PDB-7qqf: Crystal structure of unliganded MYORG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qqf

タイトル

Crystal structure of unliganded MYORG

要素

Myogenesis-regulating glycosidase

キーワード

HYDROLASE / GH31 / Glycoside hydrolase / MYORG / NET37 / galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / skeletal muscle fiber development / nuclear membrane / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Meek, R.W. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2022
タイトル: The primary familial brain calcification-associated protein MYORG is an alpha-galactosidase with restricted substrate specificity.
著者: Meek, R.W. / Brockerman, J. / Fordwour, O.B. / Zandberg, W.F. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J.

履歴

登録	2022年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qqf.cif.gz	924.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qqf.ent.gz	752.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qqf_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qqf_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	7qqf_validation.xml.gz	85.1 KB	表示
CIF形式データ	7qqf_validation.cif.gz	117.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qqgC 7qqhC 2f2hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myogenesis-regulating glycosidase

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

298 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Myogenesis-regulating glycosidase

D: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS
148 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Myogenesis-regulating glycosidase

C: Myogenesis-regulating glycosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
150 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.109, 78.986, 180.113
Angle α, β, γ (deg.)	88.062, 78.801, 62.714
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	92 - 713	14 - 635
2	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	92 - 713	14 - 635
3	3	2	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	92 - 713	14 - 635
4	4	2	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	92 - 713	14 - 635
5	5	3	PHE	PHE	TRP	TRP	A	A	100 - 712	22 - 634
6	6	3	PHE	PHE	TRP	TRP	D	D	100 - 712	22 - 634
7	7	4	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	92 - 713	14 - 635
8	8	4	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	92 - 713	14 - 635
9	9	5	PHE	PHE	TRP	TRP	B	B	100 - 712	22 - 634
10	10	5	PHE	PHE	TRP	TRP	D	D	100 - 712	22 - 634
11	11	6	PHE	PHE	TRP	TRP	C	C	100 - 712	22 - 634
12	12	6	PHE	PHE	TRP	TRP	D	D	100 - 712	22 - 634

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161 分子量: 72463.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi Five 参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

Myogenesis-regulating glycosidase / Uncharacterized family 31 glucosidase KIAA1161

分子量: 72463.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi Five
参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 5種, 21分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 327分子

#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 10% PEG MME5000 and 5% tasimate pH 7.0.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97951 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→66.57 Å / Num. obs: 131515 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.1 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
13.31-66.57	0.015	29.8	796	0.964	0.015	0.021
2.43-2.47	1.071	1	6509	0.515	1.071	1.514

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F2H

2f2h

解像度: 2.43→66.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 22.491 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	6445	4.902 %
R_work	0.2108	125031	-
all	0.212	-	-
obs	-	131476	98.149 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.158 Å²	0.096 Å²	-1.604 Å²
2-	-	1.904 Å²	0.501 Å²
3-	-	-	-3.268 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→66.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19386	0	531	319	20236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	20594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	18617
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.681	28134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	1.605	42754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.035	5	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.627	20.139	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.065	15	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.561	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	23123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	17412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	9710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	9302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	3.6	9715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.908	3.6	9713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.53	5.397	12123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.53	5.397	12124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.908	3.704	10879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.908	3.704	10876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.54	5.527	16011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.54	5.527	16012
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.972	68.607	86627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.966	68.59	86530
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	20544
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.077	0.05	20413
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.092	0.05	18984
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.078	0.05	20594
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.092	0.05	19043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.085	0.05	19106

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07634	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07634	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07745	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07745	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09225	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09225	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07792	0.0501
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07792	0.0501
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09158	0.0501
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09158	0.0501
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08505	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08505	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.493	0.326	465	0.321	9122	X-RAY DIFFRACTION	96.5555
2.493-2.561	0.309	472	0.305	9017	X-RAY DIFFRACTION	97.7341
2.561-2.636	0.324	407	0.296	8751	X-RAY DIFFRACTION	97.7896
2.636-2.717	0.3	409	0.291	8514	X-RAY DIFFRACTION	98.0011
2.717-2.806	0.279	434	0.278	8172	X-RAY DIFFRACTION	97.5848
2.806-2.904	0.288	462	0.265	7925	X-RAY DIFFRACTION	98.0592
2.904-3.014	0.264	345	0.247	7699	X-RAY DIFFRACTION	97.6569
3.014-3.137	0.28	346	0.23	7456	X-RAY DIFFRACTION	98.1384
3.137-3.276	0.255	394	0.22	7078	X-RAY DIFFRACTION	98.1866
3.276-3.436	0.239	319	0.218	6881	X-RAY DIFFRACTION	98.5087
3.436-3.622	0.244	364	0.211	6450	X-RAY DIFFRACTION	98.454
3.622-3.841	0.201	335	0.194	6075	X-RAY DIFFRACTION	98.3732
3.841-4.107	0.202	319	0.178	5777	X-RAY DIFFRACTION	98.7686
4.107-4.435	0.195	324	0.162	5353	X-RAY DIFFRACTION	99.1789
4.435-4.858	0.177	252	0.144	4960	X-RAY DIFFRACTION	99.1629
4.858-5.431	0.184	237	0.164	4452	X-RAY DIFFRACTION	98.7574
5.431-6.271	0.237	194	0.181	3988	X-RAY DIFFRACTION	99.524
6.271-7.677	0.197	165	0.189	3357	X-RAY DIFFRACTION	99.3232
7.677-10.847	0.214	131	0.181	2589	X-RAY DIFFRACTION	98.9811
10.847-66.57	0.286	71	0.311	1416	X-RAY DIFFRACTION	98.6729

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.243	-0.011	0.3099	0.724	-0.1457	1.7386	0.0448	-0.1201	0.0306	0.2	0.0015	-0.0492	0.0077	0.1202	-0.0464	0.0869	0.0029	-0.0573	0.2936	0.0162	0.1956	-39.2244	-1.1995	-34.9319
2	1.3717	0.0099	0.0123	0.9496	-0.008	1.3454	0.0887	0.1203	0.0446	0.1604	-0.0536	0.0407	-0.0683	-0.0929	-0.0352	0.1206	-0.1071	-0.0304	0.1658	0.0434	0.1791	-28.8475	-0.0282	59.4008
3	1.1437	0.089	-0.0358	0.768	-0.1578	1.5681	0.0566	-0.001	-0.0108	-0.1512	-0.0334	-0.0141	-0.0932	-0.1247	-0.0231	0.0969	0.0549	-0.0479	0.0421	-0.0155	0.1906	13.5793	-0.823	101.6312
4	1.6285	0.0878	0.604	0.7787	0.4456	2.9307	0.0432	0.1525	0.0294	-0.1475	0.0024	-0.0181	0.0246	0.132	-0.0456	0.153	0.0614	-0.0671	0.222	0.049	0.2427	-11.1537	-8.2837	18.5919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	92 - 714
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	801
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	2
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	2
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	802
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	803
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	804
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	805
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	3
12	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	92 - 713
13	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	G	1
14	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	G	2
15	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	1
16	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	801
17	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	802
18	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	803
19	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	I	1
20	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	I	2
21	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	804
22	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	805
23	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	2
24	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	92 - 713
25	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	J	1
26	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	K	1
27	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	K	2
28	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	L	1
29	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	L	2
30	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	801
31	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	802
32	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	803
33	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	J	3
34	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	J	2
35	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	804
36	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	805
37	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	100 - 713
38	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	M	1
39	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	M	2
40	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	N	1
41	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	801
42	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	802
43	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	N	2
44	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	803

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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