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- PDB-7qro: Crystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qro
タイトルCrystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypanosoma brucei KKT4 BRCT domain K543A mutant
要素Trypanosoma brucei KKT4 463-645 K543A
キーワードCELL CYCLE / kinetochore / kinetoplastids / KKT4 / BRCT
機能・相同性BRCT domain superfamily / chromosome segregation / spindle microtubule / kinetochore / microtubule binding / nucleus / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ludzia, P. / Akiyoshi, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210622/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2024
タイトル: NMR study of the structure and dynamics of the BRCT domain from the kinetochore protein KKT4.
著者: Ludzia, P. / Hayashi, H. / Robinson, T. / Akiyoshi, B. / Redfield, C.
#1: ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018
タイトル: The kinetoplastid kinetochore protein KKT4 is an unconventional microtubule tip-coupling protein.
著者: Llauro, A. / Hayashi, H. / Bailey, M.E. / Wilson, A. / Ludzia, P. / Asbury, C.L. / Akiyoshi, B.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypanosoma brucei KKT4 463-645 K543A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8551
ポリマ－19,8551
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Analysis of AUC and SEC-MALS experiments shows that the BRCT domain is monomeric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.663, 61.343, 67.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Trypanosoma brucei KKT4 463-645 K543A


分子量: 19854.592 Da / 分子数: 1 / 変異: K543A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-2 (461S, 462M) represent part of a remained linker after TEV protease cleavage.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.8.3680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q580Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
解説: Diffraction data were collected 6 months after protein crystals appeared. Crystals appeared as cluster of needles.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: HEPES, sodium chloride, TCEP, sodium thiocyanate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.47 Å / Num. obs: 18591 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 1.43
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / Num. unique obs: 18590 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZPK

6zpk


解像度: 1.8→45.47 Å / SU ML: 0.1578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.3175
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 860 4.63 %
Rwork0.1963 17731 -
obs0.1978 18591 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 0 171 1388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08311683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.031466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.910.2181360.19642886X-RAY DIFFRACTION99.93
1.91-2.060.1971290.20382922X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.270.23321580.19412906X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.60.22631370.20652947X-RAY DIFFRACTION100
2.6-3.270.23541530.20572960X-RAY DIFFRACTION100
3.27-45.470.23871470.18633110X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4881878672-1.83869601322-4.399120189014.950695987412.05605314438.00653922495-0.19467512133-0.3445890680890.07012934984090.4538970705170.20603527707-0.1391487730550.3643242561050.3424317887120.02496722937370.233683797860.0661654282070.01644346334610.2647435279250.04694293428710.18844867359920.39588721753.3446675859721.6943759023
25.321383996450.4269470410721.353102263593.16450039446-0.1784912690714.082055182740.06667584266580.4947758082870.493483146984-0.908370342324-0.06940274039660.329862542125-0.6432709603680.2232593447990.01201011837550.4031884566780.03150620784950.04426513589620.1745925134190.02391554362120.25956708852620.82646164419.351800406773.44855180341
32.76887715884-0.373287084818-1.994831608275.633383545951.315322198681.647341918640.07823827533870.2835246781820.263487813051-1.02259513330.0250396284633-0.331345278175-0.1570905006480.3236043028410.02247465677380.3417360699180.05501504525480.04202647086820.2562539239610.05453886114660.20883437510127.78837448871.871322972052.69903815579
41.08916967110.442188532120.6549786144013.897625195132.109294072982.190408346290.04289114838950.005041729500910.0479052569087-0.0845901029528-0.05668906592320.0206076890988-0.08717045162750.04044011495250.02503964264690.1381286879630.0205180572440.00386074822960.139644090613-0.006231166818210.13750432375217.8406584527-2.308721018388.68507037208
54.547677042980.4756453707972.126334094533.894209121010.6301878816963.291339175890.1785863041390.250935323983-0.343871356665-0.1581887043640.140609367608-0.3307465744660.3625726680830.465873256129-0.2267204317410.1913603013510.0328502164912-0.008127435814580.180055487312-0.04596576360660.17025708682614.2209999969-17.0373028685-8.61581690214
64.452649226850.6516603474651.936734662475.163110987710.6831287243924.027641601420.188684600923-0.280512684547-0.4164573217360.2923052697450.01025832428380.04309243107420.585308209035-0.1528872439010.03718755565860.1444887823840.00890857089908-0.03539096285310.14111912044-0.03282715488720.18673165234111.4240000847-18.6635452451-0.202348190799
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 474 through 488 )474 - 4881 - 15
22chain 'A' and (resid 489 through 511 )489 - 51116 - 38
33chain 'A' and (resid 512 through 531 )512 - 53139 - 54
44chain 'A' and (resid 532 through 586 )532 - 58655 - 109
55chain 'A' and (resid 587 through 609 )587 - 609110 - 132
66chain 'A' and (resid 610 through 645 )610 - 645133 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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