PDB-7qjk: Crystal structure of PDE6D in complex with Compound-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjk

タイトル

Crystal structure of PDE6D in complex with Compound-2

要素

Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / RAS processing / small GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Yelland, T. / Ismail, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...

履歴

登録	2021年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7qjk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qjk_validation.pdf.gz	484 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qjk_full_validation.pdf.gz	496 KB	表示
XML形式データ	7qjk_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	7qjk_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q9qC 7q9rC 7q9sC 7q9uC 7qf9C 5tb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t5i-3 7qjk-4 2wp7-d 3t5i-1 7qjk-2 7q9s-2 7qjk-3 2je1-3 7q9u-4 6v4b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

CCC: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

DDD: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

71.1 kDa, 4 ポリマー
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1

BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, and ligand observed NMR
17.9 kDa, 1 ポリマー
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2

AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
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3

CCC: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
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4

DDD: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.548, 76.548, 238.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains BBB AAA
2	1	Chains BBB CCC
3	1	Chains BBB DDD
4	1	Chains AAA CCC
5	1	Chains AAA DDD
6	1	Chains CCC DDD

#1: タンパク質	Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17 分子量: 17512.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-9VO / N-(phenylmethyl)pyridin-2-amine / N-ベンジルピリジン-2-アミン分子量: 184.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 M AmSO4 and 0.1 M ammonium acetate pH 4.9 at 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→76.55 Å / Num. obs: 12108 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 2194 / CC_1/2: 0.343

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5

解像度: 3.1→64.463 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.242 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 75.858 / SU ML: 0.56 / Average fsc free: 0.8077 / Average fsc work: 0.8319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.601 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	625	5.167 %
R_work	0.2464	11470	-
all	0.248	-	-
obs	-	12095	88.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.979 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.979 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.958 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→64.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4674	0	79	26	4779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.091	1.659	6562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	1.597	10439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.988	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.758	22.654	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.209	15	865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.759	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	614
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.517	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.306	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.159	5.904	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.153	5.904	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.668	8.852	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.667	8.852	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.284	6.165	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.282	6.161	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.244	9.096	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.242	9.09	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.666	65.166	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.665	65.161	5059
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.178	0.05	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.181	0.05	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.209	0.05	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.182	0.05	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.212	0.05	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.213	0.05	3537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.181	0.438	54	0.371	856	X-RAY DIFFRACTION	91.4573
3.181-3.268	0.371	44	0.359	799	X-RAY DIFFRACTION	90.9385
3.268-3.362	0.395	35	0.324	815	X-RAY DIFFRACTION	90.715
3.362-3.465	0.281	46	0.31	761	X-RAY DIFFRACTION	89.9666
3.465-3.579	0.303	37	0.285	751	X-RAY DIFFRACTION	89.5455
3.579-3.704	0.297	41	0.275	705	X-RAY DIFFRACTION	89.5558
3.704-3.844	0.316	45	0.244	707	X-RAY DIFFRACTION	88.7839
3.844-4	0.288	39	0.253	673	X-RAY DIFFRACTION	90.4701
4-4.177	0.254	33	0.225	643	X-RAY DIFFRACTION	88.7139
4.177-4.38	0.204	28	0.194	622	X-RAY DIFFRACTION	88.6767
4.38-4.616	0.31	32	0.175	583	X-RAY DIFFRACTION	89.2598
4.616-4.895	0.291	37	0.174	564	X-RAY DIFFRACTION	88.6431
4.895-5.232	0.207	27	0.196	524	X-RAY DIFFRACTION	87.3217
5.232-5.648	0.247	23	0.225	499	X-RAY DIFFRACTION	88.4746
5.648-6.184	0.348	21	0.269	458	X-RAY DIFFRACTION	86.9328
6.184-6.907	0.317	24	0.274	412	X-RAY DIFFRACTION	85.6581
6.907-7.964	0.271	24	0.254	355	X-RAY DIFFRACTION	85.3604
7.964-9.725	0.251	14	0.219	327	X-RAY DIFFRACTION	85.25
9.725-13.632	0.172	11	0.211	259	X-RAY DIFFRACTION	84.6395
13.632-64.46	0.228	10	0.316	157	X-RAY DIFFRACTION	81.068

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8833	-0.2182	0.02	0.1686	0.3968	1.5265	0.0995	-0.0531	0.013	-0.0477	-0.0298	-0.0111	0.0056	-0.0081	-0.0697	0.1583	-0.0164	-0.0179	0.1666	0.012	0.3855	25.4388	-30.3751	3.3325
2	0.6472	-0.0532	0.6442	0.632	0.4537	1.2563	0.2298	0.0896	0.1242	-0.0025	-0.1854	0.0844	0.1438	0.0596	-0.0444	0.1673	-0.0457	0.1083	0.1283	-0.0729	0.5001	21.6677	-2.7442	-2.5165
3	0.9912	0.9591	0.4384	1.3492	1.0705	1.2025	0.0225	-0.0321	0.2946	0.1344	-0.0459	0.2014	0.2034	-0.0101	0.0234	0.1116	-0.0618	0.0594	0.189	-0.0546	0.4229	1.8318	-16.2178	10.5483
4	1.1222	-0.2298	0.3343	0.2421	-0.3796	0.6351	-0.0781	-0.0572	0.0212	0.0135	-0.0676	-0.0204	-0.0408	0.1282	0.1457	0.0643	-0.1095	-0.0087	0.3044	-0.0689	0.3872	-9.3316	-34.9871	23.4969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	BBB	0 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	0 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	1 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	4 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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