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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qm2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PP1/PTG/beta-cyclodextrin ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / phosphatase / carbohydrate binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycogen binding / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / glycogen biosynthetic process ...glycogen binding / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / glycogen biosynthetic process / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / dephosphorylation / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / ribonucleoprotein complex binding / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / lung development / response to lead ion / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / protein phosphatase binding / perikaryon / molecular adaptor activity / dendritic spine / iron ion binding / cell division / glutamatergic synapse / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.685 Å | ||||||
データ登録者 | Semrau, M.S. / Storici, P. / Lolli, G. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular architecture of the glycogen- committed PP1/PTG holoenzyme. 著者: Semrau, M.S. / Giachin, G. / Covaceuszach, S. / Cassetta, A. / Demitri, N. / Storici, P. / Lolli, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qm2.cif.gz | 384.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qm2.ent.gz | 316.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qm2_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qm2_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qm2_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qm2_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/7qm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/7qm2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qf7SC 7qfaC 7qfbSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 断片: phosphatase domain (residues 7-300) / 変異: First residues GHMGS derive from the expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase #2: タンパク質 | 分子量: 23039.740 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 70-264) / 変異: First residues GPLGS derive from the expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R3C, PPP1R5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQK1 #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1 M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.685→120.585 Å / Num. obs: 36706 / % possible obs: 66.3 % / 冗長度: 32 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.363 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.685→2.883 Å / 冗長度: 33.9 % / Num. unique obs: 1837 / CC1/2: 0.422 / % possible all: 18.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QF7, 7QFB 解像度: 2.685→52.294 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 152.67 Å2 / Biso mean: 62.5772 Å2 / Biso min: 27.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.685→52.294 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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