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万見
- PDB-7qqy: yeast Gid10 bound to Art2 Pro/N-degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qqy
タイトルyeast Gid10 bound to Art2 Pro/N-degron
要素
  • ECM21
  • Uncharacterized protein YGR066C
キーワードLIGASE / GID / Art2 / ubiquitin / E3 ligase / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process in the vacuole / GID complex / protein targeting to vacuole / vacuole / response to osmotic stress / extrinsic component of membrane / response to starvation / negative regulation of gluconeogenesis / protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YGR066C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Chrustowicz, J. / Sherpa, D. / Schulman, B.A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1European Union
European Research Council (ERC)789016-NEDD8ActivateEuropean Union
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2022
タイトル: A GID E3 ligase assembly ubiquitinates an Rsp5 E3 adaptor and regulates plasma membrane transporters.
著者: Langlois, C.R. / Beier, V. / Karayel, O. / Chrustowicz, J. / Sherpa, D. / Mann, M. / Schulman, B.A.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YGR066C
B: ECM21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2283
ポリマ－27,1922
非ポリマー351
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.524, 67.817, 75.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YGR066C


分子量: 26188.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YGR066C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53242
#2: タンパク質・ペプチド ECM21


分子量: 1004.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18.5% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.0 and 0.2 M potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→40.52 Å / Num. obs: 57128 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.26→1.33 Å / Num. unique obs: 8755 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NS3

7ns3


解像度: 1.26→37.74 Å / SU ML: 0.2047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.6053
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 2854 5.01 %
Rwork0.1918 54144 -
obs0.1936 56998 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 1 217 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96532615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0975273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0962257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.280.5361220.55962292X-RAY DIFFRACTION85.54
1.28-1.30.38051420.41432706X-RAY DIFFRACTION99.68
1.3-1.330.38881400.36182653X-RAY DIFFRACTION99.96
1.33-1.350.42811440.35412719X-RAY DIFFRACTION99.83
1.35-1.380.37141400.36782677X-RAY DIFFRACTION99.86
1.38-1.410.40551420.40992695X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.450.41161430.3772717X-RAY DIFFRACTION99.97
1.45-1.490.34051420.29822694X-RAY DIFFRACTION99.93
1.49-1.530.28281420.25882705X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.580.2591430.22192715X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.640.23451430.20422706X-RAY DIFFRACTION99.96
1.64-1.70.22711440.19312726X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.780.21781430.17572718X-RAY DIFFRACTION99.93
1.78-1.880.20051430.16572714X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.990.16451450.16482755X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.150.18591440.16372736X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.360.21911460.16622770X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.710.19181460.17442765X-RAY DIFFRACTION100
2.71-3.410.1911470.16562806X-RAY DIFFRACTION99.97
3.41-37.740.24071530.17332875X-RAY DIFFRACTION97.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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