PDB-7qqh: Crystal structure of MYORG (D520N) in complex with Gal-a1,4-Glc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qqh

タイトル

Crystal structure of MYORG (D520N) in complex with Gal-a1,4-Glc

要素

Myogenesis-regulating glycosidase

キーワード

HYDROLASE / GH31 / Glycoside hydrolase / MYORG / NET37 / galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / skeletal muscle fiber development / nuclear membrane / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Meek, R.W. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2022
タイトル: The primary familial brain calcification-associated protein MYORG is an alpha-galactosidase with restricted substrate specificity.
著者: Meek, R.W. / Brockerman, J. / Fordwour, O.B. / Zandberg, W.F. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J.

履歴

登録	2022年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qqh.cif.gz	941.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qqh.ent.gz	764 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qqh_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qqh_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	7qqh_validation.xml.gz	103.4 KB	表示
CIF形式データ	7qqh_validation.cif.gz	134.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qqfC 7qqgC 2f2hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myogenesis-regulating glycosidase

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

298 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS analysis
149 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
149 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.286, 79.099, 178.016
Angle α, β, γ (deg.)	80.909, 79.112, 62.667
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	TRP	TRP	A	A	91 - 712	13 - 634
2	2	1	GLU	GLU	TRP	TRP	B	B	91 - 712	13 - 634
3	3	2	GLU	GLU	TRP	TRP	A	A	91 - 712	13 - 634
4	4	2	GLU	GLU	TRP	TRP	C	C	91 - 712	13 - 634
5	5	3	GLU	GLU	TRP	TRP	A	A	91 - 712	13 - 634
6	6	3	GLU	GLU	TRP	TRP	D	D	91 - 712	13 - 634
7	7	4	ARG	ARG	TRP	TRP	B	B	89 - 712	11 - 634
8	8	4	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	89 - 712	11 - 634
9	9	5	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	88 - 713	10 - 635
10	10	5	LEU	LEU	ALA	ALA	D	D	88 - 713	10 - 635
11	11	6	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	89 - 712	11 - 634
12	12	6	ARG	ARG	TRP	TRP	D	D	89 - 712	11 - 634

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161 分子量: 72462.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161

分子量: 72462.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 3種, 22分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 499分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES 7.0, 10% PEG MME5000 and 5% tasimate pH7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97627 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→64.53 Å / Num. obs: 161989 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
12.32-64.53	3.6	0.019	31.7	999	0.985	0.019	0.026
2.25-2.29	3.1	0.8	1	7923	0.962	0.8	1.131

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F2H

2f2h

解像度: 2.25→64.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 18.571 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	8099	5 %
R_work	0.2122	153878	-
all	0.213	-	-
obs	-	161977	98.198 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.466 Å²	-0.418 Å²	2.387 Å²
2-	-	0.442 Å²	-0.397 Å²
3-	-	-	0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→64.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19783	0	520	486	20789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	20991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	19056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.679	28649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	1.603	43769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.042	5	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_1_deg	2.921	20	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.099	20.176	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.515	15.125	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.618	15	197
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	18098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	9853
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	9780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	3.137	9884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.795	3.137	9883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	4.703	12342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.357	4.703	12343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.787	3.235	11107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.787	3.235	11107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.343	4.819	16305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.343	4.819	16306
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.255	35.219	22498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.235	35.145	22449
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.054	0.05	20844
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.046	0.05	20776
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.051	0.05	20814
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.046	0.05	21006
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.051	0.05	21019
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.047	0.05	20882

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05393	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05393	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0461	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0461	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05097	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05097	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04568	0.0501
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04568	0.0501
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05069	0.0501
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05069	0.0501
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.047	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.047	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.383	550	0.374	11265	X-RAY DIFFRACTION	97.0351
2.308-2.372	0.304	607	0.314	11022	X-RAY DIFFRACTION	97.5669
2.372-2.44	0.295	543	0.292	10776	X-RAY DIFFRACTION	97.7208
2.44-2.516	0.279	570	0.268	10362	X-RAY DIFFRACTION	97.3464
2.516-2.598	0.284	474	0.261	10182	X-RAY DIFFRACTION	98.1216
2.598-2.689	0.301	490	0.283	9839	X-RAY DIFFRACTION	98.1191
2.689-2.791	0.279	496	0.242	9479	X-RAY DIFFRACTION	98.1212
2.791-2.905	0.259	454	0.223	9191	X-RAY DIFFRACTION	98.3281
2.905-3.034	0.222	457	0.214	8792	X-RAY DIFFRACTION	98.4984
3.034-3.182	0.23	427	0.195	8381	X-RAY DIFFRACTION	97.9646
3.182-3.354	0.218	429	0.19	7889	X-RAY DIFFRACTION	98.0087
3.354-3.557	0.238	427	0.22	7516	X-RAY DIFFRACTION	98.6708
3.557-3.803	0.233	360	0.207	7165	X-RAY DIFFRACTION	99.0392
3.803-4.107	0.191	381	0.195	6595	X-RAY DIFFRACTION	98.9644
4.107-4.499	0.184	360	0.168	6044	X-RAY DIFFRACTION	99.1485
4.499-5.03	0.166	305	0.149	5533	X-RAY DIFFRACTION	99.2688
5.03-5.807	0.202	256	0.187	4867	X-RAY DIFFRACTION	99.1484
5.807-7.11	0.218	243	0.194	4042	X-RAY DIFFRACTION	97.9205
7.11-10.046	0.183	169	0.162	3198	X-RAY DIFFRACTION	99.5565
10.046-64.53	0.223	101	0.237	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.5673

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4012	-0.1888	-0.4059	1.1614	0.211	1.7097	0.0449	0.1441	-0.0104	-0.009	0.0565	0.06	0.0457	-0.1132	-0.1014	0.1284	-0.032	0.1266	0.4028	-0.0233	0.1494	-13.7207	3.0686	42.2418
2	1.0566	0.051	-0.1614	1.0995	0.0395	1.2135	0.1043	-0.0764	0.0733	0.1203	-0.0643	0.0242	0.0923	-0.1385	-0.04	0.0543	-0.0365	0.0361	0.0314	-0.0153	0.0435	11.9005	-11.3029	-39.8044
3	1.193	0.036	-0.1213	1.0558	0.0023	1.2983	0.1097	-0.0003	-0.0225	0.0004	-0.0797	0.003	0.0631	0.0354	-0.03	0.1038	0.0633	0.0753	0.3097	-0.0253	0.0949	-30.9567	-9.7671	2.7738
4	1.3266	-0.0905	-0.1347	1.3609	-0.1412	1.3807	0.148	0.0438	0.112	-0.1345	-0.017	-0.0401	0.0327	0.113	-0.1311	0.0701	0.0346	0.0634	0.0272	0.0247	0.0845	-44.157	8.901	94.1776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	91 - 713
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	801
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	802
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	803
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	804
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	805
9	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	88 - 713
10	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	1
11	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	2
12	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	G	1
13	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	801
14	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	802
15	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	803
16	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	G	2
17	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	1
18	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	2
19	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	804
20	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	89 - 713
21	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	I	1
22	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	I	2
23	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	J	1
24	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	801
25	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	802
26	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	803
27	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	J	2
28	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	804
29	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	805
30	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	88 - 713
31	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	K	1
32	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	K	2
33	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	L	1
34	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	801
35	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	802
36	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	803
37	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	804
38	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	805
39	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	L	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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