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万見
- PDB-7qr4: human CPEB3 HDV-like ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qr4
タイトルhuman CPEB3 HDV-like ribozyme
要素
  • RNA CPEB3 ribozyme
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA / Ribozyme HDV-like CPEB3 intron brain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-binding region-containing protein RBM41/RNPC3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Przytula-Mally, A.I. / Engilberge, S. / Johannsen, S. / Olieric, V. / Masquida, B. / Sigel, R.K.O.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
University of ZurichFK-18-097 スイス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-IDEX-0002 スイス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EUR-0023 スイス
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Anticodon-like loop-mediated dimerization in the crystal structures of HdV-like CPEB3 ribozymes
著者: Przytula-Mally, A.I. / Engilberge, S. / Johannsen, S. / Olieric, V. / Masquida, B. / Sigel, R.K.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: RNA CPEB3 ribozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6972
ポリマ－32,6972
非ポリマー00
水543
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: RNA CPEB3 ribozyme

A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: RNA CPEB3 ribozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3934
ポリマ－65,3934
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.451, 131.879, 90.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A


分子量: 10582.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: p11U1ADb / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) / 参照: UniProt: M0R221
#2: RNA鎖 RNA CPEB3 ribozyme


分子量: 22114.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 21540012
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20-24% PEG 3350, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate and 30-200 mM HEPES-KOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.825→68.055 Å / Num. obs: 6828 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 93.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.825→3.124 Å / Num. unique obs: 342 / CC1/2: 0.574

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1drz

1drz


解像度: 2.83→65.94 Å / SU ML: 0.389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.1353
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 348 5.1 %
Rwork0.2197 6478 -
obs0.2223 6826 58.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数728 1461 0 3 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00262371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61493532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.25021106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-3.560.4012610.27341317X-RAY DIFFRACTION23.94
3.56-9.6140.25882870.21525161X-RAY DIFFRACTION91.29
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0485657081387 Å / Origin y: 3.17551941062 Å / Origin z: 8.32629500816 Å
111213212223313233
T0.694268269529 Å20.060605311754 Å2-0.00790720804937 Å2-0.864248460315 Å2-0.14523030782 Å2--0.564832036867 Å2
L2.40019114366 °2-0.796830596738 °2-0.0916690145379 °2-2.50640321098 °2-0.587565866797 °2--1.55670269098 °2
S-0.182793396051 Å °-0.18248801716 Å °0.357539855676 Å °0.295871334218 Å °-0.198449298235 Å °0.0599158322084 Å °-0.458364855507 Å °-0.0161680035668 Å °0.363607992661 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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