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万見
- PDB-7qi2: Magic-angle spinning NMR structure of the human voltage-dependent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qi2
タイトルMagic-angle spinning NMR structure of the human voltage-dependent anion channel 1 (E73V/C127A/C232S) in DMPC lipid bilayers
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / solid-state NMR spectroscopy / magic-angle spinning / gating / voltage-dependent anion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / voltage-gated monoatomic anion channel activity / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / ceramide binding / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial permeability transition pore complex / Pyruvate metabolism / Mitochondrial protein import ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / voltage-gated monoatomic anion channel activity / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / ceramide binding / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial permeability transition pore complex / Pyruvate metabolism / Mitochondrial protein import / phosphatidylcholine binding / oxysterol binding / monoatomic anion transport / pyruvate metabolic process / porin activity / cholesterol binding / pore complex / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / epithelial cell differentiation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / learning / mitochondrial membrane / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / Ub-specific processing proteases / membrane raft / apoptotic process / synapse / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / na
データ登録者Najbauer, E.E. / Andreas, L.B.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 803 project A04 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)Emmy Noether Program grant AN1316/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Structure and Gating Behavior of the Human Integral Membrane Protein VDAC1 in a Lipid Bilayer.
著者: Najbauer, E.E. / Tekwani Movellan, K. / Giller, K. / Benz, R. / Becker, S. / Griesinger, C. / Andreas, L.B.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8011
ポリマ－31,8011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 2400target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / VDAC-1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 31800.553 Da / 分子数: 1 / 変異: E73V/C127A/C232S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDAC1, VDAC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21796

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic1hCANH
121anisotropic1hcoCAcoNH
131anisotropic1hCONH
141anisotropic1hCOcaNH
151anisotropic2hcaCBcaNH
1101anisotropic2hcaCBcacoNH
191anisotropic1hNcacoNH
181anisotropic1hNcocaNH
171anisotropic1hCOCANH
161anisotropic1hcoCACONH
1131anisotropic1hCOCAnH
1121anisotropic1HNhhNH
1112anisotropic1hNCAH
1142anisotropic1hNcoCAH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid166 % w/w [U-13C; U-15N; U-2H] u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2ODMPC 2D crystals. The sample was 100% back-exchanged in H2Ou[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S)100% H2O
solid266 % w/w [U-13C; U-15N]-alpha PET u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2ODMPC 2D crystals. The sample was prepared with alpha-PET labeling, and the amide protons were100% back-exchanged in H2O.alpha-PET-hVDAC1(E73V/C127A/C232S)100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
66 % w/wu[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S)[U-13C; U-15N; U-2H]1
33 % w/wDMPCnatural abundance1
10 mMMESnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMMgCl2natural abundance1
66 % w/wu[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S)[U-13C; U-15N]-alpha PET2
33 % w/wDMPCnatural abundance2
10 mMMESnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMMgCl2natural abundance2
試料状態イオン強度: 0.21 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD80011.3 mm probe, 55 kHz MAS
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD95020.7 mm probe, 90.909 kHz MAS

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TopSpin3.5pl7Bruker Biospincollection
TopSpin3.5pl7Bruker Biospin解析
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 2400 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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