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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqn | ||||||
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タイトル | The PDZ domain of SNTG1 complexed with the acetylated PDZ-binding motif of TRPV3 | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / linear motif / crystallization chaperone | ||||||
機能・相同性 | ![]() syntrophin complex / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / negative regulation of hair cycle ...syntrophin complex / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / negative regulation of hair cycle / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / myelin sheath adaxonal region / cell communication / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / cornified envelope / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of receptor internalization / osmosensory signaling pathway / collagen fibril organization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / virion binding / TRP channels / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / osteoclast development / epithelial cell apoptotic process / response to temperature stimulus / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of calcium ion import / phosphatidylserine binding / positive regulation of exocytosis / basement membrane / regulation of neurogenesis / calcium ion import across plasma membrane / Smooth Muscle Contraction / fibrinolysis / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lipid droplet / cell-matrix adhesion / response to activity / calcium ion transmembrane transport / actin filament organization / adherens junction / lung development / calcium channel activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / cilium / nuclear matrix / ruffle membrane / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium-dependent protein binding / azurophil granule lumen / melanosome / late endosome membrane / actin binding / midbody / basolateral plasma membrane / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / early endosome / cytoskeleton / receptor complex / endosome / lysosomal membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cousido-Siah, A. / Trave, G. / Gogl, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A scalable strategy to solve structures of PDZ domains and their complexes. 著者: Cousido-Siah, A. / Carneiro, L. / Kostmann, C. / Ecsedi, P. / Nyitray, L. / Trave, G. / Gogl, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pc3C ![]() 7pc4C ![]() 7pc5C ![]() 7pc7C ![]() 7pc8C ![]() 7pc9C ![]() 7pcbC ![]() 7qqlC ![]() 7qqmC ![]() 5n7dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46770.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1165.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: N-terminal biotin-ado-ado linker (amino-dodecanoic acid) 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.15 M Lithium sulfate 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES 7.8 20 % v/v PEG Smear High |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→45.467 Å / Num. obs: 35752 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.66 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 6.66 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 2621 / CC1/2: 0.529 / Rrim(I) all: 2.042 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5N7D 解像度: 2.45→45.467 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.44 Å2 / Biso mean: 63.1659 Å2 / Biso min: 22.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→45.467 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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