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万見
- PDB-7qrt: Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrt
タイトルStructural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1
要素
  • Protein Tax-1
  • Protein scribble homolog
キーワードVIRAL PROTEIN / Human T lymphotrophic virus-1 / HTLV-1 / cell polarity / isothermal titration calorimetry / Tax1 / PDZ / scribble
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation / epithelial structure maintenance / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / receptor clustering / positive chemotaxis / positive regulation of receptor recycling / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of mitotic cell cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / signaling adaptor activity / regulation of mRNA stability / neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / adherens junction / wound healing / SH3 domain binding / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / cell junction / lamellipodium / presynapse / cellular response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / host cell cytoplasm / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / host cell nucleus / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain ...HTLV Tax / HTLV Tax / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Tax-1 / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Javorsky, A. / Soares da Costa, T.P. / Mackie, E.R. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. / Maddumage, J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the Scribble PDZ domains interaction with the oncogenic Human T-cell lymphotrophic virus-1 (HTLV-1) Tax1 PBM.
著者: Javorsky, A. / Maddumage, J.C. / Mackie, E.R.R. / Soares da Costa, T.P. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Protein scribble homolog
C: Protein Tax-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4619
ポリマ－19,9453
非ポリマー5166
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 ratio stoichiometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.757, 100.757, 68.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-413-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 11 - 100 / Label seq-ID: 1 - 90

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 11 through 101)AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 9448.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Protein Tax-1 / Protein X-LOR / Protein PX / Trans-activating transcriptional regulatory protein of HTLV-1


分子量: 1048.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
参照: UniProt: P14079
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→53.89 Å / Num. obs: 17472 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 38.14 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / Num. unique obs: 1634 / CC1/2: 0.25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.15.2-3472-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWK

5vwk


解像度: 1.9→53.89 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 840 5.12 %
Rwork0.2131 15577 -
obs0.215 16417 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 26 121 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15531934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.731838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.020.33361260.30282523X-RAY DIFFRACTION97.57
2.02-2.170.29651480.26082519X-RAY DIFFRACTION98.38
2.17-2.390.27191240.23032562X-RAY DIFFRACTION98.03
2.39-2.740.27171500.21972564X-RAY DIFFRACTION98.66
2.74-3.450.27451300.21092630X-RAY DIFFRACTION99.03
3.45-53.890.22021620.19612779X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6459058815 Å / Origin y: 34.5746104197 Å / Origin z: -0.0372103651259 Å
111213212223313233
T0.304691649077 Å2-0.0283722654435 Å20.0513460006396 Å2-0.327813206708 Å2-0.0121931212303 Å2--0.317690372721 Å2
L0.601576796299 °2-0.239359132921 °20.363597809945 °2-0.909030901207 °2-0.137261298477 °2--1.1381008729 °2
S0.0129731506356 Å °0.102970368722 Å °0.0326544579518 Å °-0.0976062650159 Å °-0.0191726255161 Å °0.0427842079149 Å °0.0199316883483 Å °-0.110105221571 Å °-9.55677059513E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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