678869085546 Å °-0.026978184564 Å °-0.0282139502418 Å °-0.100896779348 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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