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- PDB-7qro: Crystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypa... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qro | ||||||
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Title | Crystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypanosoma brucei KKT4 BRCT domain K543A mutant | ||||||
![]() | Trypanosoma brucei KKT4 463-645 K543A | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | BRCT domain superfamily / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ludzia, P. / Akiyoshi, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: NMR study of the structure and dynamics of the BRCT domain from the kinetochore protein KKT4. Authors: Ludzia, P. / Hayashi, H. / Robinson, T. / Akiyoshi, B. / Redfield, C. #1: ![]() Title: The kinetoplastid kinetochore protein KKT4 is an unconventional microtubule tip-coupling protein. Authors: Llauro, A. / Hayashi, H. / Bailey, M.E. / Wilson, A. / Ludzia, P. / Asbury, C.L. / Akiyoshi, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 89.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 58.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zpkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19854.592 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K543A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residues 1-2 (461S, 462M) represent part of a remained linker after TEV protease cleavage. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % Description: Diffraction data were collected 6 months after protein crystals appeared. Crystals appeared as cluster of needles. |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: HEPES, sodium chloride, TCEP, sodium thiocyanate, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→45.47 Å / Num. obs: 18591 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 1.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.89 Å / Num. unique obs: 18590 / CC1/2: 0.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6ZPK Resolution: 1.8→45.47 Å / SU ML: 0.1578 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / Phase error: 21.3175 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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