PDB-7qlk: Cis structure intermediate of rsKiiro Illuminated at 200 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qlk

タイトル

Cis structure intermediate of rsKiiro Illuminated at 200 K

要素

rsKiiro

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / rsKiiro

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

機能・相同性情報

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.458 Å

データ登録者

van Thor, J.J. / Baxter, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Optical control of ultrafast structural dynamics in a fluorescent protein.
著者: Hutchison, C.D.M. / Baxter, J.M. / Fitzpatrick, A. / Dorlhiac, G. / Fadini, A. / Perrett, S. / Maghlaoui, K. / Lefevre, S.B. / Cordon-Preciado, V. / Ferreira, J.L. / Chukhutsina, V.U. / ...

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity_name_com Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qlk.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qlk.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qliC 7qljC 7qllC 7qlmC 7qlnC 7qloC 5oozS 5oqaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: rsKiiro

ヘテロ分子

25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.648, 73.746, 78.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	rsKiiro / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP / rsKiiro 分子量: 25152.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 8.4 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-Cl, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.458→53.691 Å / Num. obs: 34516 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.459→1.546 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1725 / CC_1/2: 0.643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OOZ, 5OQA

5ooz

5oqa

解像度: 1.458→53.691 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 1.514 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9274 / Average fsc work: 0.9356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	1672	4.844 %
R_work	0.1717	32844	-
all	0.173	-	-
obs	-	34516	86.735 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.663 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.012 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.458→53.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	11	197	1955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.683	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	1.605	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.458	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.092	22.925	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.252	15	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.773	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.262	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.374	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	1.671	930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.689	1.667	929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.418	2.494	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.42	2.499	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.711	1.982	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.682	1.971	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.148	2.837	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.139	2.82	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.967	20.576	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.76	19.855	2086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.458-1.496	0.494	8	0.251	236	X-RAY DIFFRACTION	8.3935
1.496-1.536	0.35	49	0.264	1042	X-RAY DIFFRACTION	38.5104
1.536-1.581	0.277	87	0.254	1919	X-RAY DIFFRACTION	73.4799
1.581-1.63	0.246	131	0.237	2416	X-RAY DIFFRACTION	94.8603
1.63-1.683	0.263	108	0.225	2474	X-RAY DIFFRACTION	99.9226
1.683-1.742	0.253	123	0.214	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.742-1.808	0.218	133	0.193	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.808-1.882	0.229	109	0.179	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.965	0.189	98	0.162	2156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.965-2.061	0.183	111	0.152	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.172	0.186	94	0.146	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.304	0.191	111	0.148	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.304-2.463	0.172	113	0.154	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.66	0.17	86	0.149	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.914	0.171	79	0.144	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.257	0.194	69	0.15	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
3.257-3.76	0.18	52	0.154	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.602	0.158	60	0.157	1049	X-RAY DIFFRACTION	100
4.602-6.497	0.281	39	0.207	835	X-RAY DIFFRACTION	100
6.497-53.691	0.241	12	0.256	511	X-RAY DIFFRACTION	99.8092

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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