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- PDB-7qhn: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qhn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE and an inhibitor
要素Lysine--tRNA ligase 1
キーワードLIGASE / Mycobacterium tuberculosis / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6I / LYSINE / Lysine--tRNA ligase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Dawson, A. / Robinson, D.A. / Tamjar, J. / Wyatt, P. / Green, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1066891 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Lysyl-tRNA synthetase, a target for urgently needed M. tuberculosis drugs.
著者: Green, S.R. / Davis, S.H. / Damerow, S. / Engelhart, C.A. / Mathieson, M. / Baragana, B. / Robinson, D.A. / Tamjar, J. / Dawson, A. / Tamaki, F.K. / Buchanan, K.I. / Post, J. / Dowers, K. / ...著者: Green, S.R. / Davis, S.H. / Damerow, S. / Engelhart, C.A. / Mathieson, M. / Baragana, B. / Robinson, D.A. / Tamjar, J. / Dawson, A. / Tamaki, F.K. / Buchanan, K.I. / Post, J. / Dowers, K. / Shepherd, S.M. / Jansen, C. / Zuccotto, F. / Gilbert, I.H. / Epemolu, O. / Riley, J. / Stojanovski, L. / Osuna-Cabello, M. / Perez-Herran, E. / Rebollo, M.J. / Guijarro Lopez, L. / Casado Castro, P. / Camino, I. / Kim, H.C. / Bean, J.M. / Nahiyaan, N. / Rhee, K.Y. / Wang, Q. / Tan, V.Y. / Boshoff, H.I.M. / Converse, P.J. / Li, S.Y. / Chang, Y.S. / Fotouhi, N. / Upton, A.M. / Nuermberger, E.L. / Schnappinger, D. / Read, K.D. / Encinas, L. / Bates, R.H. / Wyatt, P.G. / Cleghorn, L.A.T.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5263
ポリマ－58,1301
非ポリマー3962
水1,29772
1
A: Lysine--tRNA ligase 1
ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0526
ポリマ－116,2592
非ポリマー7934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area8410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area36880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.891, 82.891, 146.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-772-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1


分子量: 58129.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-C6I / 6-azanyl-2-cyclohexyl-4-fluoranyl-1~{H}-pyrrolo[3,4-c]pyridin-3-one


分子量: 249.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C13H16FN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % / 解説: Block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir: 0.25 M NaOAc and 14% w/v PEG 3350 Protein buffer:100 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5% glycerol, pH 7.5 Protein conc ~20mg/ml
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→82.89 Å / Num. obs: 16758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 3.027 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 797 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 1.067 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5elo

5elo


解像度: 2.58→72.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 28.305 / SU ML: 0.527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.224 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3391 786 4.7 %RANDOM
Rwork0.2929 ---
obs0.2951 15842 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.9 Å2 / Biso mean: 59.863 Å2 / Biso min: 12.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3 Å20 Å2
3----6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→72.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3504 0 18 72 3594
Biso mean--47.5 34.09 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.6574869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1811.5877992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3495440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.11419.951203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.17115595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3321541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02838
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.642 62 -
Rwork0.458 1112 -
all-1174 -
obs--97.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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