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- PDB-7qr3: Chimpanzee CPEB3 HDV-like ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qr3
タイトルChimpanzee CPEB3 HDV-like ribozyme
要素
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
  • chimpanzee CPEB3 ribozyme
キーワードRNA / Ribozyme HDV-like CPEB3 intron brain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-binding region-containing protein RBM41/RNPC3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pan troglodytes (チンパンジー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Przytula-Mally, A.I. / Engilberge, S. / Johannsen, S. / Olieric, V. / Masquida, B. / Sigel, R.K.O.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
University of ZurichFK-18-097 スイス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-IDEX-0002 スイス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EUR-0023 スイス
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Anticodon-like loop-mediated dimerization in the crystal structures of HdV-like CPEB3 ribozymes
著者: Przytula-Mally, A.I. / Engilberge, S. / Johannsen, S. / Olieric, V. / Masquida, B. / Sigel, R.K.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
C: chimpanzee CPEB3 ribozyme
D: chimpanzee CPEB3 ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6348
ポリマ－65,4254
非ポリマー2094
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.254, 135.916, 83.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A


分子量: 10582.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) / 参照: UniProt: M0R221
#2: RNA鎖 chimpanzee CPEB3 ribozyme


分子量: 22130.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pan troglodytes (チンパンジー)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 19-24% PEG 3350, 0.2 M sodium formate 30-200 mM HEPES-KOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→67.958 Å / Num. obs: 28178 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 57.16 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.18→2.355 Å / Num. unique obs: 1410 / CC1/2: 0.543

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1drz

1drz


解像度: 2.18→52.65 Å / SU ML: 0.2866 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.3423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1431 5.08 %
Rwork0.2408 26741 -
obs0.2426 28172 78.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→52.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 2924 9 84 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00164773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6337098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.882237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.260.4519160.4489266X-RAY DIFFRACTION7.93
2.26-2.350.4378530.3926970X-RAY DIFFRACTION28.91
2.35-2.460.3678870.32931928X-RAY DIFFRACTION56.3
2.46-2.580.38161810.30232938X-RAY DIFFRACTION88.11
2.58-2.750.33581750.28943388X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.35651700.31043420X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.260.32251980.29513386X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.730.28981740.24413419X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.70.22471840.2133449X-RAY DIFFRACTION100
4.7-52.650.24441930.20343577X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.2054052585 Å / Origin y: -32.7996086805 Å / Origin z: -3.71457740533 Å
111213212223313233
T0.322796334537 Å2-0.0292910243835 Å20.0245608253139 Å2-0.393308875029 Å20.0560813899104 Å2--0.30930126041 Å2
L0.68786180636 °20.237359673226 °20.438257733162 °2-0.960319795549 °20.336905312362 °2--0.717140109585 °2
S-0.0901638636445 Å °0.138467838449 Å °-0.0582504468978 Å °0.00157220566509 Å °-0.0515147239699 Å °-0.0807262574323 Å °-0.0175087445914 Å °0.188206820758 Å °-0.00970648084584 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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