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- PDB-7qp8: Crystal structure of Vibrio alkaline phosphatase with bound HEPES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qp8
タイトルCrystal structure of Vibrio alkaline phosphatase with bound HEPES
要素Alkaline phosphatase
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / HEPES
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase activity / dephosphorylation / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, crown domain / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio sp. G15-21 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Markusson, S. / Hjorleifsson, J.G. / Kursula, P. / Asgeirsson, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government141619053
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of Functionally Important Chloride Binding Sites in the Marine Vibrio Alkaline Phosphatase.
著者: Markusson, S. / Hjorleifsson, J.G. / Kursula, P. / Asgeirsson, B.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase
B: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,65823
ポリマ－117,2332
非ポリマー3,42521
水14,970831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, homology, assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.810, 85.050, 85.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.904, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase


分子量: 58616.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio sp. G15-21 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q93P54

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非ポリマー , 7種, 852分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG3350, 0.4 M NaCl and 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 mg/mL protein. Crystal dehydrated in the mother liquior with PEG3350 increased to 30% prior to data collection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.1 Å / Num. obs: 517701 / % possible obs: 79.6 % / 冗長度: 5.88 % / Biso Wilson estimate: 26.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.0092 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 7929 / CC1/2: 0.375 / Rrim(I) all: 1.671 / % possible all: 29.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3958精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E2D

3e2d


解像度: 1.7→44.1 Å / SU ML: 0.1799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 2015 2.29 %
Rwork0.1503 85986 -
obs0.151 88001 79.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7804 0 120 831 8755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00368239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.654111151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04111189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.84623146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.4122510.36222289X-RAY DIFFRACTION29.75
1.74-1.790.2915700.31642900X-RAY DIFFRACTION38.1
1.79-1.840.3014820.28473641X-RAY DIFFRACTION47.4
1.84-1.90.2951050.24384432X-RAY DIFFRACTION57.68
1.9-1.970.24781340.21155278X-RAY DIFFRACTION68.68
1.97-2.050.24851440.18376273X-RAY DIFFRACTION81.69
2.05-2.140.20661600.15977077X-RAY DIFFRACTION91.84
2.14-2.250.19511780.14467645X-RAY DIFFRACTION99.59
2.25-2.40.17121810.13927707X-RAY DIFFRACTION99.95
2.4-2.580.16451800.1437704X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.840.17811820.157708X-RAY DIFFRACTION99.94
2.84-3.250.20841800.15497740X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-4.10.15831810.1317751X-RAY DIFFRACTION99.97
4.1-44.10.15251870.13647841X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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