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- PDB-7qpe: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 6 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qpe
タイトルCrystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 6 from Arabidopsis thaliana (SHM6)
要素Serine hydroxymethyltransferase 6
キーワードTRANSFERASE / one-carbon metabolism / tetrahydrofolate
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Serine hydroxymethyltransferase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Sekula, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2022
タイトル: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives.
著者: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase 6
B: Serine hydroxymethyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4353
ポリマ－106,3732
非ポリマー621
水2,288127
1
A: Serine hydroxymethyltransferase 6
B: Serine hydroxymethyltransferase 6
ヘテロ分子

A: Serine hydroxymethyltransferase 6
B: Serine hydroxymethyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,8716
ポリマ－212,7474
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area21910 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area61150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.683, 129.683, 302.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-667-

HOH

21B-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase 6 / AtSHMT6 / Glycine hydroxymethyltransferase 6 / Serine methylase 6


分子量: 53186.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SHM6, SHMT6, At1g22020, F2E2.7
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LM59, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.92 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.18 M Ammonium nitrate, 0.09 M Sodium cacodylate 5.3, 20% v/v PEG Smear Low, 10% Ethylene glycol (based on the D1 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was ...詳細: 0.18 M Ammonium nitrate, 0.09 M Sodium cacodylate 5.3, 20% v/v PEG Smear Low, 10% Ethylene glycol (based on the D1 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was obtained by increasing the ethylene glycol concentration to 20 % in the drop with crystals.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→105.28 Å / Num. obs: 49107 / % possible obs: 62 % / 冗長度: 38.5 % / Biso Wilson estimate: 56.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible all
7.23-105.2833.10.03195.524540.99999.9
2.18-2.4334.42.182.224560.82511.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PZZ

7pzz


解像度: 2.18→63.4 Å / SU ML: 0.2068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 38.803
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 981 2 %
Rwork0.2076 48062 -
obs0.2081 49043 61.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→63.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 4 127 6851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00796873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94779273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0508992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.94682552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.290.5104120.4218599X-RAY DIFFRACTION5.52
2.29-2.440.3792400.36021968X-RAY DIFFRACTION18.07
2.44-2.620.3312810.29313933X-RAY DIFFRACTION36.02
2.62-2.890.32171580.27927752X-RAY DIFFRACTION70.54
2.89-3.310.25192240.260711018X-RAY DIFFRACTION99.76
3.31-4.170.22662280.193211150X-RAY DIFFRACTION99.86
4.17-63.40.20442380.181411642X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61779213750.5719094863590.4179390511192.60444300383-0.829871650131.67150349762-0.0375213735346-0.472930604867-0.2053697058810.2382718807090.198063481049-0.06356285450380.182226409037-0.139937790958-0.1540808791240.348217006980.06515696088540.05723960763170.809176902855-0.0302133656340.32911282586163.235697511-1.73920717492110.456868795
22.765375200720.257792682697-0.9224620773233.28548679290.1329613318554.077590887-0.0961108518314-0.1845414915380.272880742008-0.3648135952420.225401028550.181775103422-0.472223106079-0.0420223565724-0.1054646787380.362659158804-0.123545899448-0.07780666491370.4164720309710.02496379655160.27436930839358.020786137116.791602749385.8364574777
32.277340052530.8449202234950.2709083430943.10526684964-0.00613784577811.26200295491-0.117163719265-0.1773640744560.1513496399040.09503515563290.195486753967-0.00387024523431-0.134294218431-0.00363327247998-0.06171642775010.448400127717-0.0583351437149-0.005945563326170.651414754364-0.1258489674710.31786806302568.609137073821.0548542461101.088695728
41.916489343330.06668227250560.2191759382042.038158729580.2934763737651.38584171387-0.175227093850.383382072578-0.168273781637-0.3832745135510.0623698014005-0.005213154079190.1044801215130.03985958157150.09866927524370.38153309055-0.2745404591550.04408991455220.4459010867170.03612877120770.21327011630366.44358214-1.7587395946628.6397398493
51.373469250660.7365117716350.07490930981673.19165802123-0.4457491930843.00759423372-0.03078158725080.009796915018270.1762863450980.478602134546-0.05898397978580.191350763937-0.375994475550.01211396917990.08401517251070.535774805618-0.25953305575-0.07787279274730.3608137416460.007986143840220.37353765635971.544126847916.797184407153.2800396746
61.55652427064-0.006124903530850.0491630230292.898579003680.1080298314042.43361428492-0.1705920318020.1050767412140.2174694917760.005755035404560.01396908040380.0282993556227-0.353864469245-0.0119852755620.1263022843470.393467931366-0.243808500841-0.07286253098030.2966230038510.04967034280280.24610127995666.273837108117.935385022341.2545322458
72.68370523343-0.438046815844-0.8321129121532.426127735210.7982929544163.43718016437-0.008177598085220.3568383263390.706613998049-0.561020294106-0.1011061885810.423588838913-0.792137233172-0.561513780410.2362365947730.631092899461-0.154036057274-0.2610109125250.5020758094130.1116672051540.49930034997652.20672684926.401555913432.4650033284
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 124 through 220 )AA124 - 2201 - 97
22chain 'A' and (resid 221 through 381 )AA221 - 38198 - 243
33chain 'A' and (resid 382 through 598 )AA382 - 598244 - 429
44chain 'B' and (resid 124 through 220 )BB124 - 2201 - 97
55chain 'B' and (resid 221 through 381 )BB221 - 38198 - 243
66chain 'B' and (resid 382 through 509 )BB382 - 509244 - 358
77chain 'B' and (resid 510 through 598 )BB510 - 598359 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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