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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qpj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of engineered TCR (756) complexed to HLA-A*02:01 presenting MAGE-A10 9-mer peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / human leukocyte antigen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / histone deacetylase binding / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2022 タイトル: Structural insights into engineering a T-cell receptor targeting MAGE-A10 with higher affinity and specificity for cancer immunotherapy. 著者: Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J. #1: ジャーナル: Oncoimmunology / 年: 2018 タイトル: Affinity-enhanced T-cell receptors for adoptive T-cell therapy targeting MAGE-A10: strategy for selection of an optimal candidate. 著者: Border, E.C. / Sanderson, J.P. / Weissensteiner, T. / Gerry, A.B. / Pumphrey, N.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qpj.cif.gz | 337.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qpj.ent.gz | 264.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qpj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qpj_validation.pdf.gz | 467.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qpj_full_validation.pdf.gz | 475 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qpj_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qpj_validation.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pbcSC 7pdwC 7pdxC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 CD
#1: タンパク質 | 分子量: 32082.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1035.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43363 |
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-T-cell receptor ... , 2種, 2分子 AB
#4: タンパク質 | 分子量: 22761.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 27163.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 532分子
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20% w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月16日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.54→77.45 Å / Num. obs: 134415 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PBC 解像度: 1.54→64.113 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.468 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.417 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→64.113 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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