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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of unliganded MYORG | ||||||
要素 | Myogenesis-regulating glycosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GH31 / Glycoside hydrolase / MYORG / NET37 / galactosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle fiber development / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / nuclear membrane / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Meek, R.W. / Davies, G.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2022 タイトル: The primary familial brain calcification-associated protein MYORG is an alpha-galactosidase with restricted substrate specificity. 著者: Meek, R.W. / Brockerman, J. / Fordwour, O.B. / Zandberg, W.F. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qqf.cif.gz | 923.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qqf.ent.gz | 752.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qqf_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qqf_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qqf_validation.xml.gz | 85.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qqf_validation.cif.gz | 117.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qqgC 7qqhC 2f2hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 72463.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYORG, KIAA1161 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi Five 参照: UniProt: Q6NSJ0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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-糖 , 5種, 21分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 327分子
#7: 化合物 | ChemComp-ACT / #8: 化合物 | ChemComp-MLI / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 10% PEG MME5000 and 5% tasimate pH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.43→66.57 Å / Num. obs: 131515 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.1 %
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2F2H 解像度: 2.43→66.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 22.491 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.353 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→66.57 Å
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拘束条件 |
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