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- PDB-7qoc: Se-Met derivative structure of a small alarmone hydrolase (RelH) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qoc
タイトルSe-Met derivative structure of a small alarmone hydrolase (RelH) from Corynebacterium glutamicum
要素Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases
キーワードHYDROLASE / Alarmone / Stress response / HD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HD domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bisiak, F. / Brodersen, D.E. / Chrenkova, A.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural variations between small alarmone hydrolase dimers support different modes of regulation of the stringent response.
著者: Bisiak, F. / Chrenkova, A. / Zhang, S.D. / Pedersen, J.N. / Otzen, D.E. / Zhang, Y.E. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases
B: Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3794
ポリマ－45,3302
非ポリマー492
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS Measured mass across peak: ~44 kDa Predicted monomer mass from sequence: 22.4 kDa, SAXS, Estimated mass in solution corresponds to homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.010, 96.010, 80.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases


分子量: 22665.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: Cgl1313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21
参照: UniProt: Q8NQV9, guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.004 Å / Num. obs: 36896 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.943 % / Biso Wilson estimate: 76.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 219291
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.445.9351.5820.8535332595959530.4891.73599.9
2.44-2.615.9040.8331.7333242563056300.7390.915100
2.61-2.815.9730.4533.3730928518151780.9040.49799.9
2.81-3.085.9770.2286.8728851482748270.9770.25100
3.08-3.445.9180.10714.2725526431643130.9940.11899.9
3.44-3.975.8450.05726.2922363382738260.9980.062100
3.97-4.866.0030.03441.4819505325032490.9990.037100
4.86-6.845.9720.03344.2215079252525250.9990.036100
6.84-48.0046.0680.02659.558465140113950.9990.02899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS20190315データ削減
XDS20190315データスケーリング
CRANK22.0.191位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.202
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 943 -RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.1928 18848 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 90.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0209 Å20 Å20 Å2
2---5.0209 Å20 Å2
3---10.0418 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 2 15 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934346HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1138SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes547HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3203HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2532SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.78
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 20 -
Rwork0.2247 --
obs0.2246 402 100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94292.5680.27554.52650.25921.6318-0.13090.16090.08910.1609-0.12980.38690.08910.38690.26070.0570.00350.0079-0.09570.0268-0.104653.22827.32135.1694
22.2393-1.63270.32074.3182-0.43354.6798-0.1898-0.08410.0039-0.0841-0.005-0.1030.0039-0.1030.19480.0192-0.02020.0255-0.1553-0.024-0.09547.76825.3171.2291
34.9637-0.29393.03853.43743.14871.5887-0.06370.27710.07720.2771-0.224-0.04970.0772-0.04970.28780.14590.00860.0548-0.1556-0.0363-0.103639.900814.12652.6746
42.0053-1.0546-0.71884.21960.09091.47520.0539-0.08420.0277-0.0842-0.1974-0.08440.0277-0.08440.14350.0816-0.0292-0.0144-0.156-0.0697-0.035937.66331.1982-7.619
514.3468-6.2217-0.044813.6083-2.018314.35780.15080.33451.08030.3345-0.1-0.04181.0803-0.0418-0.05080.0686-0.23630.0026-0.31850.04760.385938.9548-15.0859-5.6616
61.0685-0.42521.66675.2184-0.46222.810.1834-0.53960.1633-0.5396-0.18290.07680.16330.0768-0.00050.12970.0268-0.0514-0.1204-0.1213-0.140641.379-0.3429-16.7214
76.81425.06527.990913.1916-0.730800.2280.36470.3930.3647-0.1922-0.12310.393-0.1231-0.03590.49450.22-0.2383-0.2625-0.09040.131540.2724-20.9547-17.7088
82.0009-0.83811.20022.6403-0.247112.6861-0.0221-0.04520.1474-0.04520.08690.28690.14740.2869-0.06490.04640.04690.1012-0.17730.0206-0.053658.3014-4.9150.7513
92.349-0.874-2.29313.3380.55843.056-0.06330.1522-0.13140.15220.0020.4216-0.13140.42160.0613-0.03950.00560.0825-0.0540.0577-0.052763.39221.38430.7834
1010.451-1.6532-1.73946.60940.09283.6679-0.46440.24031.05210.24030.03591.30071.05211.30070.4285-0.06290.31560.135-0.20460.11750.118868.5552-11.30333.4409
112.22423.37795.72838.21691.496118.3075-0.05151.28081.89491.2808-0.6274-0.05981.8949-0.05980.6789-0.00160.333-0.11140.29840.28590.200381.5132-0.908210.3282
123.5456-2.2196-4.71745.5634.03933.5717-0.18480.543-0.09270.543-0.00550.8174-0.09270.81740.1903-0.0753-0.0091-0.0511-0.01010.1175-0.046168.717710.54768.058
138.0199-0.891-3.97666.53465.74819.0964-0.42370.51070.30290.51070.11851.76310.30291.76310.3052-0.2392-0.0258-0.1717-0.0060.23180.009577.110111.31238.8386
1410.68918.26772.919421.24046.247511.4255-0.37730.5481-0.91370.54810.11680.6599-0.91370.65990.2606-0.1869-0.0371-0.13410.03510.11720.002273.383618.83095.3697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - 24 }A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|25 - 71 }A25 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|72 - 92 }A72 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|93 - 134 }A93 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|135 - 152 }A135 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|153 - 184 }A153 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|185 - 193 }A185 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|1 - 24 }B1 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|25 - 57 }B25 - 57
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|58 - 87 }B58 - 87
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|88 - 112 }B88 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|113 - 140 }B113 - 140
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|141 - 171 }B141 - 171
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|172 - 187 }B172 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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