PDB-7qqg: Crystal structure of MYORG bound to 1-deoxygalactonojirimycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qqg

タイトル

Crystal structure of MYORG bound to 1-deoxygalactonojirimycin

要素

Myogenesis-regulating glycosidase

キーワード

HYDROLASE / GH31 / Glycoside hydrolase / MYORG / NET37 / galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / skeletal muscle fiber development / nuclear membrane / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Meek, R.W. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2022
タイトル: The primary familial brain calcification-associated protein MYORG is an alpha-galactosidase with restricted substrate specificity.
著者: Meek, R.W. / Brockerman, J. / Fordwour, O.B. / Zandberg, W.F. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J.

履歴

登録	2022年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qqg.cif.gz	895.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qqg.ent.gz	724.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qqg_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qqg_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	7qqg_validation.xml.gz	95.1 KB	表示
CIF形式データ	7qqg_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qqfC 7qqhC 2f2hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myogenesis-regulating glycosidase

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

296 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS
148 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.113, 78.882, 176.221
Angle α, β, γ (deg.)	80.777, 80.209, 62.641
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	92 - 712	14 - 634
2	2	1	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	92 - 712	14 - 634
3	3	2	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	92 - 713	14 - 635
4	4	2	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	92 - 713	14 - 635
5	5	3	TRP	TRP	TRP	TRP	A	A	185 - 712	107 - 634
6	6	3	TRP	TRP	TRP	TRP	D	D	185 - 712	107 - 634
7	7	4	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	92 - 713	14 - 635
8	8	4	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	92 - 713	14 - 635
9	9	5	TRP	TRP	TRP	TRP	B	B	185 - 712	107 - 634
10	10	5	TRP	TRP	TRP	TRP	D	D	185 - 712	107 - 634
11	11	6	TRP	TRP	TRP	TRP	C	C	185 - 712	107 - 634
12	12	6	TRP	TRP	TRP	TRP	D	D	185 - 712	107 - 634

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161 分子量: 72463.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): Hi Five 参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161

分子量: 72463.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): Hi Five
参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 3種, 17分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 239分子

#5: 化合物	ChemComp-DGJ / (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol / 1-deoxygalactonojirimycin 分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: Galafold, 薬剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 10% PEG MME5000, 5% tasimate pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→69.75 Å / Num. obs: 127078 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
13.31-69.75	3.6	0.023	24.4	776	0.998	0.023	0.032
2.43-2.47	3.7	0.724	1.4	6328	0.555	0.724	1.024

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F2H

2f2h

解像度: 2.43→69.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 21.247 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	6096	4.802 %
R_work	0.2239	120841	-
all	0.225	-	-
obs	-	126937	98.126 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.614 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.596 Å²	0.001 Å²	2.982 Å²
2-	-	0.311 Å²	-1.895 Å²
3-	-	-	2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→69.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18863	0	404	233	19500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	19895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	18068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.675	27168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.601	41474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.435	5	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.366	20.097	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.865	15	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.098	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	22344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	17194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	9438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	9273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.096	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.172	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.1	3.096	9391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.1	3.096	9390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.804	4.643	11716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.804	4.643	11717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.042	3.194	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.041	3.195	10505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.706	4.758	15452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.706	4.759	15453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.222	58.932	84108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.218	58.923	84070
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	20904
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.073	0.05	20754
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	16623
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.075	0.05	20787
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.078	0.05	16469
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	16465

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07581	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07581	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07276	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07276	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06654	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06654	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07507	0.0501
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07507	0.0501
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07786	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07786	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07133	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07133	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.493	0.309	449	0.304	8856	X-RAY DIFFRACTION	97.1599
2.493-2.561	0.294	424	0.291	8681	X-RAY DIFFRACTION	97.3797
2.561-2.636	0.299	443	0.277	8435	X-RAY DIFFRACTION	97.4855
2.636-2.717	0.309	437	0.284	8201	X-RAY DIFFRACTION	97.6376
2.717-2.806	0.282	453	0.25	7850	X-RAY DIFFRACTION	97.7744
2.806-2.904	0.26	387	0.251	7635	X-RAY DIFFRACTION	97.889
2.904-3.014	0.278	363	0.229	7484	X-RAY DIFFRACTION	98.1734
3.014-3.137	0.256	346	0.221	7158	X-RAY DIFFRACTION	98.0018
3.137-3.276	0.227	398	0.209	6821	X-RAY DIFFRACTION	98.2043
3.276-3.436	0.26	321	0.208	6627	X-RAY DIFFRACTION	98.4415
3.436-3.622	0.226	287	0.208	6276	X-RAY DIFFRACTION	98.5583
3.622-3.841	0.223	283	0.211	5927	X-RAY DIFFRACTION	98.5714
3.841-4.107	0.242	272	0.208	5602	X-RAY DIFFRACTION	98.7559
4.107-4.435	0.24	236	0.2	5217	X-RAY DIFFRACTION	98.8937
4.435-4.858	0.188	240	0.187	4815	X-RAY DIFFRACTION	99.0788
4.858-5.431	0.219	215	0.209	4304	X-RAY DIFFRACTION	99.0791
5.431-6.27	0.256	178	0.225	3843	X-RAY DIFFRACTION	99.015
6.27-7.677	0.263	147	0.234	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.1858
7.677-10.846	0.235	148	0.2	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.283
10.846-69.75	0.407	69	0.317	1362	X-RAY DIFFRACTION	98.4859

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9406	0.1213	-0.1732	1.1205	0.2148	1.1169	0.0753	-0.0663	0.0603	0.0768	-0.0725	0.0582	0.08	-0.1488	-0.0029	0.2188	-0.0655	0.0248	0.0637	0.0036	0.0159	14.8248	-12.8556	-38.549
2	1.0826	-0.0004	-0.0907	1.2041	-0.0565	1.276	0.0931	0.0441	0.1247	-0.1512	-0.0507	-0.0466	0.0026	0.1636	-0.0423	0.2274	0.0437	0.0494	0.0576	0.0466	0.078	-44.0529	8.7368	94.3605
3	1.1884	-0.1456	-0.3411	1.2655	0.1901	1.5302	0.0345	0.1233	-0.1124	0.0008	0.0485	-0.031	-0.0192	0.0665	-0.0831	0.3325	-0.095	0.1261	0.4681	0.0411	0.1768	-12.2573	4.1186	43.1601
4	4.2947	0.3193	-1.5474	0.4197	-0.0648	1.6353	-0.0075	-0.3222	-0.1673	0.0238	-0.0443	0.1037	-0.0555	0.088	0.0519	0.3447	0.015	0.1353	0.4821	-0.0419	0.2461	-29.5312	-2.9841	3.7607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	92 - 713
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	801
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	802
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	G	1
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	G	2
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	2
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	803
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	3
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	804
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	2
13	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	88 - 713
14	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	801
15	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	1
16	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	802
17	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	803
18	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	804
19	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	I	1
20	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	J	1
21	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	I	2
22	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	2
23	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	92 - 713
24	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	K	1
25	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	K	2
26	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	801
27	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	802
28	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	803
29	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	185 - 713
30	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	1000
31	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	1001

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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