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- PDB-1gsb: NEW CRYSTAL FORMS OF A MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FROM RA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gsb
タイトルNEW CRYSTAL FORMS OF A MU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FROM RAT LIVER
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE(GLUTATHIONE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / nickel cation binding ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / nickel cation binding / glutathione transferase activity / response to amino acid / response to axon injury / xenobiotic catabolic process / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / sensory perception of smell / cellular response to xenobiotic stimulus / response to ethanol / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase Mu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fu, J.-H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: New crystal forms of a mu-class glutathione S-transferase from rat liver.
著者: Fu, J.H. / Rose, J. / Tam, M.F. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Crystals of Isoenzyme 3-3 of Rat Liver Glutathione S-Transferase with and without Inhibitor
著者: Fu, J.-H. / Rose, J. / Chung, Y.-J. / Tam, M.F. / Wang, B.-C.
履歴
登録1993年9月8日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2754
ポリマ－103,2754
非ポリマー00
水00
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6382
ポリマ－51,6382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6382
ポリマ－51,6382
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.554, 69.495, 81.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25818.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P04905, glutathione transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 0 0 868
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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