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- PDB-7qm2: Crystal structure of the PP1/PTG/beta-cyclodextrin ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qm2
タイトルCrystal structure of the PP1/PTG/beta-cyclodextrin ternary complex
要素
  • Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
キーワードHYDROLASE / phosphatase / carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen binding / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / glycogen biosynthetic process ...glycogen binding / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / glycogen biosynthetic process / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / dephosphorylation / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / ribonucleoprotein complex binding / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / lung development / response to lead ion / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / protein phosphatase binding / perikaryon / molecular adaptor activity / dendritic spine / iron ion binding / cell division / glutamatergic synapse / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3B/C/D, metazoa / : / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / : / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain ...Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3B/C/D, metazoa / : / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / : / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.685 Å
データ登録者Semrau, M.S. / Storici, P. / Lolli, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号
Other governmentUniversity of Trento - Starting Grant 2020 イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2022
タイトル: Molecular architecture of the glycogen- committed PP1/PTG holoenzyme.
著者: Semrau, M.S. / Giachin, G. / Covaceuszach, S. / Cassetta, A. / Demitri, N. / Storici, P. / Lolli, G.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7106
ポリマ-114,4044
非ポリマー2,3062
34219
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3553
ポリマ-57,2022
非ポリマー1,1531
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C

ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3553
ポリマ-57,2022
非ポリマー1,1531
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)153.600, 153.600, 285.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12(chain B and (resid 83 through 206 or resid 211 through 259))
22(chain D and resid 83 through 259)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUALAALAchain AAA7 - 2996 - 298
211LEULEUALAALAchain CCC7 - 2996 - 298
112LYSLYSASNASN(chain B and (resid 83 through 206 or resid 211 through 259))BB83 - 20619 - 142
122THRTHRVALVAL(chain B and (resid 83 through 206 or resid 211 through 259))BB211 - 259147 - 195
212LYSLYSVALVAL(chain D and resid 83 through 259)DD83 - 25919 - 195

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 断片: phosphatase domain (residues 7-300) / 変異: First residues GHMGS derive from the expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 5 / PP1 subunit R5 / Protein targeting to glycogen / PTG


分子量: 23039.740 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 70-264) / 変異: First residues GPLGS derive from the expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R3C, PPP1R5
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQK1
#3: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.685→120.585 Å / Num. obs: 36706 / % possible obs: 66.3 % / 冗長度: 32 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.363 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.685→2.883 Å / 冗長度: 33.9 % / Num. unique obs: 1837 / CC1/2: 0.422 / % possible all: 18.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QF7, 7QFB
解像度: 2.685→52.294 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 1835 5 %
Rwork0.177 34869 -
obs0.1789 36704 65.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.67 Å2 / Biso mean: 62.5772 Å2 / Biso min: 27.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.685→52.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7240 0 154 19 7413
Biso mean--76.56 50.57 -
残基数----895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22910259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1814403
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A2717X-RAY DIFFRACTION13.024TORSIONAL
12C2717X-RAY DIFFRACTION13.024TORSIONAL
21B1479X-RAY DIFFRACTION13.024TORSIONAL
22D1479X-RAY DIFFRACTION13.024TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6855-2.75810.3515170.31182937
2.7581-2.83920.4493530.314991423
2.8392-2.93080.3435650.2918117930
2.9308-3.03560.2705750.2931156139
3.0356-3.15710.33421020.2581183146
3.1571-3.30080.28821130.2427219554
3.3008-3.47480.2761430.2186279368
3.4748-3.69240.26761670.1936331481
3.6924-3.97740.19882020.1785388595
3.9774-4.37750.19492250.14534125100
4.3775-5.01050.15242080.12734150100
5.0105-6.3110.20422140.16694202100
6.311-52.2940.20232510.1854427100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.09080.47210.76171.45550.60522.85510.2079-0.18540.09270.04770.4624-0.56360.02130.70370.54870.07610.12890.0420.8630.00620.558925.1573-65.6347-0.6444
25.0806-5.65590.87877.7329-2.15051.8177-0.2164-0.8910.08650.57460.4669-0.5804-0.05060.2078-0.21050.09440.028-0.07920.8062-0.02260.417616.8971-56.62527.5101
33.3805-0.58550.03076.65871.47542.48110.10880.9264-0.0199-0.44540.1229-0.26190.04120.0141-0.22860.16060.07540.0480.80640.10140.367213.812-56.101-10.532
42.80290.49070.23382.1536-0.73772.09330.18990.152-0.10170.0178-0.0130.0071-0.0425-0.0207-0.17880.13150.05610.0240.60420.00960.31139.5438-58.0315-0.3463
55.49771.93912.06763.65830.73633.4352-0.05310.1070.4167-0.0857-0.20880.2849-0.5259-0.49240.27330.19660.09790.05710.70660.08560.3656-4.0735-46.1061-3.6238
65.4392.8786-0.95953.9266-2.04843.56060.3060.86940.1179-0.2722-0.3360.4313-0.3465-0.4251-0.0970.28190.18380.02730.88270.12690.3323-8.6944-44.7119-12.0706
72.4031-0.5615-0.44744.1836-0.86573.11280.10410.9662-0.0209-0.61120.1191-0.04720.10120.1552-0.14830.31670.08980.08891.15450.06630.21155.3469-53.3425-19.9076
81.44561.4503-0.14596.81450.09095.7030.19760.76590.7944-2.02290.2825-0.9952-0.54680.0651-0.59760.75060.07690.26061.27820.39560.674910.8338-42.4716-27.7241
91.12570.7760.84511.16330.39770.6845-0.01130.9704-1.0327-0.4469-0.185-0.57170.32130.56210.05180.46460.25840.23051.3408-0.13360.835518.9344-64.9046-22.4176
105.5497-4.3816-1.12464.09712.4253.92280.5323-0.51511.0595-0.399-0.4859-0.8273-0.5989-0.2551-0.3720.26480.01080.15751.0931-0.18630.652633.3703-51.3147-8.7058
111.09112.1424-2.28854.3219-4.73315.24280.4585-0.0977-0.14081.0023-0.5511-0.3266-0.97180.66270.07270.6367-0.139-0.11820.6188-0.03040.549914.6094-47.06779.2765
124.9193.3676-0.56436.49222.2877.10230.091-0.4111-0.6171-0.5234-0.53170.1555-0.3424-0.67120.28250.3626-0.1374-0.22380.71750.01560.61749.3268-57.730725.7948
137.33781.7154-1.19884.0846-1.03315.4696-0.1266-0.50040.6062-0.0314-0.05780.2664-0.99650.05240.16210.5695-0.1508-0.12430.5716-0.06570.38216.3498-46.630931.247
147.03633.86653.01472.1341.66221.3129-0.9814-0.44410.307-0.46510.10991.19850.7106-0.89320.53270.7376-0.2314-0.00121.2299-0.09010.8628-0.0856-50.966234.765
155.0637-0.1107-0.00295.0820.89266.57810.2779-0.41570.1962-0.2146-0.2621-0.0687-0.84110.4050.05050.4849-0.2481-0.18540.58760.02440.445717.6157-47.52828.854
163.8973-4.89763.05419.7082-6.7114.7119-0.29311.5985-0.5061-1.0678-0.1565-0.7004-0.25720.60690.42040.6827-0.2811-0.08860.8016-0.00680.513820.8789-51.289419.622
173.81230.55830.80262.70630.45811.82420.1375-0.2913-0.5731-0.1078-0.2140.2640.1378-0.35370.0370.0181-0.0845-0.06290.87370.04110.4248-29.857-67.793910.1557
182.56-0.03141.251.2171-0.59731.227-0.0213-0.19660.12650.0222-0.16590.0393-0.1713-0.15740.13050.0357-0.05-0.17340.85110.06890.3452-22.8121-63.62698.4286
195.4364-1.2940.20014.0956-0.22532.5208-0.0227-0.5633-0.11450.56420.0785-0.6718-0.0190.0031-0.00410.2709-0.1211-0.14820.73490.09860.4554-7.4773-65.292722.2088
203.73490.49960.35133.52371.19855.91920.2168-0.2668-0.65970.2749-0.3352-0.08030.3275-0.37370.11870.3497-0.1471-0.11410.73860.25180.6318-18.7562-80.177819.7929
212.0262-0.99720.56052.044-0.27161.21540.2991-0.555-0.23970.4142-0.29440.14870.0465-0.4381-0.01290.3778-0.1359-0.0011.0235-0.04430.4376-32.2691-69.546419.2225
227.7171-1.6013-0.85146.76692.04395.50170.2517-0.6890.89240.2282-0.0022-0.5041-0.66450.2374-0.26060.56540.13860.00190.7658-0.09470.5239-23.981-33.58237.0468
236.26041.996-1.91647.0998-2.49146.55880.1932-0.23190.85090.3290.07720.9154-0.6006-0.8537-0.32410.66750.2870.10050.8419-0.03880.5382-34.1634-36.45867.6767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 31 )A7 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 48 )A32 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 99 )A49 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 172 )A100 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 173 through 215 )A173 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 239 )A216 - 239
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 240 through 299 )A240 - 299
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 83 through 96 )B83 - 96
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 97 through 112 )B97 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 113 through 122 )B113 - 122
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 123 through 144 )B123 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 145 through 165 )B145 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 166 through 200 )B166 - 200
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 201 through 212 )B201 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 213 through 247 )B213 - 247
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 248 through 259 )B248 - 259
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 7 through 99 )C7 - 99
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 100 through 172 )C100 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 173 through 239 )C173 - 239
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 240 through 299 )C240 - 299
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 83 through 144 )D83 - 144
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 145 through 221 )D145 - 221
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 222 through 260 )D222 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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