PDB-7qll: rsKiiro Thermal annealing at 290K of 200K Cis intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qll

タイトル

rsKiiro Thermal annealing at 290K of 200K Cis intermediate

要素

rsKiiro

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / rsKiiro

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

機能・相同性情報

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.324 Å

データ登録者

van Thor, J.J. / Baxter, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Optical control of ultrafast structural dynamics in a fluorescent protein.
著者: Hutchison, C.D.M. / Baxter, J.M. / Fitzpatrick, A. / Dorlhiac, G. / Fadini, A. / Perrett, S. / Maghlaoui, K. / Lefevre, S.B. / Cordon-Preciado, V. / Ferreira, J.L. / Chukhutsina, V.U. / ...

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity_name_com Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qll.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qll.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qll_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qll_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	7qll_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7qll_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qliC 7qljC 7qlkC 7qlmC 7qlnC 7qloC 5oq9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: rsKiiro

ヘテロ分子

25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.671, 73.803, 78.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	rsKiiro / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP / rsKiiro 分子量: 25152.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.4 詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1 M TRIS-CL PH 8.5 23-30% PEG 3350,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.72932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.324→53.703 Å / Num. obs: 44562 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 15.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.336→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2224 / CC_1/2: 0.455

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OQ9

5oq9

解像度: 1.324→53.703 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 1.011 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9265 / Average fsc work: 0.9333 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	2261	5.074 %
R_work	0.1695	42301	-
all	0.171	-	-
obs	-	44562	84.302 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.086 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.081 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.324→53.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	11	177	1950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.684	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.507	1.605	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.532	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.556	22.991	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.645	15	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.845	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.419	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.643	1.494	946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.62	1.482	944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.535	2.213	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.524	2.214	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.753	1.786	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.753	1.786	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.19	2.552	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.185	2.553	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.617	17.488	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.617	17.508	2114

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.324-1.358	0.274	22	0.324	569	X-RAY DIFFRACTION	15.3946
1.358-1.396	0.289	67	0.312	1464	X-RAY DIFFRACTION	40.7398
1.396-1.436	0.314	121	0.294	2106	X-RAY DIFFRACTION	60.9469
1.436-1.48	0.332	143	0.277	2559	X-RAY DIFFRACTION	75.7924
1.48-1.529	0.237	162	0.239	2848	X-RAY DIFFRACTION	87.4238
1.529-1.582	0.217	138	0.208	3108	X-RAY DIFFRACTION	97.6534
1.582-1.642	0.215	142	0.181	3076	X-RAY DIFFRACTION	99.321
1.642-1.709	0.207	147	0.159	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.785	0.191	160	0.154	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.785-1.872	0.187	142	0.157	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.872-1.973	0.196	160	0.154	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.093	0.188	145	0.148	2445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.093-2.237	0.178	143	0.141	2317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.237-2.416	0.174	116	0.149	2154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.416-2.647	0.165	109	0.148	1994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.647-2.959	0.172	98	0.145	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.959-3.416	0.168	82	0.153	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.416-4.181	0.187	72	0.156	1390	X-RAY DIFFRACTION	100
4.181-5.905	0.19	53	0.19	1105	X-RAY DIFFRACTION	100
5.905-53.703	0.351	39	0.253	652	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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