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万見
- PDB-7qig: Infectious mouse-adapted RML scrapie prion fibril purified from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qig
タイトルInfectious mouse-adapted RML scrapie prion fibril purified from terminally-infected mouse brains
要素Major prion protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Prion / Amyloid / PrP / Prion protein / mouse RML scrapie strain / ex vivo prion
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of glutamate receptor signaling pathway / lamin binding / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / type 5 metabotropic glutamate receptor binding ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of glutamate receptor signaling pathway / lamin binding / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / cupric ion binding / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of potassium ion transmembrane transport / nucleobase-containing compound metabolic process / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of amyloid-beta formation / cuprous ion binding / response to amyloid-beta / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of long-term synaptic potentiation / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of protein targeting to membrane / response to cadmium ion / side of membrane / inclusion body / neuron projection maintenance / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to copper ion / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / protein homooligomerization / cellular response to xenobiotic stimulus / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor activity / regulation of protein localization / protein-folding chaperone binding / amyloid-beta binding / response to oxidative stress / protease binding / nuclear membrane / microtubule binding / molecular adaptor activity / transmembrane transporter binding / learning or memory / postsynaptic density / intracellular signal transduction / membrane raft / copper ion binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Manka, S.W. / Zhang, W. / Wenborn, A. / Betts, J. / Joiner, S. / Saibil, H.R. / Collinge, J. / Wadsworth, J.D.F.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U12316055 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00024/5 英国
Wellcome Trust079605/Z/06/Z 英国
Wellcome Trust101488/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of ex vivo RML prion fibrils.
著者: Szymon W Manka / Wenjuan Zhang / Adam Wenborn / Jemma Betts / Susan Joiner / Helen R Saibil / John Collinge / Jonathan D F Wadsworth /
要旨: Mammalian prions propagate as distinct strains and are composed of multichain assemblies of misfolded host-encoded prion protein (PrP). Here, we present a near-atomic resolution cryo-EM structure of ...Mammalian prions propagate as distinct strains and are composed of multichain assemblies of misfolded host-encoded prion protein (PrP). Here, we present a near-atomic resolution cryo-EM structure of PrP fibrils present in highly infectious prion rod preparations isolated from the brains of RML prion-infected mice. We found that prion rods comprise single-protofilament helical amyloid fibrils that coexist with twisted pairs of the same protofilaments. Each rung of the protofilament is formed by a single PrP monomer with the ordered core comprising PrP residues 94-225, which folds to create two asymmetric lobes with the N-linked glycans and the glycosylphosphatidylinositol anchor projecting from the C-terminal lobe. The overall architecture is comparable to that of recently reported PrP fibrils isolated from the brain of hamsters infected with the 263K prion strain. However, there are marked conformational variations that could result from differences in PrP sequence and/or represent distinguishing features of the distinct prion strains.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein
B: Major prion protein
C: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8703
ポリマ－45,8703
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Major prion protein / PrP / PrP27-30 / PrP33-35C


分子量: 15290.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: brain / 参照: UniProt: P04925
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Amyloid fibril of mouse PrP from RML--infected mouse brain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD-1 / 器官: Brain
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -0.64 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.82 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119390 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053294
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6694461
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.857444
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051456
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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