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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qro | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypanosoma brucei KKT4 BRCT domain K543A mutant | ||||||
![]() | Trypanosoma brucei KKT4 463-645 K543A | ||||||
![]() | CELL CYCLE / kinetochore / kinetoplastids / KKT4 / BRCT | ||||||
機能・相同性 | BRCT domain superfamily / chromosome segregation / spindle microtubule / kinetochore / microtubule binding / nucleus / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ludzia, P. / Akiyoshi, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NMR study of the structure and dynamics of the BRCT domain from the kinetochore protein KKT4. 著者: Ludzia, P. / Hayashi, H. / Robinson, T. / Akiyoshi, B. / Redfield, C. #1: ![]() タイトル: The kinetoplastid kinetochore protein KKT4 is an unconventional microtubule tip-coupling protein. 著者: Llauro, A. / Hayashi, H. / Bailey, M.E. / Wilson, A. / Ludzia, P. / Asbury, C.L. / Akiyoshi, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zpkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19854.592 Da / 分子数: 1 / 変異: K543A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 1-2 (461S, 462M) represent part of a remained linker after TEV protease cleavage. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.8.3680 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 % 解説: Diffraction data were collected 6 months after protein crystals appeared. Crystals appeared as cluster of needles. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: HEPES, sodium chloride, TCEP, sodium thiocyanate, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→45.47 Å / Num. obs: 18591 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 1.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.89 Å / Num. unique obs: 18590 / CC1/2: 0.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ZPK 解像度: 1.8→45.47 Å / SU ML: 0.1578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.3175 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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