PDB-7qoe: Structure of a small alarmone hydrolase from Leptospira levettii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qoe

タイトル

Structure of a small alarmone hydrolase from Leptospira levettii

要素

HDc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Alarmone / Stress response / HD domain

機能・相同性

: / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / metal ion binding / : / HD/PDEase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Leptospira levettii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Bisiak, F. / Brodersen, D.E. / Chrenkova, A.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural variations between small alarmone hydrolase dimers support different modes of regulation of the stringent response.
著者: Bisiak, F. / Chrenkova, A. / Zhang, S.D. / Pedersen, J.N. / Otzen, D.E. / Zhang, Y.E. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2021年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qoe.cif.gz	139.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qoe.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qoe_validation.pdf.gz	729.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qoe_full_validation.pdf.gz	741.5 KB	表示
XML形式データ	7qoe_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	7qoe_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qocC 7qodC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HDc domain-containing protein

ヘテロ分子

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HDc domain-containing protein

ヘテロ分子

A: HDc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS Measured mass across the peak: ~43 kDa Predicted monomer mass: 23.3 kDa
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.708, 98.708, 40.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

#1: タンパク質	HDc domain-containing protein 分子量: 23357.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira levettii (バクテリア) 遺伝子: CH368_08595 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: A0A2N0AXP5
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97624 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97624 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→44.144 Å / Num. obs: 118506 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.681 % / B_iso Wilson estimate: 19.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.788 / Net I/σ(I): 12.06 / Num. measured all: 1147266

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.2-1.27	9.584	3.948	0.49	183435	19157	19139	0.41	4.172	99.9
1.27-1.36	9.427	2.087	0.99	169808	18012	18012	0.676	2.208	100
1.36-1.47	9.774	1.056	2.03	164264	16806	16806	0.9	1.115	100
1.47-1.61	9.59	0.432	4.78	148019	15434	15434	0.975	0.457	100
1.61-1.8	10.01	0.238	9.14	139354	13922	13922	0.989	0.251	100
1.8-2.08	9.68	0.109	19.21	119186	12313	12313	0.997	0.115	100
2.08-2.54	9.836	0.064	34.1	102467	10418	10418	0.998	0.067	100
2.54-3.59	9.628	0.049	43.84	77210	8019	8019	0.999	0.051	100
3.59-44.144	9.796	0.045	50.24	43523	4446	4443	0.999	0.047	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.63 Å	44.14 Å
Translation	4.63 Å	44.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
XDS	20190315	データ削減
XDS	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet RelH

解像度: 1.2→44.14 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	5950	5.04 %
R_work	0.1516	112104	-
obs	0.1531	118054	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.99 Å² / B_iso mean: 30.0279 Å² / B_iso min: 15.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→44.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1496	0	1	223	1720
B_iso mean	-	-	17.09	40.97	-
残基数	-	-	-	-	187

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.484	191	0.508	3518	3709	93
1.21-1.23	0.4882	197	0.4679	3639	3836	98
1.23-1.24	0.3978	197	0.419	3720	3917	100
1.24-1.26	0.4529	200	0.4036	3756	3956	100
1.26-1.27	0.3577	199	0.3655	3748	3947	100
1.27-1.29	0.3551	196	0.3271	3731	3927	100
1.29-1.31	0.3524	195	0.3094	3781	3976	100
1.31-1.33	0.2763	199	0.2897	3739	3938	100
1.33-1.35	0.2957	203	0.2672	3750	3953	100
1.35-1.37	0.2916	191	0.2432	3717	3908	100
1.37-1.4	0.2699	199	0.225	3762	3961	100
1.4-1.42	0.2544	197	0.2118	3738	3935	100
1.42-1.45	0.2279	199	0.1912	3753	3952	100
1.45-1.48	0.2074	202	0.1777	3775	3977	100
1.48-1.51	0.189	200	0.1631	3691	3891	100
1.51-1.55	0.1869	195	0.1504	3804	3999	100
1.55-1.59	0.17	202	0.1348	3720	3922	100
1.59-1.63	0.1768	197	0.1191	3729	3926	100
1.63-1.68	0.1764	200	0.117	3785	3985	100
1.68-1.73	0.1563	200	0.1155	3734	3934	100
1.73-1.79	0.1505	203	0.1186	3750	3953	100
1.79-1.86	0.1443	195	0.1102	3742	3937	100
1.86-1.95	0.1631	201	0.1216	3723	3924	100
1.95-2.05	0.1591	202	0.1191	3784	3986	100
2.05-2.18	0.1399	197	0.1128	3732	3929	100
2.18-2.35	0.1345	195	0.1146	3782	3977	100
2.35-2.58	0.1703	198	0.1309	3724	3922	100
2.58-2.96	0.1709	201	0.1405	3776	3977	100
2.96-3.73	0.1687	203	0.1446	3738	3941	100
3.73-44.14	0.191	196	0.1637	3763	3959	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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