PDB-7qpz: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qpz

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(OCOCH3)2(OCOCF3)2] with RNase A (4)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins.
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_entity_instance_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.src_method / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qpz.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qpz.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qpz_validation.pdf.gz	859.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qpz_full_validation.pdf.gz	861.4 KB	表示
XML形式データ	7qpz_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7qpz_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qpwC 7qpyC 7qq0C 7qq1C 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d6q-2 2xog-2 4j66-d 1afl-2 6gok-2 2xoi-2 1lsq-1 3ev6-1 2g4w-1 7p8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.730, 32.870, 72.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.154, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-325- HOH
2	1	B-462- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-F5T / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-(mi2-trifluoroacetato-O, O')-diaquo-dirhodium (II) 分子量: 473.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁F₃O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-F5I / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-tetraaquo-dirhodium(II) 分子量: 393.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂O₈Rh₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22 % PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50.86 Å / Num. obs: 43428 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.67 / R_pim(I) all: 0.557 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt

解像度: 1.45→50.855 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.044 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	2090	4.914 %
R_work	0.1619	40445	-
all	0.164	-	-
obs	-	42535	99.256 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.092 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.026 Å²	0 Å²	0.052 Å²
2-	-	0.053 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50.855 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	47	436	2365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.801	1.708	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.549	1.591	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.769	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.731	24.216	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.323	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.896	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.225	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.768	1.433	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.768	1.433	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.878	2.122	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.877	2.122	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.282	1.619	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.265	1.618	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.458	2.345	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.481	2.337	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.44	19.709	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.201	18.426	2332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.488	0.247	150	0.185	2936	X-RAY DIFFRACTION	98.4998
1.488-1.528	0.222	174	0.18	2860	X-RAY DIFFRACTION	98.7952
1.528-1.573	0.215	130	0.174	2815	X-RAY DIFFRACTION	98.8255
1.573-1.621	0.229	135	0.167	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.8792
1.621-1.674	0.196	148	0.165	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.2229
1.674-1.733	0.168	122	0.149	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.9362
1.733-1.798	0.187	135	0.156	2443	X-RAY DIFFRACTION	99.0776
1.871-1.955	0.197	101	0.161	2343	X-RAY DIFFRACTION	99.5114
1.955-2.05	0.185	126	0.158	2189	X-RAY DIFFRACTION	99.6127
2.05-2.16	0.183	89	0.16	2093	X-RAY DIFFRACTION	99.7714
2.16-2.291	0.23	81	0.166	2010	X-RAY DIFFRACTION	99.6664
2.291-2.449	0.233	101	0.16	1852	X-RAY DIFFRACTION	99.7956
2.449-2.645	0.177	94	0.159	1762	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
2.645-2.896	0.216	75	0.156	1603	X-RAY DIFFRACTION	99.7029
2.896-3.237	0.223	90	0.163	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.6149
3.237-3.735	0.18	84	0.146	1275	X-RAY DIFFRACTION	99.3421
3.735-4.569	0.196	62	0.145	1097	X-RAY DIFFRACTION	99.5704
4.569-6.435	0.174	57	0.167	869	X-RAY DIFFRACTION	99.8921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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